泛癌单细胞转录组分析
识别与过度线粒体自噬相关的免疫炎症激活程序,并筛选候选调控因子。
对HCC、BC和CRC的单细胞RNA测序数据进行分析,计算每个恶性细胞的线粒体自噬得分,将细胞分层为Mitophagyhigh和Mitophagylow,比较差异表达基因和通路富集,并识别保守的核心基因。
Targeting TOMM40 unleashes immunogenic mitophagy to facilitate antigen presentation and immunotherapy sensitization
包含体外细胞实验、同系小鼠肿瘤模型、基因敲除/敲低/过表达/挽救、线粒体功能与自噬分析、CAR-T共培养杀伤实验、体内免疫微环境分析及免疫检查点阻断疗效评估等多项证据层。
人肝癌细胞系Hep3B 小鼠肝癌细胞系Hepa1-6 C57BL/6J小鼠同系皮下及原位肝癌模型 Rag1-/-免疫缺陷小鼠异种移植模型
TOMM40基因敲除或敲低效率需通过Western blot或qPCR验证,并确认对细胞增殖和凋亡的影响。 线粒体自噬的过度激活需通过JC-1探针检测线粒体膜电位、TEM观察线粒体损伤和自噬体、以及LC3B-GFP-mCherry报告系统验证。 PINK1依赖性验证:检测PINK1表达水平和Parkin磷酸化,并通过共敲除PINK1观察表型拯救。 ROS-NF-κB-MHC-I信号轴验证:使用NAC清除ROS、NF-κB抑制剂Bay 11-7082处理,检测MHC-I表达和NF-κB通路激活。 体内免疫检查点阻断实验:需验证抗PD-1和抗CTLA-4抗体的给药方案及肿瘤生长监测。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与过度线粒体自噬相关的免疫炎症激活程序,并筛选候选调控因子。
对HCC、BC和CRC的单细胞RNA测序数据进行分析,计算每个恶性细胞的线粒体自噬得分,将细胞分层为Mitophagyhigh和Mitophagylow,比较差异表达基因和通路富集,并识别保守的核心基因。
验证人类HCC组织中是否存在过度线粒体自噬及其与免疫炎症的关联。
通过定量磷酸化蛋白组学检测配对肿瘤和癌旁组织中PRKN磷酸化水平,通过IHC检测LC3B表达。
确定TOMM40对HCC细胞增殖、凋亡和体内肿瘤生长的作用。
在Hep3B和Hepa1-6细胞中进行shRNA介导的敲低和过表达,检测凋亡、增殖和克隆形成;在C57BL/6J小鼠中建立皮下和原位肿瘤模型,评估肿瘤生长和生存期。
阐明TOMM40缺失对线粒体功能和线粒体自噬的影响。
使用JC-1探针检测膜电位,ATP检测试剂盒测量ATP水平,TEM观察线粒体形态和自噬体,共聚焦显微镜分析线粒体-溶酶体共定位,使用LC3B-GFP-mCherry报告系统量化自噬通量,并Western blot检测LC3B-II和p62。
确定TOMM40缺失诱导的细胞死亡是否依赖于PINK1轴。
检测PINK1 mRNA和蛋白水平,以及下游Parkin磷酸化。通过共敲低PINK1观察对线粒体质量、细胞凋亡和克隆形成的拯救效果,并用铁死亡、凋亡和坏死性凋亡抑制剂测试。
评估TOMM40缺失对肿瘤免疫微环境的影响。
对Hepa1-6肿瘤进行转录组分析(RT-qPCR)检测趋化因子和免疫检查点表达,通过流式细胞术分析TIL亚群,通过IHC评估CD8+ T细胞浸润,并通过双侧肿瘤模型评估系统免疫应答。
验证TOMM40缺失是否通过上调MHC-I增强肿瘤细胞对T细胞杀伤的敏感性。
检测肿瘤细胞表面MHC-I(H-2Kb)表达,共培养GPC3-CAR-T细胞与对照或TOMM40敲低Hep3B细胞,通过LDH释放实验评估杀伤效率。
阐明TOMM40缺失导致MHC-I上调的分子机制。
检测ROS积累,通过Western blot分析NF-κB通路激活(p65核转位、IκBα降解),使用NAC和NF-κB抑制剂Bay 11-7082验证通路因果性,并检测MHC-I表达变化。
评估TOMM40缺失能否增敏免疫检查点阻断治疗。
在同系小鼠模型中,对sgScr或sgTomm40肿瘤给予抗PD-1或抗CTLA-4抗体,监测肿瘤生长和生存期。同时,用LNP-siRNA敲低Tomm40验证治疗可行性。
评估TOMM40表达和TOMM40缺失响应特征(TLRS)与免疫治疗预后的关联。
使用TCGA数据计算TOMM40表达与免疫细胞浸润的相关性;在多个免疫治疗队列中分析TLRS高低与生存率和应答率的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Hep3B细胞 | American Type Culture Collection | HB-8064 |
| Hepa1-6细胞 | American Type Culture Collection | CRL-1830 | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | FSP500 | |
| 青霉素-链霉素 | Life | 15140163 | |
| 免疫刺激 | 干扰素-γ | Novoprotein | C746 |
| 遗传操作 | psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 聚乙烯亚胺 | YEASEN | 40816ES02 | |
| 聚凝胺 | Sigma | H9268 | |
| 嘌呤霉素 | Yeasen | 60210ES25 | |
| LentiCRISPR-V2-puro载体 | Addgene | 52961 | |
| tet-PLKO.1-puro载体 | Addgene | 110421 | |
| pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP载体 | Addgene | 99731 | |
| 细胞增殖 | 48孔板 | Corning | 3548 |
| 甲醇 | SCRC | 10014128 | |
| 结晶紫 | GPC | AR062 | |
| 线粒体功能 | JC-1探针 | Beyotime | C2006 |
| MitoTracker Deep Red染料 | Invitrogen | M22426 | |
| LysoTracker Green染料 | Beyotime | C1047S | |
| 线粒体自噬分析 | LC3B-GFP-mCherry串联荧光蛋白 | MIAOLING PLASMID | p50847 |
| TEM | 透射电子显微镜 | Hitachi | HT7700 |
| Western blot | RIPA裂解液 | SEVEN | SW107 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Bioss | D50428 | |
| 细胞分级 | 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Meilunbio | MA0082 |
