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scMAGeCK：在单细胞CRISPR筛选中关联基因型与多种表型
scMAGeCK links genotypes with multiple phenotypes in single-cell CRISPR screens
摘要
我们提出了scMAGeCK，这是一个计算框架，用于在利用单细胞RNA测序作为读出结果的CRISPR/Cas9功能筛选中，识别与多种基于表达的表型相关的基因组元件。scMAGeCK优于现有方法，能识别在细胞增殖中具有已知和新功能的基因及增强子，并支持无偏倚地构建基因型-表型网络。在小鼠胚胎干细胞上进行的单细胞CRISPR筛选鉴定了与不同多能性状态相关的关键基因。将scMAGeCK应用于多个数据集，我们识别出能够提高单细胞CRISPR筛选效力的关键因素。总之，scMAGeCK是在单细胞水平研究基因型-表型关系的新工具。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| CROP-seq-guide-puro 载体 | -- | -- |
| Lucigen endura 细胞 | Lucigen | 60242–2 |
| Lonza 2B 核转染仪 | Lonza | -- |
| 复苏培养基 | Lucigen | -- |
| 天根 EndoFree 大提质粒提取试剂盒 | Tiangen | DP117 |
| HEK293T 细胞 | -- | -- |
| 慢病毒包装培养基 | -- | -- |
| Opti-MEM I 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- |
| lipofectamine 3000 转染试剂 | Invitrogen | -- |
| psPAX2 包装质粒 | addgene | 12260 |
| pMD2.G 包装质粒 | addgene | 12259 |
| PEG 6000 | -- | -- |
| 0.22 微米过滤器 | -- | -- |
| DMEM/F12 培养基 | Gibco | -- |
| 神经基础培养基 | Gibco | -- |
| N2 和 B27 补充剂 | Gibco | -- |
| PD03259010 | stem cell | -- |
| CHIR99021 | stem cell | -- |
| 小鼠白血病抑制因子 | Peprotech | -- |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | -- |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- |
| 0.1% 明胶包被培养皿 | -- | -- |
| 小鼠胚胎成纤维饲养层细胞 | -- | -- |
| 成纤维细胞生长因子-2 | Peprotech | -- |
| 激活素 A | Peprotech | -- |
| 1cell-bio inDrop 平台 | 1cell-bio | -- |
| 条形码水凝胶微球 (BHMs) | -- | -- |
| Hiseq X 测序仪 | -- | -- |