人类iPSC建模揭示基因型多样的显性黄斑病变中基因治疗的反应具有突变特异性

Human iPSC Modeling Reveals Mutation-Specific Responses to Gene Therapy in a Genotypically Diverse Dominant Maculopathy

作者信息Divya Sinha, Benjamin Steyer, Pawan K Shahi, Katherine P Mueller, Rasa Valiauga, Kimberly L Edwards, Cole Bacig, Stephanie S Steltzer, Sandhya Srinivasan, Amr Abdeen, Evan Cory, Viswesh Periyasamy, Alireza Fotuhi Siahpirani, Edwin M Stone, Budd A Tucker, Sushmita Roy, Bikash R Pattnaik, Krishanu Saha, David M Gamm
PMID32707085
发布时间2020-08-06
DOI10.1016/j.ajhg.2020.06.011

实验完整度

研究包含iPSC-RPE细胞模型、基因增补和CRISPR-Cas9基因编辑的功能验证,以及单细胞RNA测序的转录组分析,形成多层级证据链。

主要模型

iPSC-RPE模型(Ala146Lys、Asn296His、Arg218Cys显性Best病及Arg141His/Ala195Val隐性卵黄样黄斑病变) 同源基因校正的Arg218Cys>WT iPSC-RPE对照

重点核对

BEST1突变类型(p.Asn296His、p.Arg218Cys、p.Ala146Lys)与基因增补反应性的关联 VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒载体的转导效率(83.21% ± 4.62%) CaCC电流密度恢复程度(单细胞膜片钳检测) CRISPR-Cas9基因编辑的靶向效率(突变等位基因编辑频率:Ala146Lys 80%、Asn296His 55.5%、Arg218Cys 66.4%) 脱靶效应(在Arg218Cys模型中一个非编码区检测到低水平indels)

摘要

显性遗传疾病通常不被视为基因增补治疗的候选对象。在此,我们利用诱导多能干细胞来源的视网膜色素上皮(iPSC-RPE)来测试基因增补治疗Best病(一种由BEST1中超过200个错义突变引起的显性黄斑营养不良)的潜力。在隐性卵黄样黄斑病变的iPSC-RPE模型中,以及在两个由编码离子结合结构域的不同突变引起的显性Best病模型中,基因增补完全恢复了BEST1钙激活氯通道活性,并改善了视紫红质降解。第三个显性Best病iPSC-RPE模型对基因增补无反应,但在对突变等位基因进行CRISPR-Cas9编辑后,BEST1通道活性恢复正常。随后,我们对所有三个显性Best病iPSC-RPE模型进行了基因编辑,该编辑在突变BEST1等位基因内特异性产生提前终止密码子。单细胞分析显示,在任何模型中均未观察到视网膜色素上皮(RPE)转录程序的不良扰动,尽管脱靶分析在一个模型中检测到一个沉默的基因组改变。这些结果表明,对于某些显性Best病患者,基因增补是一种可行的一线治疗方法,而无反应者则是基因编辑等替代方法的候选者。然而,使用个体化iPSC-RPE模型系统测试基因编辑策略的靶向效率和脱靶事件是有必要的。总之,个体化iPSC-RPE模型可用于在不断增加的基因治疗选择中进行筛选,以最大限度地提高安全性和有效性,同时最大限度地减少时间和成本。其他基因型多样的通道病中可能存在类似情况,从而扩大了受影响个体的治疗前景。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
基因增补治疗能否恢复显性Best病iPSC-RPE模型中BEST1的功能?
核心机制
基因增补通过增加WT BEST1单体比例,恢复CaCC通道功能,但Ala146Lys突变可能影响结构区域,导致对增补不敏感;CRISPR-Cas9基因编辑通过在突变等位基因引入移码突变,特异性敲除突变等位基因,从而恢复通道功能。
主要证据
CaCC电流密度测量显示,Arg218Cys和Asn296His模型在基因增补后通道活性恢复,Ala146Lys模型无响应;基因编辑在所有三个模型中均恢复通道活性。
研究意义
研究提出两步法:先用iPSC-RPE测试确定基因增补的适用性,对无反应者再评估基因编辑,为基因型多样的显性遗传病提供个性化基因治疗选择框架。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生成和表征BEST1突变iPSC-RPE模型

建立携带不同BEST1突变的患者来源iPSC-RPE模型,并验证其疾病表型。

从患者外周血单个核细胞重编程获得iPSC,分化为RPE,通过免疫组化、Western blot和膜片钳检测BEST1表达和CaCC功能。

2

基因增补治疗检测

评估WT BEST1过表达是否恢复突变iPSC-RPE的CaCC活性和吞噬功能。

使用VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒转导iPSC-RPE,检测BEST1水平、CaCC电流和视紫红质降解。