| SDS-PAGE凝胶 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗TOMM40抗体 | ABclonal | a3213 | |
| 抗PINK1抗体 | PGT | 23247-1-AP | |
| 抗LC3B抗体 | ABclonal | A19665 | |
| 抗p65抗体 | Proteintech | 80979 | |
| 抗IκBα抗体 | Zenbio | 380682 | |
| 抗MHC I类抗体 | CST | 35923 | |
| 抗Lamin A/C抗体 | ABclonal | A19524 | |
| 抗β-actin抗体 | HUABIO | HA721186 | |
| 预染蛋白质分子量标准 | 4A Biotech | MPM9207-10 | |
| HRP标记二抗 | -- | -- | |
| ECL化学发光检测系统 | Melilunbio | MA0186-2 | |
| 动物实验 | 磷酸盐缓冲液 | Servicebio | G0002 |
| 抗PD-1抗体 | BioXCell | BE0273 | |
| 雷帕霉素 | MCE | HY-1021 | |
| 脂质纳米颗粒-siRNA | NeoLNP RNA | SDR8003 | |
| 流式细胞术 | IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C5138 |
| DNA酶I | Roche | 11284932001 | |
| 70 µm细胞筛网 | BD Falcon | 352350 | |
| 自动细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | AMQAX1000 | |
| Zombie Aqua活力染料 | BioLegend | 423101 | |
| 佛波醇12-豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Enzo Life | BML-PE160-0001 | |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | I0634 | |
| 布雷菲德菌素A | BioLegend | 423303 | |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | eBioscience | 00-5523-00 | |
| 抗IFN-γ抗体 | BioLegend | 505805 | |
| 抗TNF-α抗体 | BioLegend | 506321 | |
| 抗颗粒酶B抗体 | BioLegend | 515403 | |
| CAR-T杀伤实验 | 抗人CD3/CD28抗体 | BioLegend | 317302, |
| 重组人白细胞介素-2 | Peprotech | 200-02 | |
| 逆转录病毒包装系统 | Takara | T100B | |
| RetroNectin重组人纤连蛋白片段 | -- | -- | |
| FITC标记人GPC3蛋白 | AcroBiosystems | GP3-HF2H1 | |
| CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | Meilunbio | MA0649 | |
| 免疫组织化学 | 正常山羊血清 | PINUOFEI | PN0038 |
| 显微镜 | Olympus | BX53 | |
| ImageJ软件 | National Institutes of Health | -- | |
| RT-qPCR | RNA-easy RNA提取试剂 | Vazyme | R701-01 |
| ABScript Neo RT预混液 | ABclonal | RK20433 | |
| BrightCycle通用SYBR Green qPCR预混液 | ABclonal | RK21219 | |
| Celemetor实时荧光定量PCR仪 | YEASEN | 80520ES03 | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与遗传操作 | 细胞系来源(Hep3B、Hepa1-6)和培养条件(培养基、FBS浓度、抗生素)。shRNA和sgRNA序列的确认,敲低/敲除效率验证方法。 阅读提示:方法部分“Cell lines and cell culture”和“Lentiviral transduction and genetic manipulation” |
| 线粒体功能与自噬分析 | JC-1染色条件(浓度、孵育时间),MitoTracker和LysoTracker浓度,LC3B-GFP-mCherry报告基因的构建和转导方法,TEM样品制备和观察参数。 阅读提示:方法部分“Mitochondrial function and mitophagy assays” |
| 体外功能实验 | 细胞增殖和克隆形成实验的接种密度、培养时间、染色方法。CAR-T细胞制备和共培养比例、杀伤检测方法。 阅读提示:方法部分“Cell proliferation and clonogenic assays”和“In vitro T cell cytotoxicity assay” |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞接种数量、注射途径。肿瘤体积监测频率。原位模型的操作细节。 阅读提示:方法部分“Tumor challenge and syngeneic mouse models” |
| 免疫微环境分析 | 肿瘤消化方案(胶原酶IV和DNase I浓度、消化时间)。流式细胞术的抗体克隆号和稀释度、细胞因子刺激方案(PMA/离子霉素/布雷菲德菌素A浓度和时间)。 阅读提示:方法部分“Flow cytometric analysis of tumor-infiltrating lymphocytes” |
| RNA测序和分析 | RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台。差异表达分析的阈值(FDR和fold change)。 阅读提示:方法部分“Bulk RNA sequencing and analysis”和“RNA extraction, library construction and sequencing” |
| 免疫检查点阻断治疗 | 抗体剂量和给药时间(抗PD-1,200μg/只,第8、10、12天;抗CTLA-4方案需确认)。联合治疗的实验设计。 阅读提示:方法部分“Tumor challenge and syngeneic mouse models”中的体内治疗小节 |