衰老相关基因筛选
鉴定与软骨细胞衰老和线粒体功能障碍相关的关键基因。
对12、48、96周龄小鼠软骨细胞和P6代复制性衰老软骨细胞进行RNA-seq,与MitoCarta 3.0数据库交集,筛选差异表达基因,发现SARM1变化最显著。
Targeting the SARM1-cADPR-Ca2+ pathway attenuates mitochondrial fragmentation and osteoarthritis progression
包含细胞衰老模型、功能获得/丧失实验、机制验证(cADPR/钙信号)、离体组织培养和体内DMM小鼠模型等多层级证据,且明确验证了功能与机制。
原代小鼠软骨细胞 ATDC5细胞系 小鼠股骨头软骨外植体 DMM诱导的OA小鼠模型
DOX诱导软骨细胞衰老的浓度和时间(100 nM,24小时) SARM1敲低和过表达方式(siRNA转染,慢病毒MOI=50) cADPR和8-Br-cADPR处理浓度 DMM手术小鼠模型及关节内注射AAV-shRNA或8-Br-cADPR的方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与软骨细胞衰老和线粒体功能障碍相关的关键基因。
对12、48、96周龄小鼠软骨细胞和P6代复制性衰老软骨细胞进行RNA-seq,与MitoCarta 3.0数据库交集,筛选差异表达基因,发现SARM1变化最显著。
验证SARM1在人OA软骨和老年鼠软骨中的表达变化。
通过IHC、qRT-PCR和Western blot检测人OA软骨、小鼠DMM模型及DOX诱导衰老软骨细胞中SARM1的表达,并观察其线粒体转位。
确定SARM1对软骨细胞衰老和线粒体功能的影响。
使用siRNA敲低SARM1或慢病毒过表达野生型及催化失活突变体E642A,检测衰老标志物、凋亡、线粒体膜电位、呼吸功能和形态。
阐明SARM1如何通过cADPR和钙信号调控Drp1磷酸化及线粒体裂变。
检测SARM1敲低或过表达后NAD+和cADPR水平、细胞内钙变化、Drp1磷酸化及线粒体转位;应用外源性cADPR、8-Br-cADPR和BAPTA-AM验证通路依赖性。
确定SARM1激活后Drp1特异性结合的线粒体外膜受体。
在ATDC5细胞中稳定表达Flag-Mid51、MFF或FIS1,通过共免疫沉淀检测Drp1与各受体的相互作用;在DOX或cADPR处理及siRNA敲低条件下观察变化。
在保留天然细胞外基质的软骨外植体中验证SARM1/cADPR通路的作用。
使用小鼠股骨头软骨外植体,DOX处理后检测Drp1磷酸化、细胞内钙水平和线粒体膜电位;应用DeNSDP或8-Br-cADPR观察抑制作用。
评估抑制SARM1或cADPR信号对实验性OA小鼠模型的作用。
对DMM诱导的OA小鼠关节内注射AAV5-shSarm1或8-Br-cADPR,通过组织学、OARSI评分、滑膜炎评分和免疫组化评估软骨保护和炎症抑制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | A5670701 | |
| 胶原酶D | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 衰老诱导 | 多柔比星 | -- | -- |
| 衰老检测 | SA-β-Gal染色试剂盒 | Solarbio | G1580 |
| 巴弗洛霉素A1 | MCE | HY-100558 | |
| C12FDG | MCE | HY-126839 | |
| RNA提取 | TRIzol裂解液 | Invitrogen | -- |
| 总RNA提取试剂盒 | Omega Bio-tek | R6834 | |
| 逆转录和qPCR | SuperScript IV UniPrime试剂盒 | Invitrogen | -- |
| qPCR | Taq Pro通用SYBR预混液 | Vazyme | Q712-02 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SARM1抗体 | Abcam | ab309195 | |
| COL2A1抗体 | Proteintech | 28459-1-AP | |
| MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| p21抗体 | Abcam | ab109199 | |
| p16抗体 | Abcam | ab211542 | |
| γ-H2A.X抗体 | Abcam | ab26350 | |
| COXIV抗体 | Proteintech | 11242-1-AP | |
| Caspase 3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP | |
| Cleaved Caspase 3抗体 | Proteintech | 25128-1-AP | |
| Caspase 9抗体 | CST | 9504 | |
| Cleaved Caspase 9抗体 | CST | 9509 | |
| OPA1抗体 | Proteintech | 27733-1-AP | |
| MFN1抗体 | Proteintech | 13798-1-AP | |
| MFN2抗体 | Proteintech | 12186-1-AP | |
| p-Drp1 s616抗体 | CST | 4494 | |
| p-Drp1 s637抗体 | CST | 20990 | |
| Drp1抗体 | CST | 8570 | |