3

CRISPR-Cas9基因编辑

评估突变等位基因特异性敲除是否恢复对基因增补无反应的突变体的通道功能。

设计并克隆突变特异性sgRNA到慢病毒载体,转导iPSC-RPE,检测编辑效率、移码频率和CaCC功能恢复。

4

基因编辑安全性评估

评估基因编辑是否引起转录组变化或脱靶突变。

对编辑后的iPSC-RPE进行单细胞RNA测序和脱靶位点分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

样本或模型特征验证
验证细胞功能变化
验证分子表达变化
验证机制链路

产品清单

实验环节名称品牌货号
mTeSR1培养基STEMCELL Technologies--
StemFlex培养基ThermoFisher Scientific--
Matrigel基质胶WiCell--
分散酶ThermoFisher Scientific--
ReLeSR细胞解离试剂STEMCELL Technologies--
层粘连蛋白ThermoFisher Scientific23017015
胰蛋白酶-EDTAThermoFisher Scientific--
Rho激酶抑制剂Y-27632----
肝素Sigma-AldrichH-3149
SU5402Sigma-AldrichSML0443-25MG
CHIR99021Tocris Bioscience4423
VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒质粒----
脂质体转染试剂ThermoFisher Scientific11668019
psPax2包装质粒Addgene12260
pMD2.G包膜质粒Addgene12259
QuickTiter慢病毒滴度检测试剂盒Cell BiolabsVPK-107
LentiCRISPR v2质粒Addgene52961
Q5高保真2×预混液New England BiolabsM0492L
PmeI限制性内切酶New England BiolabsR0560S
BamHI限制性内切酶New England BiolabsR3136S
Monarch凝胶纯化试剂盒New England BiolabsT1020S
Gibson组装试剂盒CodexGA1100
AfeI限制性内切酶New England BiolabsR0652S
EcoRI-HF限制性内切酶New England BiolabsR310S
木瓜蛋白酶MP Biomedicals LLC100921
Axopatch 200A放大器Axon Instruments--
Digidata 1550数据采集系统Axon Instruments--
抗Bestrophin抗体MilliporeMAB5466
抗ZO-1抗体ThermoFisher Scientific61-7300
驴抗小鼠IgG二抗ThermoFisher ScientificA31571
驴抗兔IgG二抗ThermoFisher ScientificA10040
DAPI染色液ThermoFisher ScientificD1306
含DAPI的Prolong Gold抗淬灭封片剂ThermoFisher ScientificP36931
Nikon A1R共聚焦显微镜Nikon--
RIPA裂解缓冲液ThermoFisher Scientific89900
蛋白酶抑制剂混合物Sigma-AldrichP8340
DC蛋白浓度测定试剂盒IIBio-Rad5000112
Mini-Protean TGX预制胶Bio-Rad4568095
PVDF膜MilliporeIPFL10100
Odyssey封闭缓冲液LI-COR Biosciences927-40000
抗视紫红质抗体MilliporeMABN15
抗β-肌动蛋白抗体Abcamab8227
驴抗兔IgG二抗LI-COR Biosciences926-32213
驴抗小鼠IgG二抗LI-COR Biosciences926-68022
Odyssey红外成像系统LI-COR Biosciences--
抗Bestrophin1抗体LAgen Laboratories016-Best1-01
抗肌动蛋白抗体MilliporeMAB1501
TrypLE Express解离试剂Gibco12605010
QuickExtract DNA提取液EpicenterQE09050
QuickExtract RNA提取液EpicenterQER090150
ProtoScript II第一链cDNA合成试剂盒New England BiolabsE6560S
MiSeq测序平台Illumina--
木瓜蛋白酶解离试剂盒Worthington BiochemicalLK003150
Flowmi细胞过滤器Bel-Art SP SciencewareH13680-0040
Chromium单细胞v2 3'试剂盒10x Genomics--
HiSeq2500测序平台Illumina--
Cytotune 2.0重编程试剂盒ThermoFisher ScientificA16518

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
iPSC-RPE分化
分化时间(至少60天)、培养基成分及添加物(如SU5402、CHIR99021)
阅读提示:Materials and Methods - Differentiation of iPSC Lines to RPE
基因增补
慢病毒转导体积(150 μl)、转导后培养时间(≥4周)、转导效率
阅读提示:Materials and Methods - Lentivirus Production and Cell Transduction; Results - BEST1 Augmentation Restores CaCC Activity
CaCC电流测量
单细胞膜片钳记录条件(钙浓度、电压范围)、细胞数量(≥5个/条件)、重复分化次数(≥2次)
阅读提示:Materials and Methods - Calcium-Activated Chloride Channel Current Density Measurements
基因编辑
sgRNA设计、慢病毒载体构建、转导后培养时间(2周)、深度测序方法
阅读提示:Materials and Methods - Generation of Lentiviral Vectors; Results - Gene Editing Specifically Targets the Mutant Allele
单细胞RNA测序
细胞处理组(突变等位基因靶向sgRNA与AAVS1 sgRNA对照)、分析软件及统计阈值(p < 0.01)
阅读提示:Materials and Methods - Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) and Data Analysis