患者网织红细胞分离及转录组分析
鉴定HbH-CS患者与健康对照之间差异表达的基因,发现关键候选基因NSUN3。
从外周血分离网织红细胞,通过流式细胞术验证纯度(CD71+细胞>95%),进行RNA测序,筛选差异表达基因(|log2FC|≥1, P-adjust<0.05),并用RT-qPCR验证NSUN3表达。
Evaluated NSUN3 in reticulocytes from HbH-CS disease that reflects cellular stress in erythroblasts
包含患者样本转录组测序和K562细胞过表达/沉默功能实验,但缺乏体内实验验证。
K562细胞系 HbH-CS患者网织红细胞
患者网织红细胞分离及纯度验证(CD71+细胞>95%) NSUN3过表达/沉默慢病毒转染效率验证(RT-qPCR和Western blot) ROS检测使用DHE探针及流式细胞术 氧化应激指标检测(MDA、GSH、T-AOC) NRF2核转位分析(核质分离及免疫荧光)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定HbH-CS患者与健康对照之间差异表达的基因,发现关键候选基因NSUN3。
从外周血分离网织红细胞,通过流式细胞术验证纯度(CD71+细胞>95%),进行RNA测序,筛选差异表达基因(|log2FC|≥1, P-adjust<0.05),并用RT-qPCR验证NSUN3表达。
建立体外模型以研究NSUN3对氧化应激的影响。
利用慢病毒载体在K562细胞中过表达或敲低NSUN3,通过RT-qPCR和Western blot验证效率。
评估NSUN3过表达或沉默对ROS、MDA、GSH和T-AOC水平的影响。
使用DHE探针通过流式细胞术检测ROS;使用比色法试剂盒测定MDA、GSH和T-AOC水平。
研究NSUN3过表达对DNA损伤和细胞增殖能力的影响。
通过免疫荧光和Western blot检测γ-H2AX水平;使用CCK8试剂盒评估细胞增殖。
确定NSUN3通过ALKBH1依赖的m5C→f5C修饰影响线粒体功能。
在NSUN3过表达细胞中敲低ALKBH1,检测ROS、MDA、GSH、T-AOC水平及线粒体呼吸链复合物蛋白表达。
阐明NSUN3影响抗氧化系统的具体机制。
检测NRF2 mRNA和蛋白水平、磷酸化水平及核转位;使用NRF2激动剂DDO-7263观察逆转效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 网织红细胞分选 | 人外周血淋巴细胞分离液 | Solarbio | P8610 |
| 人CD71磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-046-201 | |
| 流式分析 | 抗人CD71-FITC荧光抗体 | BD Biosciences | 561939 |
| 抗人CD45-APC荧光抗体 | BD Biosciences | 560973 | |
| 细胞培养 | 1640 RPMI培养基 | MeilunBio | PWL004 |
| 胎牛血清 | MeilunBio | PWL217 | |
| RNA提取 | NucleoZol RNA提取试剂 | TAKARA | TCH022 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | TAKARA | RR047A |
| TB Green Premix Ex Taq II | TAKARA | RR820A | |
| Western blot | RIPA裂解液 | MeilunBio | MA0151 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0012 | |
| PVDF膜 | Merck | IPVH00010 | |
| 无蛋白快速封闭液 | Servicebio | G2052 | |
| Nrf2兔单克隆抗体 | Proteintech | 80593-1-RR | |
| 人OXPHOS免疫印迹试剂盒 | Proteintech | PK30006 | |
| HO-1重组抗体 | Proteintech | 81281-1-RR | |
| PCNA重组抗体 | Proteintech | 60097-1-IG | |
| NSUN3重组兔单克隆抗体 | HUABIO | HA721755 | |
| β-微管蛋白重组兔单克隆抗体 | HUABIO | ET1602-4 | |
| GAPDH兔多克隆抗体 | HUABIO | R1210-1 | |
| 磷酸化组蛋白H2A.X (S139)重组兔单克隆抗体 | HUABIO | ET1602-2 | |
| 磷酸化Nrf2 (Ser40)抗体 | MedChemExpress | HY-P80471 | |
| 免疫荧光 | 免疫荧光染色试剂盒-抗兔Cy3 | Beyotime Biotechnology | P0183 |
| ROS检测 | 二氢乙啶 | Solarbio | CA1420 |
| 氧化应激指标检测 | 脂质氧化(MDA)检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0131S |
| GSH含量检测试剂盒 | Solarbio | BC1175 | |
| 总抗氧化能力(T-AOC)检测试剂盒 | Solarbio | BC1315 | |
| 细胞增殖检测 | CCK8溶液 | -- | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 8软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网织红细胞分选 | 患者组和对照组样本数量(n=14),所用分离液、磁珠品牌及货号,分选后CD71+细胞纯度(>95%) 阅读提示:Materials and methods - Participant, Sorting of reticulocytes in peripheral blood |
| 细胞培养及建模 | K562细胞培养条件(1640 RPMI、10%FBS、1%青霉素-链霉素),慢病毒转染构建过表达/沉默模型,以及验证方法(RT-qPCR和Western blot) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and lentiviral transfection |
| 氧化应激指标检测 | ROS检测使用DHE探针及流式细胞术,MDA、GSH、T-AOC检测使用相应试剂盒,具体操作步骤和波长(532nm、412nm、593nm) 阅读提示:Materials and methods - Measurement of cellular ROS levels, Assessment of intracellular levels of MDA, GSH, T-AOC |
| DNA损伤和细胞增殖检测 | γ-H2AX作为DNA损伤标志,免疫荧光和Western blot检测方法;CCK8增殖实验的细胞数(2000/孔)和检测时间点(0-72h) 阅读提示:Materials and methods - Cell proliferative activity assay, and Results - NSUN3 exacerbated DNA damage... |
| 机制验证(ALKBH1和NRF2) | siRNA敲低ALKBH1的效率验证,H2O2浓度(20μM)及处理时间,NRF2核质分离方法,DDO-7263使用浓度 阅读提示:Materials and methods - Western blotting, Immunofluorescence, 以及相关Figure legends |