临床样本表达分析
检测EC组织和正常子宫内膜组织中NEAT1、YKL-40和miR-26a/b-5p的表达差异。
对30例EC组织和30例正常子宫内膜标本进行RT-qPCR检测NEAT1、YKL-40、miR-26a-5p和miR-26b-5p的表达水平。
Exosomal lncRNA NEAT1 from cancer-associated fibroblasts facilitates endometrial cancer progression via miR-26a/b-5p-mediated STAT3/YKL-40 signaling pathway.
包含临床样本表达分析、体外细胞共培养、外泌体功能实验、双荧光素酶和RIP机制验证、以及体内裸鼠移植瘤模型,且进行了功能验证和机制验证。
子宫内膜癌细胞系HEC-1A和RL95-2 癌症相关成纤维细胞 裸鼠皮下移植瘤模型
CAFs分离和鉴定(α-SMA和vimentin) 外泌体分离和表征(CD63, CD81, Hsp70, TSG101) NEAT1/miR-26a/b-5p/STAT3相互作用 GW4869或si-Rab27a抑制外泌体释放 体内肿瘤生长(肿瘤体积、Ki-67染色)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测EC组织和正常子宫内膜组织中NEAT1、YKL-40和miR-26a/b-5p的表达差异。
对30例EC组织和30例正常子宫内膜标本进行RT-qPCR检测NEAT1、YKL-40、miR-26a-5p和miR-26b-5p的表达水平。
分离原代CAFs和NFs,并提取和表征外泌体。
从EC组织和正常内膜组织分离CAFs和NFs,通过免疫荧光鉴定α-SMA和vimentin表达;通过超速离心和ExoQuick提取外泌体,通过TEM、流式细胞术和Western blot表征外泌体。
验证CAFs来源的外泌体能否被EC细胞摄取。
用Dil标记CAFs来源的外泌体,与HEC-1A和RL95-2细胞共孵育24小时,通过激光共聚焦显微镜观察外泌体的细胞内定位。
探究CAFs分泌的外泌体对EC细胞的影响。
利用Transwell共培养系统将EC细胞与CAFs共培养48小时,检测EC细胞中NEAT1、STAT3和YKL-40的表达。
确认CAFs来源的外泌体NEAT1对EC细胞中STAT3和YKL-40表达及细胞增殖的影响。
用过表达或敲低NEAT1的CAFs来源外泌体处理EC细胞,检测NEAT1、STAT3、p-STAT3和YKL-40的表达,并通过MTT和集落形成实验评估细胞增殖。
验证NEAT1与miR-26a/b-5p的结合及调控关系。
通过双荧光素酶报告基因和RIP实验验证NEAT1与miR-26a/b-5p的直接结合,并检测过表达或敲低miR-26a/b-5p对STAT3和YKL-40表达的影响。
验证miR-26a/b-5p是否直接靶向STAT3并调控YKL-40表达。
通过双荧光素酶和RIP实验验证miR-26a/b-5p与STAT3 3'UTR结合,并通过过表达STAT3或miR-26a/b-5p检测对YKL-40表达的影响,通过ChIP实验验证p-STAT3与YKL-40启动子结合。
验证外泌体NEAT1-miR-26a/b-5p-YKL-40轴在体内对肿瘤生长的影响。
将HEC-1A细胞单独或与CAFs混合皮下注射到裸鼠,并用GW4869或特定基因修饰的CAFs处理,测量肿瘤体积,检测NEAT1、miR-26a/b-5p、STAT3和YKL-40表达,并通过免疫组化检测Ki-67。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5a培养基 | -- | -- |
| EMEM培养基 | -- | -- | |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 外泌体抑制 | GW4869 | Selleck | -- |
| si-Rab27a慢病毒 | Ribobio | -- | |
| 基因操作 | sh-NEAT1慢病毒 | Ribobio | -- |
| NEAT1过表达慢病毒 | Ribobio | -- | |
| miR-26a/b-5p模拟物 | Ribobio | -- | |
| miR-26a/b-5p抑制剂 | Ribobio | -- | |
| sh-YKL-40慢病毒 | Ribobio | -- | |
| STAT3表达质粒 | Sino Biological | HG10034-NM | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 免疫荧光 | α-SMA抗体 | Bioss | bsm-33187M |
| Vimentin抗体 | Bioss | bsm-0756R | |
| 羊抗小鼠IgG/FITC | Bioss | bs-0296G-FITC | |
| 羊抗兔IgG/Cy3 | Bioss | bs-0295G-Cy3 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 外泌体分离 | ExoQuick-TC沉淀溶液 | System Bioscience | -- |
| 流式分析 | CD63-Alexa647抗体 | BioLegend | -- |
| 外泌体标记 | Dil荧光染料 | Beyotime | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 外泌体RNA提取 | miRNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | iScript cDNA合成试剂盒 | BIO-RAD | -- |
| SYBR Green实时定量PCR预混液 | SinoBio | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | BIO-RAD | -- | |
| TFIIB抗体 | ABclonal | A1708 | |
| LaminA/C抗体 | ABclonal | A19524 | |
| CD63抗体 | Bioss | bs-0342R | |
| CD81抗体 | Bioss | bs-6934R | |
| Hsp70抗体 | Bioss | bs-0244R | |
