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CroCoNet：一个用于跨物种定量比较基因调控网络的框架
CroCoNet: a framework for the quantitative comparison of gene regulatory networks across species
摘要
为了理解表型进化，研究其底层的基因调控网络至关重要。然而，由于单细胞转录组学数据固有的低信噪比，大多数比较性GRN分析仍停留在描述性层面。为了解决这个问题，我们引入了CroCoNet，这是一个用于跨物种定量比较GRN的R软件包。CroCoNet构建以推定调节因子为中心的可比网络模块，并比较物种内和物种间的模块拓扑结构，从而将真实的进化分歧与技术及生物学混杂因素区分开来。我们通过比较灵长类动物的早期神经分化，并利用对分歧的POU5F1模块进行CRISPRi分析来验证结果，展示了其效用。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| Omni-ATAC | -- | -- |
| BWA-MEM2 | -- | -- |
| genrich | -- | -- |
| LiftOver | -- | -- |
| Cluster-Buster | -- | -- |