检测P4HB在OS组织和细胞中的表达
评估P4HB在OS中的表达水平,确定其与OS的相关性。
通过RT-qPCR和Western blot检测骨肉瘤患者肿瘤组织、癌旁组织及OS细胞系(SaOS-2、MG-63、U2OS、HOS、MNNG/HOS Cl #5、143B)和正常成骨细胞(hFOB 1.19)中P4HB mRNA和PDI蛋白的表达。
FTO-mediated m6A modification of protein disulfide-isomerase activates VEGFA-VEGFR2 to suppress programmed cell death in osteosarcoma
包含RT-qPCR、Western blot、CCK-8、Transwell、ELISA、Co-IP、m6A定量、RNA pull-down等体外实验,以及异种移植和肺转移模型等体内验证,机制验证完整。
骨肉瘤细胞系(SaOS-2、MG-63、U2OS、HOS、MNNG/HOS Cl #5、143B) 正常成骨细胞系hFOB 1.19 BALB/c裸鼠异种移植模型 NSG小鼠肺转移模型
P4HB在OS组织及细胞系中的表达上调:RT-qPCR和Western blot验证 P4HB敲低/过表达对OS细胞增殖、迁移、侵袭及PCD的影响 P4HB通过VEGFA-VEGFR2信号调控PCD:Co-IP验证PDI与VEGFA结合,Western blot检测VEGFA/p-VEGFR2 FTO降低P4HB m6A水平并调控其表达:m6A定量、RNA pull-down、FTO敲低/过表达 体内实验:FTO或P4HB敲低抑制裸鼠肿瘤生长及NSG小鼠肺转移
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估P4HB在OS中的表达水平,确定其与OS的相关性。
通过RT-qPCR和Western blot检测骨肉瘤患者肿瘤组织、癌旁组织及OS细胞系(SaOS-2、MG-63、U2OS、HOS、MNNG/HOS Cl #5、143B)和正常成骨细胞(hFOB 1.19)中P4HB mRNA和PDI蛋白的表达。
确定P4HB表达变化对OS细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在U2OS和143B细胞中敲低或过表达P4HB,通过CCK-8检测细胞活力,克隆形成检测增殖,流式细胞术检测凋亡,Transwell检测迁移和侵袭,Western blot检测细胞周期(CDK4、CDK6)和迁移标志物(MMP-2、MMP-9)。
明确P4HB对凋亡、铁死亡和焦亡的影响。
检测PCD相关指标(LDH、MDA、Fe2+),Western blot检测凋亡标志物(BCL2、BAX、caspase-3)、铁死亡标志物(GPX4、SLC7A11)和焦亡标志物(cleaved caspase-1、GSDMD-NT)。使用抑制剂Z-VAD-FMK、Fer-1和Disulfiram处理,评估对PCD的影响。
确定P4HB是否通过VEGFA-VEGFR2信号调控PCD。
通过GO和KEGG富集分析预测PDI相互作用蛋白参与的通路,Western blot检测P4HB敲低或过表达对VEGFA、VEGFR2、p-VEGFR2表达的影响,Co-IP验证PDI与VEGFA的相互作用。
确定FTO是否通过m6A去甲基化调控P4HB表达。
使用SRAMP预测P4HB m6A位点,检测OS细胞中整体m6A水平和相关酶的表达,在U2OS中敲低FTO或在143B中过表达FTO,通过m6A定量、RNA pull-down检测FTO与P4HB的相互作用,Western blot检测P4HB和VEGFA-VEGFR2信号的变化。
验证FTO和P4HB在体内对OS肿瘤生长和肺转移的作用。
将sh-FTO、sh-P4HB或对照U2OS细胞腹膜内注射到裸鼠,建立异种移植模型,监测肿瘤体积和重量,进行H&E和免疫组化(Ki-67、FTO、PDI、VEGFA、p-VEGFR2)分析。将sh-FTO、sh-P4HB或对照143B细胞尾静脉注射到NSG小鼠,评估肺转移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 反转录试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| Bio-Rad CFX96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| m6A定量 | EpiQuik™ m6A RNA甲基化定量试剂盒 | EpiGentek | -- |
| Infinite M200 Pro酶标仪 | Tecan | -- | |
| CCK-8检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | -- |
| DNM-9606酶标仪 | Perlong Medical | -- | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Sigma-Aldrich | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI细胞凋亡试剂盒 | DOJINDO | -- |
| BD Accuri C6流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Transwell | 基质胶 | Sigma-Aldrich | -- |
| Leica DMi8显微镜 | Leica Microsystems | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Westang | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Leagene Biotech | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| Odyssey® CLx成像系统 | Gene Company Limited | -- | |
| Image Studio Lite软件 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 抗PDI抗体 | Cell Signaling Technology | 3501 | |
| 抗CDK4抗体 | Proteintech | 110261-AP | |
| 抗CDK6抗体 | Cell Signaling Technology | 3136 | |
| 抗cyclin-D1抗体 | Proteintech | 60186-1-Ig | |
| 抗MMP-2抗体 | Cell Signaling Technology | 40994 | |
| 抗MMP-9抗体 | Cell Signaling Technology | 13667 | |
| 抗GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Thermo Fisher Scientific | 711589 | |
| 抗BCL2抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-11757 | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 14220 | |
| 抗pro-caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| 抗cleaved caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| 抗GSDMD抗体 | Abcam | ab246711 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab51745 | |
| 抗VEGFR2抗体 | Abcam | ab315238 | |
| 抗p-VEGFR2抗体 | Abcam | ab5473 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 3683 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G琼脂糖珠 | Daian Biotech | -- |
| IgG对照抗体 | Proteintech | 30000-0-AP | |
| 动物实验 | 游标卡尺 | Mitutoyo | -- |
| 组织学 | H&E染色试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 免疫组化 | DAB显色液 | Agilent Technologies | -- |
| Leica DM2700光学显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基成分(DMEM+10%FBS+青霉素/链霉素)、转染试剂(Lipofectamine 2000)及转染时间 阅读提示:Materials and methods, 'Cell culture and transfection' |
| P4HB敲低/过表达 | shRNA序列、转染效率验证时间点、P4HB表达水平检测 阅读提示:Materials and methods, 'Cell culture and transfection'; Results, Figure 1 |
| 细胞功能检测 | CCK-8细胞密度(3×10^3)、克隆形成培养时间(10天)、Transwell细胞数(5×10^4)及血清浓度(20% FBS) 阅读提示:Materials and methods, 'CCK-8 assay', 'Colony formation assay', 'Transwell assays' |
| PCD标志物检测 | 抑制剂浓度(Z-VAD-FMK 20μM、Fer-1 1μM、Disulfiram 1μM)、ELISA检测的LDH/MDA/Fe2+、Western blot抗体及稀释度 阅读提示:Materials and methods, 'ELISA', 'Western blotting'; Results, Figure 2 |
| VEGFA-VEGFR2信号检测 | 抗体(VEGFA 1:500、VEGFR2 1:1000、p-VEGFR2 1:1000)、Co-IP条件 阅读提示:Materials and methods, 'Co-immunoprecipitation', 'Western blotting'; Results, Figure 3 |
| m6A检测 | m6A定量试剂盒、RNA pull-down条件、SRAMP预测的m6A位点 阅读提示:Materials and methods, 'm6A quantification', 'Prediction of methylation on P4HB' |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠、NSG小鼠)、细胞注射数量(1×10^6)、观察时间(28天、2个月)、肿瘤体积计算公式 阅读提示:Materials and methods, 'Xenografts of nude mice', 'In vivo lung metastasis assay'; Results, Figure 6 |