差异蛋白筛选
鉴定CD8+ T细胞条件培养基处理下表达显著变化的蛋白
分离小鼠CD8+ T细胞并培养,收集条件培养基处理Panc02细胞,进行蛋白质组学分析,结合TCGA数据库共表达分析筛选候选基因。
Targeting leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 sensitizes pancreatic ductal adenocarcinoma to anti-PD-L1 immunotherapy
包含体外细胞实验、蛋白质组学、动物模型(皮下及原位瘤)、临床样本分析及机制验证(激酶实验、泛素化检测),多层级验证。
Panc02小鼠胰腺癌细胞系 Cd274敲除Panc02细胞系 KPC细胞系 C57BL/6小鼠皮下及原位移植瘤模型
LRRK2敲低或抑制后检测PD-L1蛋白水平及膜表达 IFN-γ处理对LRRK2及PD-L1表达的影响 LRRK2抑制剂GSK2578215A在体内外的抗肿瘤效果 抗PD-L1单抗联合LRRK2抑制对肿瘤生长及生存期的影响 CD8+ T细胞耗竭对LRRK2抑制抗肿瘤效果的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定CD8+ T细胞条件培养基处理下表达显著变化的蛋白
分离小鼠CD8+ T细胞并培养,收集条件培养基处理Panc02细胞,进行蛋白质组学分析,结合TCGA数据库共表达分析筛选候选基因。
验证LRRK2在PDAC组织中的表达及其与CD8+ T细胞浸润的关系
利用免疫组化、多重免疫荧光和蛋白质印迹检测PDAC组织及细胞系中LRRK2表达,分析其与CD8+ T细胞分布和PD-L1表达的相关性。
评估LRRK2敲低或抑制对肿瘤生长和免疫微环境的影响
构建Lrrk2敲低Panc02细胞系,皮下或原位注射至免疫健全和免疫缺陷小鼠,观察肿瘤生长并流式检测免疫细胞。使用LRRK2抑制剂GSK2578215A进行类似实验。
阐明LRRK2对PD-L1的调控机制
通过免疫共沉淀、免疫荧光和Duolink实验检测LRRK2与PD-L1结合;体外激酶实验验证磷酸化;泛素化实验和蛋白稳定性分析检测PD-L1降解。
检验LRRK2抑制联合抗PD-L1治疗对PDAC的疗效
Lrrk2敲低或GSK2578215A联合抗PD-L1单抗处理荷瘤小鼠,评估肿瘤重量、生存期及CD8+ T细胞浸润和功能。
验证LRRK2抑制的抗肿瘤效应依赖于CD8+ T细胞
使用抗CD8单抗耗竭CD8+ T细胞,观察LRRK2抑制或联合治疗的抗肿瘤效果变化;体外T细胞杀伤实验验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Cienry | CR-15140 | |
| 重组人IFN-γ | MedChemExpress | HY-P70610 | |
| 重组小鼠IFN-γ | MedChemExpress | HY-P70667 | |
| 重组小鼠IL-2 | MedChemExpress | HY-P7077 | |
| GSK2578215A | Selleck | S7664 | |
| 腺苷钴胺素 | MedChemExpress | HY-112790 | |
| MG132 | Beyotime Biotechnology | S1748 | |
| 动物实验 | GSK2578215A | Selleck | S7664 |
| 抗PD-L1单克隆抗体 | Bio X Cell | 10F.9G2-CP168 | |
| 抗CD8单克隆抗体 | Bio X Cell | -- | |
| 全反式维甲酸 | MedChemExpress | HY-14649 | |
| 腺苷钴胺素 | MedChemExpress | HY-112790 | |
| 流式细胞术 | IV型胶原酶 | Thermo Fisher Scientific | 17104019 |
| 脱氧核糖核酸酶 | Sigma | D5025 | |
| 分散酶 | Gibco | 17105041 | |
| LIVE/DEAD可固定紫死细胞染色试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | L34960 | |
| FITC抗小鼠CD3抗体 | BioLegend | 100203 | |
| Brilliant Violet 785抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103111 | |
| PE/Cy7抗小鼠CD8a抗体 | BioLegend | 100722 | |
| PerCP/Cyanine-5.5抗人/小鼠GZMB抗体 | BioLegend | 372212 | |
| PE抗小鼠CD274抗体 | BioLegend | 124308 | |
| APC抗小鼠CD274抗体 | BioLegend | 124312 | |
| PerCP/Cyanine-5.5抗小鼠MHC I类抗体 | BioLegend | 124620 | |
| Brilliant Violet 605抗小鼠IFN-γ抗体 | BioLegend | 505839 | |
| PE抗小鼠穿孔素抗体 | BioLegend | 154306 | |
| Brilliant Violet 510抗小鼠TNF-α抗体 | BioLegend | 506339 | |
| APC抗小鼠Ki-67抗体 | BioLegend | 652406 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Bimake | B15001 | |
| BCA试剂 | Beyotime Biotechnology | P0012 | |
| 抗LRRK2抗体 | Abcam | ab133474 | |
| 抗LRRK2(磷酸化S935)抗体 | Abcam | ab133450 | |
| 抗PD-L1抗体 | Abcam | ab213480 | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma | F9291 | |
| 抗Vinculin抗体 | Abcam | ab219649 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| RT-qPCR | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | Vazyme | RC112-01 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047A | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A | |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | Biocare | BDB2004 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联抗小鼠IgG | CST | 4408 |
| Alexa Fluor555偶联抗兔IgG | CST | 4413 | |
| Hoechst 33258 | Servicebio | G1001 | |
| Duolink实验 | Duolink实验试剂盒 | Sigma | DUO92101 |
| 体外激酶实验 | 重组人PD-L1 | Abcam | ab167713 |
| 重组人LRRK2(野生型) | Thermo Fisher Scientific | PV4873 | |
| ATP | CST | 9804S | |
| 激酶缓冲液 | CST | 9802S | |
| CD8+ T细胞分离 | CD8a+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-075 |
| RPMI 1640完全培养基 | GE Healthcare Life Sciences | SH30027.0 | |
| 多重免疫组织化学 | Opal Polaris 7色手动IHC试剂盒 | -- | NEL861001KT |
| LC-MS/MS | Reprosil-Pur C18填料 | Dr. Maisch | -- |
| UltiMate 3000纳升液相系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Panc02、SW1990、HEK293T、HEK293FT细胞系均培养于D10培养基(DMEM高糖+10%FBS+1%双抗),37°C、5% CO2。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| LRRK2敲低或抑制 | LRRK2抑制剂GSK2578215A使用浓度为1 μM,处理24小时。 阅读提示:Figure legends, Figure 4 |
| 动物模型 | 6周龄雄性C57BL/6小鼠或裸鼠皮下注射或原位注射1×10^4个Panc02细胞。 阅读提示:Materials and methods, Animal experiments |
| 体内治疗 | GSK2578215A剂量50 mg/kg每日腹腔注射;抗PD-L1单抗200 μg/只隔日腹腔注射;腺苷钴胺素200 μg/只每日腹腔注射。 阅读提示:Materials and methods, Animal experiments |
| 免疫微环境分析 | 流式细胞术检测CD8+ T细胞和GZMB+细胞比例;免疫组化检测CD8+ T细胞浸润。 阅读提示:Materials and methods, Flow cytometry; Immunohistochemistry |
| 机制实验 | 体外激酶实验使用重组人PD-L1和LRRK2蛋白,200 μM ATP,30°C孵育30分钟;泛素化实验使用MG132(5 μM)处理24小时。 阅读提示:Materials and methods, In vitro kinase assay; Figure legends, Figure 4 |