构建心肌缺氧模拟模型
通过心肌特异性敲除Phd2稳定HIFα,在不消耗血管的情况下模拟缺氧环境。
将Phd2flox/flox小鼠与Nkx2.5-Cre小鼠杂交,获得Phd2fl/fl;Nkx2.5-Cre胚胎,并验证心肌中Phd2缺失、HIFα稳定和Vegfa表达增加。
Hypoxia differentially affects coronary vessel formation during heart development
包含单细胞RNA测序、增强子报告基因分析、EdU增殖实验、免疫染色、原位杂交等多个独立验证层级,且有功能验证。
小鼠胚胎心脏 心肌Phd2敲除小鼠模型(Phd2fl/fl;Nkx2.5-Cre) 冠状动脉内皮细胞
心肌特异性Phd2敲除(Nkx2.5-Cre) E13.5胚胎心脏CD31阳性内皮细胞分选 HLX-3:MEF2增强子报告基因活性 Dll4-12:动脉增强子报告基因活性 EdU标记内皮细胞增殖
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过心肌特异性敲除Phd2稳定HIFα,在不消耗血管的情况下模拟缺氧环境。
将Phd2flox/flox小鼠与Nkx2.5-Cre小鼠杂交,获得Phd2fl/fl;Nkx2.5-Cre胚胎,并验证心肌中Phd2缺失、HIFα稳定和Vegfa表达增加。
揭示缺氧模拟心脏中冠状动脉内皮细胞的转录组变化和细胞状态改变。
在E13.5分离心脏CD31阳性内皮细胞,进行scRNA-seq,分析细胞亚群、差异表达基因和细胞周期状态。
检测不同血管调控通路(VEGFA-MEF2、SOXF、BMP-SMAD)在缺氧条件下的活性变化,区分心内膜和窦静脉来源的血管生成。
使用HLX-3:LacZ、NOTCH1+16:LacZ、Ephb4-2:LacZ转基因小鼠,通过X-gal染色检测报告基因活性。
验证scRNA-seq发现的细胞周期变化,评估缺氧对冠状动脉内皮细胞增殖的影响。
在E11.5给孕鼠注射EdU,E13.5收集胚胎心脏,进行EdU和ERG免疫共染色,统计增殖内皮细胞比例。
评估缺氧模拟对冠状动脉和静脉分化和成熟的影响。
使用Dll4-12:LacZ报告基因和MYH11、CX40、SOX17等标记物,在不同发育阶段检查动脉和静脉的形态和标记物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 心脏消化 | 新生心脏解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-098-373 |
| 心肌细胞消化 | gentleMACS Octo 解离器(带加热器) | Miltenyi Biotec | -- |
| 流式分选 | 抗小鼠CD31-FITC抗体 | BioLegend | 102406 |
| Sony MA900 流式细胞分选仪 | Sony | -- | |
| 单细胞测序 | Chromium Next GEM 单细胞3' GEM、文库与凝胶微珠试剂盒v3.1 | 10X Genomics | -- |
| 免疫染色 | 抗CD31抗体 | Abcam | ab119341 |
| 抗Endomucin抗体 | Santa Cruz | sc-65495 | |
| 抗NR2F2抗体 | Abcam | ab211777 | |
| 抗平滑肌肌球蛋白重链11抗体 | Abcam | ab125884 | |
| 抗SOX17抗体 | R&D | AF1924 | |
| Fluoromount水溶性封片剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Zeiss 710 MP 共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| X-gal染色 | X-gal (5-溴-4-氯-3-吲哚基-β-D-半乳糖苷) | -- | -- |
| 切片扫描 | NanoZoomer S210 切片扫描仪 | Hamamatsu | -- |
| 原位杂交 | RNAscope多重荧光试剂盒v2 | Bio-Techne Ltd | -- |
| Mm-Vegfa-C3探针 | Bio-Techne Ltd | 436961-C3 | |
| Mm-Vegfc探针 | Bio-Techne Ltd | 492701 | |
| Opal 570染料 | Akoya Biosciences | -- | |
| Opal 690染料 | Akoya Biosciences | -- | |
| 免疫染色 | Isolectin GS-IB4, Alexa Fluor 488 偶联物 | Invitrogen | I21411 |
| 增殖实验 | Click-iT Plus EdU细胞增殖成像试剂盒(Alexa Fluor 647) | Invitrogen | -- |
| 免疫染色 | 抗ERG抗体 | Abcam | AB92513 |
| HCR | HCR v3.0试剂 | Molecular Instruments | -- |
| RNAscope | 靶标修复试剂 | Bio-Techne Ltd | -- |
| 蛋白酶Plus试剂 | Bio-Techne Ltd | -- | |
| 免疫染色 | 抗Cx40抗体 | Alpha Diagnostic International | CX40-A |
| 抗GLUT1抗体 | Abcam | ab115730 | |
| 染色 | 核固红 | Electron Microscopy Services | -- |
| 细胞培养 | OCT包埋剂 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:Phd2flox/flox、Nkx2.5-Cre;基因型确认方法 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 单细胞RNA测序 | 胚胎发育阶段(E13.5);每个基因型样本数(N=4);组织解离方法;CD31阳性细胞分选;测序平台 阅读提示:Methods 2.2 Single-cell RNA sequencing |
| 血管生成通路分析 | 增强子报告基因转基因(HLX-3:LacZ, NOTCH1+16:LacZ, Ephb4-2:LacZ);染色条件 阅读提示:Methods 2.5 Whole-mount X-gal staining |
| 增殖实验 | EdU注射剂量和时间;胚胎收获时间;染色和定量方法 阅读提示:Methods 2.7 EdU incorporation assay |
| 基因表达分析 | RNAscope探针和靶标;HCR探针和条件 阅读提示:Methods 2.9 In situ hybridization, 2.10 HCR |