临床样本收集与单细胞转录组图谱构建
表征CRC肿瘤与正常黏膜的细胞组成,识别关键细胞群体。
对8例CRC患者的配对肿瘤和邻近正常黏膜进行scRNA-seq,鉴定出8种主要细胞类型。
Single-cell analysis reveals crosstalk between TREM1-positive myeloid cells and cancer-associated fibroblasts in colorectal cancer progression
证据来自scRNA-seq、TCGA bulk数据、空间转录组、免疫荧光、体外共培养、shRNA敲低和药物抑制等多个独立实验层次,且包含机制验证。
THP-1源性M2巨噬细胞(体外) CCD-18Co人结肠成纤维细胞(体外) 8例CRC患者的配对肿瘤与正常黏膜组织(临床样本) TCGA COADREAD队列(临床数据)
8例MSS CRC患者的配对肿瘤与邻近正常黏膜样本 TREM1抑制剂VJDT处理24小时(体外) THP-1源性M2巨噬细胞与CCD-18Co成纤维细胞共培养(Transwell, 0.4 μm孔径) TREM1 shRNA(TRCN0000056753或TRCN0000056755)敲低 TCGA COADREAD MSS样本(n=252)中TREM1与ACTA2表达的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征CRC肿瘤与正常黏膜的细胞组成,识别关键细胞群体。
对8例CRC患者的配对肿瘤和邻近正常黏膜进行scRNA-seq,鉴定出8种主要细胞类型。
明确肿瘤相关髓系细胞的分化状态及其功能特征。
对6861个髓系细胞进行亚聚类,结合Monocle3轨迹分析和UCell评分,鉴定出TREM1阳性的终末分化M2样群体。
鉴定与肿瘤进展相关的成纤维细胞亚群。
对7687个基质细胞进行亚聚类,结合轨迹分析和TCGA数据,确定ACTA2阳性CAF群体。
验证两类细胞在肿瘤组织中的物理邻近性。
使用多重免疫荧光和空间转录组数据,分析TREM1阳性髓系细胞与ACTA2阳性CAFs的共定位。
预测介导TREM1阳性髓系细胞与CAF相互作用的信号通路。
使用CellChat和decoupleR分析,预测SPP1-CD44信号和TGF-β相关ECM通路。
验证TREM1对SPP1表达、M2极化和CAF活化的调控作用。
在THP-1源性巨噬细胞中通过药物抑制或shRNA敲低TREM1,检测SPP1和M2标志物变化;并与CCD-18Co成纤维细胞共培养检测CAF标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 8例CRC患者;肿瘤与邻近正常黏膜配对样本;MSS状态;组织采集时间(2020年7月至2022年12月) 阅读提示:Methods: Collection of clinical human samples; Supplementary Table 3 |
| 单细胞RNA测序与数据处理 | 10x Genomics Chromium Single Cell 3' v3.1;每个样本约13,000个细胞上样;目标回收约7,000个细胞;质量过滤标准(>1000 UMIs, 200-6000基因, <20%线粒体基因);参考基因组GRCh38 阅读提示:Methods: scRNA-seq library preparation; ScRNA-seq and data processing |
| 体外细胞培养与分化 | THP-1细胞使用50 ng/mL PMA处理6小时,随后用40 ng/mL IL-4和40 ng/mL IL-13处理24小时进行M2极化;CCD-18Co细胞培养于EMEM培养基 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| TREM1抑制与敲低 | TREM1抑制剂VJDT处理M2巨噬细胞24小时;TREM1 shRNA(TRCN0000056753或TRCN0000056755)慢病毒转导;嘌呤霉素(2 μg/mL)筛选48-72小时 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Short hairpin RNA transfection |
| 共培养实验 | Transwell系统(0.4 μm孔径);CCD-18Co成纤维细胞(6孔板)与THP-1源性巨噬细胞(插入小室)共培养24-48小时;共培养前培养基更换为EMEM 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| TCGA队列分析 | TCGA COADREAD MSS样本(n=252用于生存分析;n=177用于EPIC反卷积;n=195用于CMS比较);基因表达相关性与生存分析(Kaplan-Meier,log-rank检验) 阅读提示:Methods: Bulk RNA-seq and immune infiltration analyses; Statistical analysis; Figure legends for relevant figures |