新鲜与冷冻人类动脉粥样硬化斑块组织中造血细胞的单细胞RNA测序分析

目的：单细胞RNA测序（scRNA-seq）是探索人类动脉粥样硬化斑块内细胞异质性的有力方法，但通常需要新鲜组织以保持细胞膜完整性，这限制了对样本进行大规模生物样本库保存以供后续分析的可行性。本研究旨在确定对脆弱且坏死的动脉粥样硬化斑块组织进行冷冻保存，是否会影响后续scRNA-seq分析中造血细胞的活力和转录组谱，从而评估冷冻保存的动脉粥样硬化样本在未来研究中的应用潜力。 方法与结果：我们对五对配对的新鲜和冷冻动脉粥样硬化样本（三例来自冠状动脉，两例来自颈动脉）进行了scRNA-seq分析。每个样本均经过酶消化，分选出CD45+造血细胞，并使用10× Genomics scRNA-seq工作流程进行处理。每个样本的一半立即进行处理，另一半则在液氮中冷冻保存平均5周，然后解冻并进行处理。在颈动脉样本中，我们注意到LYVE1+巨噬细胞的缺失，这可能与动脉内膜剥脱术过程中外膜层的丢失有关。我们的结果表明，冷冻保存对细胞完整性有轻微影响，导致冷冻样本中线粒体RNA的相对丰度增加。在新鲜和冷冻样本之间，在独特检测到的转录本、细胞聚类或造血细胞群内的转录谱方面，观察到的差异极小。 结论：我们的研究表明，冷冻保存的人类动脉粥样硬化样本可以成功地使用scRNA-seq进行分析，其获得的转录组数据与新鲜样本相当。这些发现表明，冷冻保存是动脉粥样硬化组织生物样本库保存的一种可行方法，有助于开展无需立即处理样本的大规模研究。