模型建立与优化
开发并优化斑马鱼TEAZ-Skin和TEAZ-Eye模型以诱导GNAQ驱动的黑色素瘤
使用TEAZ技术对成年斑马鱼皮肤或脉络膜进行质粒注射和电穿孔,比较单质粒(策略A)与多质粒(策略B)递送系统,并检测WT、nacre和casper品系中的肿瘤形成。
GNAQ Induces Melanomagenesis in Mitfa-Independent Melanocyte Progenitors in a Zebrafish Model of Uveal Melanoma
包含体外细胞系或斑马鱼模型的基因操作、单细胞转录组分析、功能验证(肿瘤发生、转移)和机制验证(谱系追踪),证据层级丰富。
斑马鱼(TEAZ-Skin和TEAZ-Eye模型) WT(AB和WIK)、nacre(mitfaw2/w2)和casper(mitfaw2/w2; mpv17a9/a9)斑马鱼品系
斑马鱼品系:WT(AB/WIK)、nacre(mitfaw2/w2)、casper(mitfaw2/w2; mpv17a9/a9) TEAZ递送策略:策略B(多质粒) vs 策略A(单质粒) 肿瘤抑制基因gRNA:tp53、ptena、ptenb 肿瘤潜伏期评估:Kaplan-Meier分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
开发并优化斑马鱼TEAZ-Skin和TEAZ-Eye模型以诱导GNAQ驱动的黑色素瘤
使用TEAZ技术对成年斑马鱼皮肤或脉络膜进行质粒注射和电穿孔,比较单质粒(策略A)与多质粒(策略B)递送系统,并检测WT、nacre和casper品系中的肿瘤形成。
表征GNAQ驱动的葡萄膜黑色素瘤的病理特征和基因表达谱
对TEAZ-Eye诱导的肿瘤进行H&E和IF染色确认解剖学位置;对肿瘤和对照眼部组织进行scRNA-seq,分析癌细胞和肿瘤微环境细胞。
确定GNAQQ209L转化的细胞起源,并评估Mitfa非依赖性祖细胞的作用
利用Tg(mitfa:GFP); mitfaw2/w2斑马鱼跟踪GFP阳性细胞;在mitfa缺陷和WT斑马鱼中通过TEAZ-Eye表达GNAQQ209L;进行scRNA-seq分析胚胎和成体中的祖细胞群。
验证体细胞mitfa缺失对肿瘤发生的影响并与种系缺失比较
使用策略B质粒递送靶向mitfa的gRNA进行条件性敲除,分析TEAZ-Skin后肿瘤潜伏期和转移情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| TEAZ-Skin | 铂金镊子电极 | BTX | -- |
| ECM 830电穿孔仪 | BTX Harvard Apparatus | -- | |
| P-97型Flaming/Brown微电极拉制仪 | Sutter Instrument | -- | |
| TEAZ-Eye | 铂金镊子电极 | BTX | -- |
| ECM 830电穿孔仪 | BTX Harvard Apparatus | -- | |
| 免疫荧光 | 抗GFP抗体(NB600-308) | Novus Biologicals | RRID: AB_10003058 |
| Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG | -- | RRID: AB_2576217 | |
| Vector TrueVIEW自发荧光淬灭试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| VECTASHIELD Vibrance防淬灭封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 小鼠眼免疫荧光 | PAX3一抗(38-1801) | Invitrogen | RRID: AB_2533359 |
| DyLight 488标记二抗 | Vector Laboratories | DI-1088-1.5, RRID: AB_2336403 | |
| 含DAPI的Vectashield防淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1000-10 | |
| scRNA-seq | 10x Genomics Chromium仪器 | 10x Genomics | -- |
| Chromium单细胞3'文库与凝胶微珠试剂盒v2 | 10x Genomics | PN-120237 | |
| 单细胞3'芯片试剂盒v2 | 10x Genomics | PN-120236 | |
| i7多重试剂盒 | 10x Genomics | PN-120262 | |
| Chromium GEM-X单细胞3'试剂盒v4 | 10x Genomics | PN-1000694, PN-1000693, PN-2001128, PN-3000431 | |
| Illumina HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 斑马鱼品系 | 所用斑马鱼品系(WT、nacre、casper)及基因型(mitfa、mpv17a)需确认 阅读提示:Materials and Methods: Zebrafish mutant lines |
| TEAZ递送 | 注射DNA总浓度(1,000 ng)、电穿孔参数(电压、脉冲次数、时间)需确认 阅读提示:Materials and Methods: TEAZ-Skin and TEAZ-Eye |
| gRNA设计 | gRNA序列(tp53, ptena, ptenb, mitfa)及递送策略(策略A/策略B)需确认 阅读提示:Materials and Methods: Induction of melanoma using strategies A and B |
| 肿瘤评估 | 肿瘤定义(GFP阳性结节)、观察频率和终点(70周)需确认 阅读提示:Materials and Methods: Kaplan-Meier analysis |