| TSG101抗体 | ABclonal | A5789 | |
| YKL-40抗体 | Bioss | bs-10215R | |
| STAT3抗体 | Bioss | bs-52235R | |
| p-STAT3抗体 | Bioss | bs-22386R | |
| Rab27a抗体 | ABclonal | A1934 | |
| β-actin抗体 | ABclonal | AC026 | |
| HRP偶联羊抗兔二抗 | ABclonal | AS063 | |
| ECL化学发光试剂 | Solarbio | -- | |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| RIP实验 | GFP抗体 | ChromoTek | gtma-20 |
| ChIP实验 | MagnaChIP试剂盒 | Millipore | -- |
| p-STAT3抗体(ChIP级) | Abcam | ab76315 | |
| MTT实验 | MTT | Beyotime | -- |
| 二甲亚砜 | -- | -- | |
| 免疫组化 | Ki-67抗体 | Bioss | bs-23103R |
| 小鼠抗兔IgG/HRP | Bioss | bs-0295M-HRP | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 潮霉素 | -- | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 共培养 | Transwell共培养系统 | -- | -- |
| 外泌体分离 | 0.22 μm过滤器 | -- | -- |
| 透射电子显微镜 | 透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| 荧光显微镜 | 荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 激光共聚焦显微镜 | 激光共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 数据统计 | GraphPad Prism 8.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | EC细胞系培养基(McCoy's 5a, EMEM, DMEM/F12),FBS浓度10%,CO2浓度5%,温度37°C 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and treatment |
| CAFs分离与鉴定 | CAFs和NFs来源(组织类型)、免疫荧光标记(α-SMA和vimentin) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and treatment; Figure 2A |
| 外泌体分离与表征 | 外泌体分离方法(ExoQuick-TC)、超速离心参数(110,000 g 2h)、外泌体标记物检测(CD63, CD81, Hsp70, TSG101) 阅读提示:Materials and methods - Exosome isolation and characterization; Figure 2D |
| 外泌体摄取 | Dil浓度(10 μM)、共孵育时间(24 h)、细胞系(HEC-1A和RL95-2) 阅读提示:Materials and methods - Exosome uptake; Figure 2E |
| 共培养 | EC细胞与CAFs比例(1:3)、共培养时间(48 h) 阅读提示:Materials and methods - Co-culture assay |
| 外泌体抑制 | GW4869浓度(20 μM)、si-Rab27a的使用 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and treatment; Figures 3C, 3G |
| 基因操作 | 慢病毒包装公司(Ribobio)、polybrene浓度(8 µg/ml)、嘌呤霉素筛选(1 µg/ml, 3周)、潮霉素筛选(200 μg/ml, 4周) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and treatment |
| RT-qPCR | RNA提取试剂(TRIzol)、cDNA合成试剂盒(iScript)、PCR Master Mix(SYBR Green)、内参基因(β-actin, U6)、引物序列 阅读提示:Materials and methods - Real-time quantitative PCR analysis; Table 1 |
| Western blot | 蛋白上样量(25 μg)、一抗稀释比、二抗稀释比 阅读提示:Materials and methods - Western blot analysis |
| 双荧光素酶实验 | 转染试剂(Lipofectamine 2000)、检测时间(24 h) 阅读提示:Materials and methods - Luciferase analysis |
| RIP实验 | 转染时间(48 h)、GFP抗体 阅读提示:Materials and methods - RIP assay |
| ChIP实验 | ChIP试剂盒(MagnaChIP)、p-STAT3抗体 阅读提示:Materials and methods - Chromatin immunoprecipitation |
| 细胞增殖 | MTT浓度(20 nmol/L)、孵育时间(4 h)、检测波长(490 nm)、集落形成时间(14天) 阅读提示:Materials and methods - MTT assay, Colony formation assay |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6周)、细胞注射数量(1×10^6)、GW4869剂量(2 mg/kg)和给药方式(腹腔注射)、给药频率(隔天一次)、肿瘤测量频率(每5天)、实验终点(35天) 阅读提示:Materials and methods - Tumorigenicity assay in vivo; Figure 6A |