初步验证CHIP对Wnt信号传导和Arc稳定性的影响
确定CHIP是否调节Wnt信号传导和Arc蛋白水平。
在HEK293T细胞中过表达CHIP或CHIP T246M,并用Wnt3a刺激,检测β-catenin和活性β-catenin水平;检测Wnt靶基因表达;在SHSY5Y细胞中敲低CHIP,检测β-catenin和靶基因表达;生成CHIP敲除细胞系,检测Wnt信号;并在SCAR16大鼠模型中检测β-catenin水平。
CHIP promotes Wnt signaling and regulates Arc stability by recruiting and polyubiquitinating LEF1 or Arc.
包含体外细胞实验、CRISPR/Cas9敲除、动物模型验证、免疫共沉淀、泛素化检测等功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 SHSY5Y细胞 HT22细胞 CHIP T246M突变诱导的SCAR16大鼠模型
CHIP过表达或敲低对Wnt信号传导的影响 CHIP与LEF1、Arc的相互作用及其结构域 CHIP对LEF1和Arc泛素化类型(K63/K48)的影响 SCAR16大鼠模型中Wnt信号传导的变化 CHIP对β-catenin核转位的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CHIP是否调节Wnt信号传导和Arc蛋白水平。
在HEK293T细胞中过表达CHIP或CHIP T246M,并用Wnt3a刺激,检测β-catenin和活性β-catenin水平;检测Wnt靶基因表达;在SHSY5Y细胞中敲低CHIP,检测β-catenin和靶基因表达;生成CHIP敲除细胞系,检测Wnt信号;并在SCAR16大鼠模型中检测β-catenin水平。
探究CHIP是否影响β-catenin的核转位。
通过细胞分级分离和免疫印迹检测细胞质和核部分β-catenin水平;通过荧光显微镜观察β-catenin的核定位。
确定CHIP是否与LEF1和Arc结合,并定位关键结构域。
通过ZDOCK预测相互作用;通过免疫共沉淀验证CHIP与LEF1、Arc等的相互作用;使用CHIP缺失突变体确定与LEF1或Arc结合所需的结构域。
确定CHIP是否影响LEF1和Arc的泛素化及其类型。
在HEK293T细胞中过表达或敲低CHIP,通过免疫沉淀检测LEF1和Arc的泛素化水平;使用泛素突变体(K63-only等)检测特异性泛素连接类型。
探究CHIP是否通过调节蛋白相互作用来影响Wnt信号传导。
通过免疫共沉淀检测β-catenin与LEF1、GSK3β与Arc、GSK3β与β-catenin的相互作用在CHIP过表达或敲低下的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | BioIn | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA干扰 | LipoRNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞刺激 | 重组人Wnt-3a | R&D Systems | NP-149122 |
| 免疫印迹 | 抗β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8480 |
| 抗非磷酸化β-Catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 19807 | |
| 抗LEF1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374522 | |
| 抗Arc抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-17839 | |
| 抗Flag (M2)抗体 | Sigma | A8592 | |
| 抗β-actin抗体 | Sigma | A1978 | |
| 抗兔IgG-HRP | Sigma | AP132P | |
| 抗小鼠IgG-HRP | Sigma | AP308P | |
| HRP标记抗血凝素抗体 | Roche Applied Science | 12013819001 | |
| 抗c-Myc抗体 | TransGen Biotech | HT101 | |
| 抗β-tubulin抗体 | TransGen Biotech | HC101 | |
| 抗LMNB1抗体 | Sino Biological | 101237-T32 | |
| 抗STUB1抗体 | Sino Biological | 12496-R034 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag琼脂糖凝胶 | Sigma | -- |
| Dynabeads蛋白G磁珠 | Invitrogen | -- | |
| 荧光分析 | DAPI染料 | Sigma | -- |
| 荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| MTT实验 | MTT试剂 | Solarbio | -- |
| 二甲基亚砜 | Sigma | -- | |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Thermo | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 细胞分级分离 | MinuteTM细胞质和细胞核分离试剂盒 | Invent Biotechnologies | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-PCR | PrimeScript第一链cDNA合成试剂盒 | TAKARA | -- |
| SYBR Green qPCR混合物 | TAKARA | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 5.0软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清、谷氨酰胺浓度、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| Wnt3a刺激 | Wnt3a浓度、处理时间、Wnt3a条件培养基的制备方法 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection; Figure legends for Fig. 1A, 2A |
| CHIP过表达/敲低 | 转染试剂、质粒浓度、siRNA序列、转染时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection, Knockdown of CHIP by RNA interference |
| 免疫共沉淀 | 裂解缓冲液、抗体、磁珠类型、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: Immunoprecipitation analysis |
| 泛素化检测 | 泛素突变体、质粒转染组合、免疫沉淀和免疫印迹条件 阅读提示:Materials and methods: Immunoprecipitation analysis; Results section 4 |
| β-catenin核转位 | 细胞分级分离试剂盒、实验步骤、荧光显微镜观察条件 阅读提示:Materials and methods: Fluorescence analysis, Immunoblot analysis |
| 动物模型 | SCAR16大鼠模型的构建方法、组织采集 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection (brain tissues from rat models) |