筛选优化CRISPRa系统
寻找最稳健的紧凑型CRISPRa系统以有效激活PPARGC1A
比较多种dCas蛋白(SadCas9、AsdCas12a、EnAsdCas12a)和激活域(VPR、NMS-VP64)组合,通过RT-qPCR检测在HEK293T细胞中靶基因的表达水平。
CRISPR-Cas-based activation of PPARGC1A boosts endogenous mitochondria and enhances cardiac function after myocardial infarction
研究包含多种独立证据层级:人类细胞系体外模型(HEK293T、HDFa、AC16),大鼠急性MI动物模型,以及人类供体心脏切片离体模型,并进行功能验证(线粒体呼吸、ATP产生)和机制验证(转录组分析)。
人类细胞系(HEK293T、HDFa、AC16) 大鼠急性心肌梗死模型 人类供体心脏切片离体培养模型
细胞类型(HEK293T、HDFa、AC16)对PPARGC1A激活的差异反应 CRISPRa系统(NMS-SadCas9-VP64)及gRNA靶向序列 体内实验:大鼠LAD结扎心肌梗死模型、病毒注射剂量(5-20 μL)及时间点 人类心脏切片:供体心脏EF值(正常 vs HFrEF),转导后3天检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找最稳健的紧凑型CRISPRa系统以有效激活PPARGC1A
比较多种dCas蛋白(SadCas9、AsdCas12a、EnAsdCas12a)和激活域(VPR、NMS-VP64)组合,通过RT-qPCR检测在HEK293T细胞中靶基因的表达水平。
验证CRISPRa在不同人类细胞类型中激活PPARGC1A并增加线粒体数量
在HEK293T、HDFa和AC16细胞中递送CRISPRa系统,检测PPARGC1A表达水平、mtDNA拷贝数和TMRE染色。
探究CRISPRa介导的PPARGC1A激活如何影响线粒体相关基因表达
对AC16细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因,并利用MitoCarta 3.0和KEGG等数据库富集分析。
评估CRISPRa激活PPARGC1A后线粒体功能的变化
使用Seahorse XFe96分析仪测量AC16细胞的OCR和ECAR,计算基础呼吸、最大呼吸、ATP产生等参数。
评估CRISPRa在体内的治疗效果和对心脏功能的影响
在大鼠急性MI模型中,心肌内注射慢病毒递送CRISPRa或Scramble,通过免疫荧光检测PPARGC1A和TOMM20,通过超声心动图检测EF。
评估CRISPRa在人类心脏组织中的有效性和翻译潜力
使用人类供体心脏左心室切片,转导慢病毒递送CRISPRa或Scramble,检测PPARGC1A、TOMM20、mtDNA和OCR。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma | D6434 |
| 胎牛血清 | Sigma | F2442 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher | L3000001 | |
| 慢病毒包装 | pMD2.G包膜质粒 | -- | Addgene 12259 |
| psPAX2包装质粒 | -- | Addgene 12260 | |
| Lenti-X浓缩试剂 | Takara | 631232 | |
| 慢病毒纯化 | Lenti-X大提纯化试剂盒 | Takara | 631234 |
| 慢病毒滴度测定 | Lenti-X qRT-PCR滴度测定试剂盒 | Takara | 631232 |
| RNA提取 | RNeasy Plus小提试剂盒 | Qiagen | 74134 |
| 逆转录 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708890 |
| qPCR | Luna通用qPCR预混液 | NEB | M3003 |
| CFX96实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | 1845096 | |
| DNA提取 | DNeasy血液和组织提取试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- |
| 线粒体膜电位检测 | TMRE线粒体膜电位检测试剂盒 | Abcam | ab113852 |
| TMRE染料 | Abcam | ab274305 | |
| 免疫荧光 | PPARGC1A抗体 | Novus | NBP1-04676 |
| TOMM20抗体 | Abcam | ab209606 | |
| FLAG抗体 | Sigma | F4049 | |
| 肌钙蛋白T抗体 | ThermoFisher | MA5-12960 | |
| DAPI封片剂 | Biotium | 23004 | |
| 组织学染色 | Bouin固定液 | Epredia | 57211 |
| Weigert铁苏木素 | Electron Microscopy Sciences | 26044-15, 26044-06 | |
| Biebrich猩红/酸性品红溶液 | Electron Microscopy Sciences | 26033-25 | |
| 磷钼酸/磷钨酸溶液 | Electron Microscopy Sciences | 26367-05 | |
| 苯胺蓝溶液 | Electron Microscopy Sciences | 26027-10 | |
| 1%乙酸溶液 | Electron Microscopy Sciences | 26367-07 | |
| 线粒体功能检测 | XFe96细胞外流量分析试剂盒 | Agilent | -- |
| Seahorse XF校准液 | Agilent | 100840-000 | |
| Seahorse XF基础培养基 | Agilent | 103335-100 | |
| XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 | |
| 细胞计数 | CyQUANT Direct Red细胞增殖检测试剂盒 | ThermoFisher | C35013 |
| 组织活力检测 | CyQUANT MTT细胞增殖检测试剂盒 | ThermoFisher | V13154 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CRISPRa系统构建 | 包含dCas蛋白(SadCas9、AsdCas12a、EnAsdCas12a)、激活域(VPR、NMS-VP64)、gRNA序列、载体构建方法 阅读提示:Materials and Methods - Molecular Cloning,以及补充表S1 |
| 细胞培养和转染/感染 | 细胞系(HEK293T、HDFa、AC16)、培养基、转染试剂和比例、MOI、处理时间(72小时) 阅读提示:Materials and Methods - Cell Culture |
| 线粒体功能测定 | Seahorse仪型号、细胞接种密度、化合物浓度(Oligomycin、FCCP、Rotenone/Antimycin A)、计算方式 阅读提示:Materials and Methods - Respirometry |
| 动物实验 | 大鼠品系、年龄、手术模型(LAD结扎)、注射方式、病毒剂量、时间点(Pre-MI、Post-MI、Treatment)及EF测量 阅读提示:Materials and Methods - Surgery / MI Model and Hindleg,以及Figure 4 legend |
| 人类心脏切片实验 | 供体心脏来源、切片厚度、培养条件、电刺激参数、转导时间(3天)、检测指标(PPARGC1A、TOMM20、mtDNA、OCR) 阅读提示:Materials and Methods - Tissue Culture,以及Figure 5 legend |