| MFF抗体 | Proteintech | 17090-1-AP | |
| FIS1抗体 | Proteintech | 10956-1-AP | |
| p-Erk1/2抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| Erk1/2抗体 | Proteintech | 11257-1-AP | |
| CnA(PPP3CA)抗体 | Proteintech | 13422-1-AP | |
| Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 免疫共沉淀 | Co-IP裂解液 | Proteintech | PR20037 |
| 抗Flag纳米抗体磁珠 | AlpalifeBio | KTSM1361 | |
| 线粒体功能检测 | XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 |
| 钙检测 | Fluo-8 AM | Abcam | -- |
| Rhod-2 AM | AAT Bioquest | -- | |
| Fura-2 AM | MCE | -- | |
| 代谢物检测 | 增强型NAD+/NADH检测试剂盒 | Beyotime | S0176S |
| Amplite荧光cADP-核糖检测试剂盒 | AAT Bioquest | 20305 | |
| 抑制剂 | 8-溴-cADPR | -- | -- |
| 脱氢硝基索尔地平(DeNSDP) | -- | -- | |
| BAPTA-AM | -- | -- | |
| SARM1激活剂 | CZ-48 | -- | -- |
| 成像 | Zeiss LSM 880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 透射电子显微镜 | -- | -- | |
| 代谢分析 | Seahorse XFe24分析仪 | Agilent | -- |
| 测序 | Illumina NovaSeq平台 | Illumina | -- |
| 蛋白质组学 | timsTOF平台 | -- | -- |
| 酶标仪 | EnVision 2105酶标仪 | PerkinElmer | -- |
| RNA提取 | NanoDrop分光光度计 | -- | -- |
| RNA质量控制 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞衰老模型 | DOX浓度和暴露时间(100 nM,24小时);细胞汇合度(70-80%);原代软骨细胞来源(新生C57BL/6J小鼠) 阅读提示:Materials and methods: Isolation and culture of primary chondrocytes |
| SARM1敲低和过表达 | siRNA序列和转染浓度(50 nM);慢病毒MOI=50;过表达野生型或E642A突变体 阅读提示:Materials and methods: Transfection of siRNA, Transduction of lentiviral |
| 线粒体功能检测 | Seahorse实验的细胞数量、培养基成分(葡萄糖、谷氨酰胺、丙酮酸)及药物注射顺序(oligomycin, FCCP, rotenone/antimycin A);JC-1染色和MitoTracker使用浓度和时间 阅读提示:Materials and methods: Seahorse assay, Assessment of mitochondrial network fragmentation |
| 钙信号检测 | 荧光染料(Fluo-8 AM, Rhod-2 AM, Fura-2 AM)浓度和孵育时间;cADPR和8-Br-cADPR的浓度 阅读提示:Materials and methods: Measurement of Intracellular Ca²⁺ |
| 代谢物检测 | NAD+和cADPR检测试剂盒及样品制备方法 阅读提示:Materials and methods: Measurement of NAD⁺ and cADPR Concentrations |
| 蛋白质互作实验 | ATDC5细胞稳转Flag标签受体;DOX和cADPR处理浓度;免疫共沉淀流程(裂解缓冲液、抗体偶联磁珠、孵育时间) 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation assay |
| 离体软骨外植体 | 小鼠股骨头软骨外植体培养条件;DOX、DeNSDP、8-Br-cADPR浓度;z-stack成像参数 阅读提示:Results: Targeting SARM1 and cADPR attenuates chondrocyte senescence and OA progression |
| 体内OA模型 | DMM手术方式;小鼠品系、年龄、性别(C57BL/6J,6-8周,雄性);AAV5-shSarm1或8-Br-cADPR注射方案(剂量、注射次数、时间点);取材时间(8周) 阅读提示:Materials and methods: Animals and establishment of OA model; Results: Targeting SARM1 and cADPR attenuates chondrocyte senescence and OA progression |