靶向TOMM40释放免疫原性线粒体自噬以促进抗原呈递和免疫治疗增敏

Targeting TOMM40 unleashes immunogenic mitophagy to facilitate antigen presentation and immunotherapy sensitization

作者信息Zhiwei Zhang, Yu-An Xie, Chenglin Mu, Shiying Sheng, Jinyuan Zhang, Jie Han, Jiwen Li, Zhengfu He, Xia Liu
PMID42508829
发布时间2026-07-27
DOI10.1136/jitc-2026-015462

实验完整度

包含体外细胞实验、同系小鼠肿瘤模型、基因敲除/敲低/过表达/挽救、线粒体功能与自噬分析、CAR-T共培养杀伤实验、体内免疫微环境分析及免疫检查点阻断疗效评估等多项证据层。

主要模型

人肝癌细胞系Hep3B 小鼠肝癌细胞系Hepa1-6 C57BL/6J小鼠同系皮下及原位肝癌模型 Rag1-/-免疫缺陷小鼠异种移植模型

重点核对

TOMM40基因敲除或敲低效率需通过Western blot或qPCR验证,并确认对细胞增殖和凋亡的影响。 线粒体自噬的过度激活需通过JC-1探针检测线粒体膜电位、TEM观察线粒体损伤和自噬体、以及LC3B-GFP-mCherry报告系统验证。 PINK1依赖性验证:检测PINK1表达水平和Parkin磷酸化,并通过共敲除PINK1观察表型拯救。 ROS-NF-κB-MHC-I信号轴验证:使用NAC清除ROS、NF-κB抑制剂Bay 11-7082处理,检测MHC-I表达和NF-κB通路激活。 体内免疫检查点阻断实验:需验证抗PD-1和抗CTLA-4抗体的给药方案及肿瘤生长监测。

摘要

背景:线粒体自噬是维持癌细胞稳态的线粒体质量控制过程,但其失调是否可被利用以诱导肿瘤免疫原性仍不清楚。方法:我们整合了泛癌单细胞转录组分析与肝细胞癌模型中的遗传扰动策略,包括CRISPR/Cas9介导的基因敲除、体内同系肿瘤系统和基于RNA的脂质纳米颗粒递送。机制研究结合了线粒体功能分析、基于成像的线粒体自噬分析、流式细胞术和转录组分析,以及临床前和临床队列中免疫检查点阻断反应的评估。结果:我们确定了线粒体外膜转位酶40(TOMM40)作为线粒体输入守门人,抑制PINK1-Parkin依赖的线粒体自噬。TOMM40缺失诱导灾难性的线粒体功能障碍,并触发一种致命的过度激活的线粒体自噬。这一过程具有免疫原性,将免疫冷肿瘤转化为免疫炎症状态,其特征在于CD8+ T细胞浸润和激活增强。机制上,TOMM40缺陷导致细胞内活性氧积累,激活NF-κB信号并驱动主要组织相容性复合体I类抗原呈递机制的上调,从而增加肿瘤对细胞毒性T细胞的可见性。同时,TOMM40缺失诱导程序性死亡配体1上调,建立适应性免疫抵抗程序。功能上,TOMM40缺陷肿瘤对免疫检查点阻断表现出显著增强的反应,并产生系统性抗肿瘤免疫保护。临床上,TOMM40缺失转录特征与多个独立患者队列中改善的免疫治疗结果相关。结论:TOMM40作为线粒体免疫检查点,控制免疫原性线粒体自噬的阈值。其缺失将线粒体应激重新编程为抗原呈递和免疫激活,提供了一种将免疫冷肿瘤转化为免疫响应状态的策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
线粒体质量控制失调是否可被利用以诱导肿瘤免疫原性,特别是TOMM40是否通过调控线粒体自噬影响肿瘤免疫监督和免疫治疗反应。
核心机制
TOMM40缺失触发PINK1依赖的过度线粒体自噬和线粒体功能障碍,导致ROS积累,激活NF-κB信号,转录上调MHC-I抗原呈递和PD-L1表达,从而增强肿瘤免疫原性和适应性免疫抵抗。
主要证据
通过体外细胞实验、同系小鼠模型和人类临床样本分析,证明TOMM40缺失增加CD8+ T细胞浸润和激活,上调MHC-I和PD-L1,增敏免疫检查点阻断治疗。
研究意义
将TOMM40识别为线粒体免疫检查点,其靶向策略可将免疫冷肿瘤转化为免疫响应状态,为克服免疫治疗耐药提供了理论依据和潜在治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

