鉴定TNBC中上调的趋化因子
寻找TNBC细胞中可能参与肺转移的分泌因子。
比较FOXC1低表达和过表达的MDA-MB-231细胞基因表达谱,通过微阵列和RT-PCR、ELISA验证,并在临床样本和数据库中分析相关性。进一步通过CRISPR-Cas9敲除p65、荧光素酶报告基因和ChIP实验研究调控机制。
A chemokine regulatory loop induces cholesterol synthesis in lung-colonizing triple-negative breast cancer cells to fuel metastatic growth
体外细胞实验、体内小鼠模型、临床样本分析及机制验证(如Western blot、ChIP)等多层级证据,功能验证与机制验证兼具。
MDA-MB-231人TNBC细胞系及FOXC1过表达模型 EO771小鼠TNBC细胞系 4T1小鼠TNBC细胞系 小鼠同基因肺转移模型 人原发TNBC及配对肺转移样本
FOXC1过表达或敲除影响CXCL1/2/8表达的验证 CXCL1/2/8和CCL20敲除对肺转移影响的体内验证 CXCR2受体功能缺失对肺转移的影响 CCL2/7诱导胆固醇合成的分子机制(SREBP2核积累) 辛伐他汀纳米颗粒治疗对肺转移的抑制效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找TNBC细胞中可能参与肺转移的分泌因子。
比较FOXC1低表达和过表达的MDA-MB-231细胞基因表达谱,通过微阵列和RT-PCR、ELISA验证,并在临床样本和数据库中分析相关性。进一步通过CRISPR-Cas9敲除p65、荧光素酶报告基因和ChIP实验研究调控机制。
确认CXCL1/2/8是否影响TNBC肺转移形成。
在FOXC1过表达MDA-MB-231细胞中敲除CXCL1/2/8和CCL20,进行体内肺转移实验;使用EO771细胞注射到cxcr2+/−小鼠;同时检测体外迁移、侵袭、增殖和外渗能力。
确定CXCL1/2/8是否通过肺成纤维细胞促进血管生成。
分离肺成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞,与FOXC1过表达MDA-MB-231细胞共培养,进行内皮细胞迁移和管形成实验,并通过中和抗体和cxcr2缺失验证。
寻找CXCL1/2/8刺激后肺成纤维细胞分泌的促血管生成因子。
用重组CXCL1/2/8处理肺成纤维细胞进行RNA-seq,通过siRNA敲降候选基因,并通过内皮细胞功能实验验证CCL2/7的作用;在人和小鼠样本中验证表达。
确定肺成纤维细胞来源的CCL2/7是否激活肿瘤细胞胆固醇合成。
用重组小鼠Ccl2/7处理FOXC1过表达MDA-MB-231细胞,进行RNA-seq和通路分析,验证胆固醇合成相关基因表达,并检测SREBP2核积累;在人配对样本中进行IHC验证。
验证在转移部位抑制胆固醇合成是否能抑制肺转移。
使用辛伐他汀或抑制剂处理进行体外内皮功能实验;构建HPK-辛伐他汀纳米颗粒并进行体内治疗实验;同时敲除Hmgcr验证其必要性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MDA-MB-231 | ATCC | -- |
| BT474 | ATCC | -- | |
| 4T1 | ATCC | -- | |
| EO771 | ATCC | -- | |
| IMR-90 | -- | -- | |
| 药物处理 | 重组人CXCL1 | R&D Systems | 275-GR-010 |
| 重组人CXCL2 | R&D Systems | 276-GB-010 | |
| 重组人CXCL8 | R&D Systems | 208-IL-010 | |
| 重组小鼠Ccl2 | R&D Systems | 479-JE-010 | |
| 重组小鼠Ccl7 | R&D Systems | 456-MC-010 | |
| 辛伐他汀 | Selleckchem | S1792 | |
| 胆固醇 | Sigma-Aldrich | C8667 | |
| GGTI-2133 | Sigma-Aldrich | G5294 | |
| FTI-277 | Sigma-Aldrich | F9803 | |
| YM-53601 | Cayman Chemical | 18113 | |
| 基因编辑 | LentiCRISPRv2 | Addgene | 52961 |
| RT-PCR | RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- |
| QuantiTect逆转录试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NE-PER核和胞质提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Trans-Blot Turbo转印套装 | Bio-Rad | -- | |
| Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | -- | |
| Odyssey封闭缓冲液 | LI-COR Biosciences | -- | |
| SREBP2抗体 | R&D Systems | MAB7119 | |
| Lamin A/C抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-7292 | |
| HMGCR抗体 | Mybiosource | MBS9406409 | |
| 肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-1616 | |
| IRDye 680CW二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| IRDye 800CW二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| ELISA | 人CXCL1 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DGR00 |
| 人CXCL2 ELISA试剂盒 | Abcam | ab184862 | |
| 人CXCL8 ELISA试剂盒 | R&D Systems | D8000C | |
| 人CCL20 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DM3A00 | |
| 人胆固醇ELISA试剂盒 | Mybiosource | MBS729689 | |
| 荧光素酶实验 | pGL4荧光素酶报告载体 | Promega | -- |
| pCMV6-entry | OriGene | -- | |
