基于质谱的靶向检测临床标本中SARS-CoV-2抗原的试验

背景 由严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）引起的COVID-19大流行使全球卫生系统不堪重负，并凸显了诊断检测的局限性。包括基于RT-PCR的检测和侧向流动检测抗原在内的几种诊断测试，各有优缺点，已在短时间内开发和部署。 方法 这里，我们描述了一种免疫亲和纯化方法，随后采用高分辨率质谱靶向定性试验，能够检测鼻咽拭子样本中的SARS-CoV-2病毒抗原。基于我们使用纯化病毒、重组病毒蛋白和COVID-19阳性患者鼻咽拭子样本的探索性实验，选择核衣壳蛋白作为靶抗原。然后，我们开发了一种自动化抗体捕获工作流程，结合靶向高场不对称波形离子迁移谱（FAIMS）-平行反应监测（PRM）检测，在Orbitrap Exploris 480质谱仪上进行。使用PRM数据中的碎片离子强度，开发了用于确定COVID-19阳性样本的集成机器学习模型。 结果 优化后的靶向检测用于分析88份阳性和88份阴性鼻咽拭子样本进行验证，以RT-PCR分子检测为参考方法，灵敏度为98%（95% CI = 0.922–0.997）（86/88），特异性为100%（95% CI = 0.958–1.000）（88/88）。 解释 我们的结果表明，通过串联质谱法直接从临床样本中检测传染原的方法有潜力作为临床实验室的诊断检测方法，而这迄今仅限于纯微生物培养物的分析。