泛癌单细胞转录组分析

识别与过度线粒体自噬相关的免疫炎症激活程序,并筛选候选调控因子。

对HCC、BC和CRC的单细胞RNA测序数据进行分析,计算每个恶性细胞的线粒体自噬得分,将细胞分层为Mitophagyhigh和Mitophagylow,比较差异表达基因和通路富集,并识别保守的核心基因。

2

临床样本验证线粒体自噬激活

验证人类HCC组织中是否存在过度线粒体自噬及其与免疫炎症的关联。

通过定量磷酸化蛋白组学检测配对肿瘤和癌旁组织中PRKN磷酸化水平,通过IHC检测LC3B表达。

3

TOMM40基因功能缺失和获得实验

确定TOMM40对HCC细胞增殖、凋亡和体内肿瘤生长的作用。

在Hep3B和Hepa1-6细胞中进行shRNA介导的敲低和过表达,检测凋亡、增殖和克隆形成;在C57BL/6J小鼠中建立皮下和原位肿瘤模型,评估肿瘤生长和生存期。

4

线粒体功能及自噬通量分析

阐明TOMM40缺失对线粒体功能和线粒体自噬的影响。

使用JC-1探针检测膜电位,ATP检测试剂盒测量ATP水平,TEM观察线粒体形态和自噬体,共聚焦显微镜分析线粒体-溶酶体共定位,使用LC3B-GFP-mCherry报告系统量化自噬通量,并Western blot检测LC3B-II和p62。

5

细胞死亡机制鉴定

确定TOMM40缺失诱导的细胞死亡是否依赖于PINK1轴。

检测PINK1 mRNA和蛋白水平,以及下游Parkin磷酸化。通过共敲低PINK1观察对线粒体质量、细胞凋亡和克隆形成的拯救效果,并用铁死亡、凋亡和坏死性凋亡抑制剂测试。

6

免疫微环境分析

评估TOMM40缺失对肿瘤免疫微环境的影响。

对Hepa1-6肿瘤进行转录组分析(RT-qPCR)检测趋化因子和免疫检查点表达,通过流式细胞术分析TIL亚群,通过IHC评估CD8+ T细胞浸润,并通过双侧肿瘤模型评估系统免疫应答。

7

抗原呈递和CAR-T杀伤实验

验证TOMM40缺失是否通过上调MHC-I增强肿瘤细胞对T细胞杀伤的敏感性。

检测肿瘤细胞表面MHC-I(H-2Kb)表达,共培养GPC3-CAR-T细胞与对照或TOMM40敲低Hep3B细胞,通过LDH释放实验评估杀伤效率。

8

机制研究:ROS-NF-κB-MHC-I轴

阐明TOMM40缺失导致MHC-I上调的分子机制。

检测ROS积累,通过Western blot分析NF-κB通路激活(p65核转位、IκBα降解),使用NAC和NF-κB抑制剂Bay 11-7082验证通路因果性,并检测MHC-I表达变化。

9

免疫检查点阻断治疗增敏实验

评估TOMM40缺失能否增敏免疫检查点阻断治疗。

在同系小鼠模型中,对sgScr或sgTomm40肿瘤给予抗PD-1或抗CTLA-4抗体,监测肿瘤生长和生存期。同时,用LNP-siRNA敲低Tomm40验证治疗可行性。