| pCMV6-entry-FOXC1 | OriGene | -- | |
| Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- | |
| β-半乳糖苷酶表达质粒 | Promega | -- | |
| 荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| β-半乳糖苷酶检测系统 | Promega | -- | |
| GloMax-Multi多功能检测系统 | Promega | -- | |
| 免疫荧光 | 腔室载玻片 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗CCR2抗体 | Novus Biologicals | NBP2-35334 | |
| 二抗(A21202) | Life Technologies | -- | |
| 抗CD31抗体 | Biocare Medical | CM303A | |
| Alexa Fluor 546二抗 | Life Technologies | A11081 | |
| DAPI | Life Technologies | -- | |
| EVOS FL Auto成像系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| ChIP | EZ-ChIP染色质免疫沉淀试剂盒 | EMD Millipore | -- |
| 抗FOXC1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-21394 | |
| RNA-seq | NextSeq 500平台 | Illumina | -- |
| IHC | Vectastain ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| ImmPACT DAB试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| HMGCR抗体(人) | Thermo Fisher Scientific | PA5-52547 | |
| Hmgcr抗体(小鼠) | Mybiosource | MBS9406409 | |
| HMGCS1抗体 | GeneTex | GTX112346 | |
| CCR2抗体 | Novus Biologicals | NBP2-35334 | |
| SREBP2抗体 | R&D Systems | MAB7119 | |
| 波形蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7557 | |
| RNAscope | RNAscope 2.5 HD-Red试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| 内皮细胞迁移 | QCM 3 μm内皮细胞迁移测定纤连蛋白试剂盒 | EMD Millipore | ECM200 |
| 内皮细胞培养 | Vasculife培养基 | Lifeline Cell Technology | LL-0004 |
| 内皮细胞管形成 | 体外血管生成检测试剂盒 | EMD Millipore | ECM625 |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| Matrigel侵袭小室 | BD Biosciences | -- | |
| HEMA3染色试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞增殖 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- |
| 外渗实验 | CellTracker Green CMFDA | Thermo Fisher Scientific | C2925 |
| 罗丹明-凝集素 | Vector Laboratories | RL-1102 | |
| OCT包埋剂 | Tissue-Tek | -- | |
| 纳米颗粒组装 | HPK蛋白 | -- | -- |
| Malvern PEAQ-ITC | Malvern | -- | |
| Malvern Zetasizer Nano ZS | Malvern | -- | |
| 动物模型 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 裸鼠 | The Jackson Laboratory | -- | |
| C57BL/6小鼠 | The Jackson Laboratory | 006848 | |
| BALB/c野生型小鼠 | -- | -- | |
| 统计 | GraphPad Prism 6 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件(如ATCC规定);FOXC1过表达或敲除的具体方法(载体、选择标记)。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; 图S1E和图S2A说明敲除验证。 |
| 趋化因子表达检测 | FOXC1过表达水平;微阵列和RT-PCR的具体条件;ELISA所用试剂盒及标准曲线。 阅读提示:Materials and methods: Real-time RT-PCR, ELISA; 图1A-D。 |
| 趋化因子敲除功能性研究 | 敲除效率验证(RT-PCR或Western blot);体内实验细胞注射数量、时间(如5周)、小鼠品系;转移灶计数方法。 阅读提示:Materials and methods: Mouse models and study approval; 图2B。 |
| 血管生成体外实验 | 内皮细胞分离方法;迁移和管形成实验的具体条件(细胞数、时间、培养基);使用的重组蛋白浓度和抗体。 阅读提示:Materials and methods: Lung endothelial cell migration and tube formation assays; 图3B-E。 |
| CCL2/7诱导胆固醇合成 | Ccl2/7处理浓度和时间(10 nM和50 nM,6 h);RNA-seq数据;胆固醇合成相关基因检测。 阅读提示:Materials and methods: RNA-seq assay; 图5A-B。 |
| 体内胆固醇合成抑制治疗 | HPK-辛伐他汀的组装质量和给药方式(鼻内、剂量、时间);肺转移模型构建(细胞型号、数量、时间);对照组和处理组肿瘤负荷比较。 阅读提示:Materials and methods: HPK-simvastatin assembly; Mouse models and study approval; 图6E。 |