单细胞分析揭示TREM1阳性髓系细胞与癌症相关成纤维细胞在结直肠癌进展中的相互作用

Single-cell analysis reveals crosstalk between TREM1-positive myeloid cells and cancer-associated fibroblasts in colorectal cancer progression

作者信息Shang-Yin Wu, Po-Chuan Chen, Ren-Hao Chan, Chung-Hsing Chen, Yi-Hsuan Huang, Yi-Jing Huang, Bing-Syuan Chung, Che-Hung Shen, Hsin-Yu Kuo, Jui-Wen Kang, Chung-Ta Lee, Hui-Ju Tsai, Yu-Chen Fang, Peng-Chan Lin, Yu-Min Yeh, Shang-Hung Chen
PMID42045486
发布时间2026-08
DOI10.1007/s00535-026-02430-4

实验完整度

高

证据来自scRNA-seq、TCGA bulk数据、空间转录组、免疫荧光、体外共培养、shRNA敲低和药物抑制等多个独立实验层次,且包含机制验证。

主要模型

THP-1源性M2巨噬细胞(体外) CCD-18Co人结肠成纤维细胞(体外) 8例CRC患者的配对肿瘤与正常黏膜组织(临床样本) TCGA COADREAD队列(临床数据)

重点核对

8例MSS CRC患者的配对肿瘤与邻近正常黏膜样本 TREM1抑制剂VJDT处理24小时(体外) THP-1源性M2巨噬细胞与CCD-18Co成纤维细胞共培养(Transwell, 0.4 μm孔径) TREM1 shRNA(TRCN0000056753或TRCN0000056755)敲低 TCGA COADREAD MSS样本(n=252)中TREM1与ACTA2表达的相关性

摘要

背景:免疫疗法在结直肠癌(CRC)中的疗效有限,凸显了更好地定义肿瘤微环境(TME)内免疫抑制机制的必要性。我们应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来表征塑造CRC TME的基质-免疫相互作用。方法:对来自8名CRC患者的配对肿瘤和邻近正常黏膜样本进行了scRNA-seq分析。使用整合的生物信息学方法,包括轨迹推断、转录调控子分析和细胞-细胞通讯建模,来定义细胞分化和细胞间信号传导。使用癌症基因组图谱数据集、多重免疫荧光染色和体外功能实验验证了关键发现。结果:轨迹分析显示,在肿瘤相关髓系分化过程中,髓系细胞上表达的触发受体1(TREM1)的表达逐渐增加。TREM1阳性髓系细胞表现出富集的M2样特征,并与共识分子亚型4型肿瘤(以基质活化和不良临床结局为特征)优先相关。基质分析确定了一个与CRC进展相关的α-平滑肌肌动蛋白(ACTA2)阳性群体。空间分析显示,TREM1阳性髓系细胞和ACTA2阳性癌症相关成纤维细胞(CAFs)在肿瘤组织中密切共定位。机制上,整合的生物信息学分析表明,TREM1阳性髓系细胞主要通过分泌磷蛋白1(SPP1)信号与CAFs相互作用,而CAFs通过TGF-β相关的细胞外基质途径增强免疫抑制性髓系表型。功能实验表明,抑制TREM1可降低SPP1表达并减弱M2巨噬细胞极化。结论:这些发现确定了TREM1阳性髓系细胞与CAFs之间的双向相互作用,其促进了促纤维化和免疫抑制的CRC微环境,并强调了TREM1-SPP1轴作为具有潜在转化意义的途径。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
TREM1阳性髓系细胞与癌症相关成纤维细胞(CAFs)在结直肠癌(CRC)肿瘤微环境中如何相互作用,并影响肿瘤进展和免疫抑制?
核心机制
TREM1阳性髓系细胞通过SPP1-CD44信号激活CAFs,而CAFs通过TGF-β相关的细胞外基质途径增强髓系细胞的免疫抑制表型,构成双向通讯轴。
主要证据
scRNA-seq显示TREM1阳性髓系细胞与ACTA2阳性CAFs在肿瘤中共定位;CellChat分析预测SPP1-CD44信号;体外实验表明TREM1抑制或敲低可降低SPP1表达、M2极化及CAF标志物。
研究意义
TREM1-SPP1轴可能成为克服MSS CRC免疫治疗耐药的潜在治疗靶点,为联合治疗策略提供理论基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本收集与单细胞转录组图谱构建

