化合物筛选与表型鉴定
筛选能缓解中性粒细胞增生的表观遗传化合物
利用包含569种化合物的表观遗传化合物库,在三种中性粒细胞增生斑马鱼模型(c-mybhyper、pu.1G242D/G242D、Tg(hsp70:p210BCR/ABL1))中进行筛选,通过苏丹黑B染色检测中性粒细胞数量。
Targeting SIRT6 epigenetically restrains neutrophil hyperplasia and enhances chemotherapeutic efficacy
包含斑马鱼突变体、细胞系、异种移植小鼠模型及临床样本等多个独立证据层级,并进行了功能验证(如BrdU增殖实验)和机制验证(如ChIP、RNA-seq)。
sirt6突变斑马鱼(sirt6−/−) c-mybhyper斑马鱼 K562细胞系 K562异种移植NOD-SCID小鼠模型
MDL-800处理浓度(斑马鱼胚胎4 μmol/L,小鼠50 mg/kg) 伊马替尼处理浓度(斑马鱼胚胎20 μmol/L,小鼠100 mg/kg) sirt6−/−斑马鱼模型中的中性粒细胞增生表型 c-myb启动子处H3K9ac水平 药物联合治疗的给药方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能缓解中性粒细胞增生的表观遗传化合物
利用包含569种化合物的表观遗传化合物库,在三种中性粒细胞增生斑马鱼模型(c-mybhyper、pu.1G242D/G242D、Tg(hsp70:p210BCR/ABL1))中进行筛选,通过苏丹黑B染色检测中性粒细胞数量。
研究Sirt6缺失对中性粒细胞和造血干/祖细胞的影响
通过CRISPR/Cas9生成sirt6突变斑马鱼,观察胚胎期和成年期的中性粒细胞数量、增殖及MPN样表型。
阐明Sirt6调控中性粒细胞增生的分子机制
通过RNA-seq、ChIP-qPCR、ChIP-seq和报告基因实验,检测Sirt6对c-myb启动子H3K9乙酰化水平及转录活性的影响。
验证Sirt6对中性粒细胞增生的影响是否依赖c-myb
通过注射c-myb吗啉寡核苷酸敲低c-myb,观察sirt6缺失斑马鱼中性粒细胞增生的缓解情况。
验证Sirt6过表达能否缓解中性粒细胞增生
构建Tg(ef1a-sirt6-DsRed)转基因斑马鱼,与sirt6−/−;c-mybhyper杂交,观察中性粒细胞和原始细胞比例。
评估MDL-800与伊马替尼联用对白血病模型的治疗效果
在斑马鱼白血病模型和K562异种移植小鼠模型中,单独或联合使用MDL-800和伊马替尼,检测白血病细胞负荷、增殖和器官浸润。
验证SIRT6和c-MYB表达与伊马替尼敏感性的关系
分析CML和AML患者骨髓样本中SIRT6和c-MYB的表达,比较伊马替尼敏感和耐药组的差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 化合物筛选 | 表观遗传化合物库 | TargetMol | L3500 |
| 苏丹黑B | Sigma-Aldrich | 199664 | |
| 斑马鱼胚胎培养 | 二甲亚砜 | -- | -- |
| sirt6突变体构建 | mMESSAGE mMACHINE T7试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | AM1344 |
| EnGen Cas9 NLS | NEB | -- | |
| 流式分选 | MoFlo AstriosEQ分选仪 | Beckman Coulter | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | Promega | -- |
| qPCR | LightCycler 96仪器 | Hoffmann-La Roche Ltd. | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| H3K9ac抗体 | Novus Biologicals | NBP2-59180 | |
| H3K56ac抗体 | Novus Biologicals | NBP2-61537 | |
| 组蛋白H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| SIRT6抗体 | Abcam | ab191385 | |
| c-MYB抗体 | Novus Biologicals | AF6209 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 11224-1-AP | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Scientific | 34577 | |
| 细胞染色 | 吉姆萨染液 | Merck | -- |
| 梅-格伦瓦尔德曙红亚甲蓝 | Merck | -- | |
| 组织切片 | OCT包埋剂 | Sakura | 4583 |
| 莱卡冷冻切片机 | Leica | -- | |
| 增殖检测 | 溴脱氧尿苷 | Merck | -- |
| 兔抗DsRed抗体 | Santa Cruz | sc-390909 | |
| 山羊抗GFP抗体 | Abcam | ab6658 | |
| 小鼠抗pH3抗体 | Santa Cruz | sc-374669 | |
| 兔抗Lcp1抗体 | -- | -- | |
| 小鼠抗BrdU抗体 | Roche | 11170376001 | |
| 荧光标记 | Alexa Fluor 555偶联抗兔二抗 | Invitrogen | A32732 |
| Alexa Fluor 488偶联抗小鼠二抗 | Invitrogen | A32723 | |
| mRNA合成 | mMESSAGE mMACHINE SP6试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | AM1340 |
| RNA-seq | NGS RNA文库制备试剂盒 | Novogene | -- |
| ChIP实验 | 抗Myc标签抗体 | Proteintech | 16286-1-AP |
| 正常兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| Covaris M220超声破碎仪 | Covaris | -- | |
| GeneJET PCR纯化试剂盒 | Thermo Scientific | K0702 | |
| FastStart SYBR Green预混液 | Roche | -- | |
| Magna ChIP HiSens试剂盒 | Merck | 17-10460 | |
| ChIP-seq | 抗SIRT6抗体 | Novus Biologicals | NBP3-10936 |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000075 |
| 药物处理 | MDL-800 | Sigma-Aldrich | SML2529 |
| 伊马替尼 | Selleck | STI571 | |
| 小鼠实验 | MDL-800 | TargetMol | T64529 |
| 伊马替尼 | TargetMol | T6230 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联抗山羊二抗 | Invitrogen | A32814 |
| Alexa Fluor 555偶联抗小鼠二抗 | Invitrogen | A31570 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 化合物筛选 | 筛选化合物浓度(10 μmol/L)、处理时间(24 hpf至3 dpf)、斑马鱼模型(c-mybhyper、pu.1G242D/G242D、Tg(hsp70:p210BCR/ABL1)) 阅读提示:2.2节 化合物筛选 |
| sirt6突变体构建 | CRISPR/Cas9靶点序列、突变类型(4 bp缺失)、基因分型方法 阅读提示:2.4节 生成sirt6突变系及验证 |
| 表型分析 | SB染色方法、WISH探针、FACS分选参数、BrdU标记时间(胚胎2小时,成年4小时) 阅读提示:2.3-2.6节、2.11节 |
| 机制研究 | ChIP抗体(抗Myc、抗H3K9ac)、qPCR引物、RNA-seq分析流程(DESeq2阈值) 阅读提示:2.15-2.17节 |
| 药物处理 | MDL-800和伊马替尼浓度(斑马鱼:4 μmol/L、20 μmol/L;小鼠:50 mg/kg、100 mg/kg)、给药方式(浸泡、腹腔注射、口服)、治疗持续时间 阅读提示:2.19-2.20节 |