患者队列建立与临床表征
建立包含不同症状类型的颈动脉狭窄患者队列,并记录临床特征。
从Athero-Express生物样本库中纳入2002年至2022年间接受颈动脉内膜切除术的患者,根据症状分为无症状、AFX、脑TIA和缺血性卒中四组,收集基线数据、血液样本和斑块标本。
Gene expression profiles of carotid plaques differ between patients with amaurosis fugax and those with cerebral transient ischaemic attack or stroke
该研究包含多个独立证据层级:组织学分析、批量RNA测序(n=1088)、单细胞RNA测序(n=46)、质谱蛋白质组学(n=189)和血浆蛋白质组学(n=1291),并进行了功能验证和机制验证。
颈动脉斑块(来自动脉内膜切除术患者) 颈动脉斑块单细胞转录组数据(46例) 循环血浆样本(Olink蛋白质组学分析)
临床分组:无症状、AFX、脑TIA、缺血性卒中 批量RNA-seq样本量:1088个斑块(136无症状,179 AFX,481 TIA,292卒中) DEG分析阈值:FDR < 0.1,log2倍数变化 > 0.2 单细胞RNA-seq参考数据集:46例颈动脉斑块 血浆蛋白质组学Panel:Olink心血管II/III和心脏代谢panel
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立包含不同症状类型的颈动脉狭窄患者队列,并记录临床特征。
从Athero-Express生物样本库中纳入2002年至2022年间接受颈动脉内膜切除术的患者,根据症状分为无症状、AFX、脑TIA和缺血性卒中四组,收集基线数据、血液样本和斑块标本。
比较不同症状组斑块的形态学特征,特别是脂质核心和稳定性相关特征。
对斑块标本进行组织学染色(H&E、picrosirius red等)和免疫组化染色(CD68、α-actin),量化胶原、钙化、斑块内出血、脂质含量和细胞成分。
鉴定AFX与无症状、脑TIA和卒中患者斑块之间的差异表达基因。
对1088个斑块进行CEL-seq2文库制备和RNA测序,使用DESeq2进行差异表达分析,校正技术批次效应。
将差异表达基因映射到特定的细胞类型,以确定AFX和TIA相关基因的细胞来源。
使用公开的46例颈动脉斑块单细胞RNA测序数据,计算AFX和TIA相关基因模块得分,并可视化在不同细胞簇中的分布。
估算批量RNA测序样本中不同细胞类型的比例,并比较临床组间差异。
使用Scaden进行参考为基础的细胞类型去卷积,采用两个参考数据集(颈动脉斑块单细胞参考和Tabula Sapiens多组织参考),重复10次取平均。
在蛋白质水平验证转录组发现,并探索AFX和脑TIA斑块之间的功能差异。
对189例患者的斑块进行质谱蛋白质组学分析,比较AFX与脑TIA之间的差异蛋白,并进行功能富集分析。
评估斑块相关分子差异是否在循环中反映,并比较不同症状组的循环蛋白谱。
使用Olink接近延伸分析平台对1291例患者的血浆进行蛋白质组学分析,检测心血管和心脏代谢相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 批量RNA测序 | Illumina NextSeq 500 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| 蛋白质组学分析 | Orbitrap Fusion Lumos Tribrid质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| Q Exactive HF质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 血浆蛋白质组学分析 | Olink Proteomics AB | Olink | -- |
| Olink心血管II panel | Olink | -- | |
| Olink心血管III panel | Olink | -- | |
| Olink心脏代谢panel | Olink | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 症状分类标准(无症状、AFX、脑TIA、缺血性卒中) 阅读提示:Methods 2.1 和 Table 1 |
| 批量RNA测序 | 样本量(1088个斑块)、分组(136无症状,179 AFX,481 TIA,292卒中) 阅读提示:Methods 2.4 和 Results 3.2 |
| 单细胞RNA测序映射 | 参考数据集(46例颈动脉斑块)、分析工具(Seurat addModuleScore) 阅读提示:Methods 2.8 |
| 去卷积分析 | 参考数据集(颈动脉斑块单细胞参考、Tabula Sapiens)、重复次数(10次) 阅读提示:Methods 2.9 |
| 蛋白质组学分析 | 样本量(189例)、质谱平台(Thermo Scientific) 阅读提示:Methods 2.7 |
| 血浆蛋白质组学分析 | 样本量(1291例)、Olink panels(CVD II/III、心脏代谢) 阅读提示:Methods 2.10 |