表征CRC肿瘤与正常黏膜的细胞组成,识别关键细胞群体。

对8例CRC患者的配对肿瘤和邻近正常黏膜进行scRNA-seq,鉴定出8种主要细胞类型。

2

髓系细胞亚群分析与分化轨迹推断

明确肿瘤相关髓系细胞的分化状态及其功能特征。

对6861个髓系细胞进行亚聚类,结合Monocle3轨迹分析和UCell评分,鉴定出TREM1阳性的终末分化M2样群体。

3

基质细胞亚群分析与CAF特征鉴定

鉴定与肿瘤进展相关的成纤维细胞亚群。

对7687个基质细胞进行亚聚类,结合轨迹分析和TCGA数据,确定ACTA2阳性CAF群体。

4

TREM1阳性髓系细胞与ACTA2阳性CAF的空间共定位验证

验证两类细胞在肿瘤组织中的物理邻近性。

使用多重免疫荧光和空间转录组数据,分析TREM1阳性髓系细胞与ACTA2阳性CAFs的共定位。

5

细胞间通讯与转录因子调控网络分析

预测介导TREM1阳性髓系细胞与CAF相互作用的信号通路。

使用CellChat和decoupleR分析,预测SPP1-CD44信号和TGF-β相关ECM通路。

6

体外功能验证

验证TREM1对SPP1表达、M2极化和CAF活化的调控作用。

在THP-1源性巨噬细胞中通过药物抑制或shRNA敲低TREM1,检测SPP1和M2标志物变化;并与CCD-18Co成纤维细胞共培养检测CAF标志物。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
全皮肤解离试剂盒Miltenyi Biotec--
RPMI-1640培养基ThermoFisher Scientific--
DMEM培养基ThermoFisher Scientific--
胎牛血清----
Chromium单细胞3'试剂盒v3.110x Genomics--
Chromium Next GEM芯片G10x Genomics--
NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Qubit双链DNA高灵敏度检测试剂盒Thermo Fisher Scientific--
安捷伦4150 TapeStationAgilent--
TruSight Oncology 500检测Illumina--
TC20自动细胞计数器Bio-Rad--
EasyStrainer过滤器(40微米)Greiner--
抗TREM1抗体(1:100,偶联荧光染料568)----
抗ACTA2抗体(1:200)----
抗EpCAM抗体(1:100)----
抗CD163抗体(1:100,偶联荧光染料488)----
抗原修复液Dako--
ProLong Gold抗淬灭封片剂----
共聚焦激光扫描显微镜(FV1000)Olympus--
THP-1细胞Bioresource Collection and Research Center--
CCD-18Co细胞ATCC--
12-O-十四烷酰佛波醇-13-乙酸酯----
白细胞介素-4----
白细胞介素-13----
Transwell系统(0.4微米孔径插入式培养皿)Corning--
编码TREM1 shRNA的pLKO.1载体RNAi Core, Academia SinicaTRCN0000056753或TRCN0000056755
Effectene转染试剂Qiagen--
聚凝胺----
嘌呤霉素----
TRIzol试剂Invitrogen Life Technologies--
SuperScript第一链合成系统Invitrogen Life Technologies--
ABI 7500序列检测系统Applied Biosystems--
裂解缓冲液Merck Millipore--
PVDF膜Merck Millipore--
Western Lightning Plus-ECL增强化学发光底物PerkinElmer--
柯达X-Omat胶片Kodak--
抗TREM1抗体(1:2000)----
抗DAP12抗体(1:1000)----
抗SPP1抗体(1:1000)----
抗FAP抗体(1:1000)----
抗PDGFR-α抗体(1:1000)----
抗GAPDH抗体(1:10000)----
VJDT抑制剂----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集
8例CRC患者;肿瘤与邻近正常黏膜配对样本;MSS状态;组织采集时间(2020年7月至2022年12月)
阅读提示:Methods: Collection of clinical human samples; Supplementary Table 3
单细胞RNA测序与数据处理
10x Genomics Chromium Single Cell 3' v3.1;每个样本约13,000个细胞上样;目标回收约7,000个细胞;质量过滤标准(>1000 UMIs, 200-6000基因, <20%线粒体基因);参考基因组GRCh38
阅读提示:Methods: scRNA-seq library preparation; ScRNA-seq and data processing
体外细胞培养与分化
THP-1细胞使用50 ng/mL PMA处理6小时,随后用40 ng/mL IL-4和40 ng/mL IL-13处理24小时进行M2极化;CCD-18Co细胞培养于EMEM培养基
阅读提示:Methods: Cell culture and treatment
TREM1抑制与敲低
TREM1抑制剂VJDT处理M2巨噬细胞24小时;TREM1 shRNA(TRCN0000056753或TRCN0000056755)慢病毒转导;嘌呤霉素(2 μg/mL)筛选48-72小时
阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Short hairpin RNA transfection
共培养实验
Transwell系统(0.4 μm孔径);CCD-18Co成纤维细胞(6孔板)与THP-1源性巨噬细胞(插入小室)共培养24-48小时;共培养前培养基更换为EMEM
阅读提示:Methods: Cell culture and treatment
TCGA队列分析
TCGA COADREAD MSS样本(n=252用于生存分析;n=177用于EPIC反卷积;n=195用于CMS比较);基因表达相关性与生存分析(Kaplan-Meier,log-rank检验)
阅读提示:Methods: Bulk RNA-seq and immune infiltration analyses; Statistical analysis; Figure legends for relevant figures