10

临床相关性分析

评估TOMM40表达和TOMM40缺失响应特征(TLRS)与免疫治疗预后的关联。

使用TCGA数据计算TOMM40表达与免疫细胞浸润的相关性;在多个免疫治疗队列中分析TLRS高低与生存率和应答率的关系。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Hep3B细胞American Type Culture CollectionHB-8064
Hepa1-6细胞American Type Culture CollectionCRL-1830
胎牛血清ExCell BioFSP500
青霉素-链霉素Life15140163
干扰素-γNovoproteinC746
psPAX2包装质粒Addgene12260
pMD2.G包膜质粒Addgene12259
聚乙烯亚胺YEASEN40816ES02
聚凝胺SigmaH9268
嘌呤霉素Yeasen60210ES25
LentiCRISPR-V2-puro载体Addgene52961
tet-PLKO.1-puro载体Addgene110421
pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP载体Addgene99731
48孔板Corning3548
甲醇SCRC10014128
结晶紫GPCAR062
JC-1探针BeyotimeC2006
MitoTracker Deep Red染料InvitrogenM22426
LysoTracker Green染料BeyotimeC1047S
LC3B-GFP-mCherry串联荧光蛋白MIAOLING PLASMIDp50847
透射电子显微镜HitachiHT7700
RIPA裂解液SEVENSW107
蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物BiossD50428
核浆蛋白提取试剂盒BeyotimeP0027
BCA蛋白定量试剂盒MeilunbioMA0082
SDS-PAGE凝胶----
PVDF膜----
抗TOMM40抗体ABclonala3213
抗PINK1抗体PGT23247-1-AP
抗LC3B抗体ABclonalA19665
抗p65抗体Proteintech80979
抗IκBα抗体Zenbio380682
抗MHC I类抗体CST35923
抗Lamin A/C抗体ABclonalA19524
抗β-actin抗体HUABIOHA721186
预染蛋白质分子量标准4A BiotechMPM9207-10
HRP标记二抗----
ECL化学发光检测系统MelilunbioMA0186-2
磷酸盐缓冲液ServicebioG0002
抗PD-1抗体BioXCellBE0273
雷帕霉素MCEHY-1021
脂质纳米颗粒-siRNANeoLNP RNASDR8003
IV型胶原酶Sigma-AldrichC5138
DNA酶IRoche11284932001
70 µm细胞筛网BD Falcon352350
自动细胞计数器Thermo Fisher ScientificAMQAX1000
Zombie Aqua活力染料BioLegend423101
佛波醇12-豆蔻酸酯13-乙酸酯Enzo LifeBML-PE160-0001
离子霉素Sigma-AldrichI0634
布雷菲德菌素ABioLegend423303
Foxp3/转录因子染色缓冲液套装eBioscience00-5523-00
抗IFN-γ抗体BioLegend505805
抗TNF-α抗体BioLegend506321
抗颗粒酶B抗体BioLegend515403
抗人CD3/CD28抗体BioLegend317302,
重组人白细胞介素-2Peprotech200-02
逆转录病毒包装系统TakaraT100B
RetroNectin重组人纤连蛋白片段----
FITC标记人GPC3蛋白AcroBiosystemsGP3-HF2H1
CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒MeilunbioMA0649
正常山羊血清PINUOFEIPN0038
显微镜OlympusBX53
ImageJ软件National Institutes of Health--
RNA-easy RNA提取试剂VazymeR701-01
ABScript Neo RT预混液ABclonalRK20433
BrightCycle通用SYBR Green qPCR预混液ABclonalRK21219
Celemetor实时荧光定量PCR仪YEASEN80520ES03
ROS检测试剂盒BeyotimeS0033S

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与遗传操作
细胞系来源(Hep3B、Hepa1-6)和培养条件(培养基、FBS浓度、抗生素)。shRNA和sgRNA序列的确认,敲低/敲除效率验证方法。
阅读提示:方法部分“Cell lines and cell culture”和“Lentiviral transduction and genetic manipulation”
线粒体功能与自噬分析
JC-1染色条件(浓度、孵育时间),MitoTracker和LysoTracker浓度,LC3B-GFP-mCherry报告基因的构建和转导方法,TEM样品制备和观察参数。
阅读提示:方法部分“Mitochondrial function and mitophagy assays”
体外功能实验
细胞增殖和克隆形成实验的接种密度、培养时间、染色方法。CAR-T细胞制备和共培养比例、杀伤检测方法。
阅读提示:方法部分“Cell proliferation and clonogenic assays”和“In vitro T cell cytotoxicity assay”
动物模型
小鼠品系、周龄、性别、细胞接种数量、注射途径。肿瘤体积监测频率。原位模型的操作细节。
阅读提示:方法部分“Tumor challenge and syngeneic mouse models”
免疫微环境分析
肿瘤消化方案(胶原酶IV和DNase I浓度、消化时间)。流式细胞术的抗体克隆号和稀释度、细胞因子刺激方案(PMA/离子霉素/布雷菲德菌素A浓度和时间)。
阅读提示:方法部分“Flow cytometric analysis of tumor-infiltrating lymphocytes”
RNA测序和分析
RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台。差异表达分析的阈值(FDR和fold change)。
阅读提示:方法部分“Bulk RNA sequencing and analysis”和“RNA extraction, library construction and sequencing”
免疫检查点阻断治疗
抗体剂量和给药时间(抗PD-1,200μg/只,第8、10、12天;抗CTLA-4方案需确认)。联合治疗的实验设计。
阅读提示:方法部分“Tumor challenge and syngeneic mouse models”中的体内治疗小节