生成和表征BEST1突变iPSC-RPE模型
建立携带不同BEST1突变的患者来源iPSC-RPE模型,并验证其疾病表型。
从患者外周血单个核细胞重编程获得iPSC,分化为RPE,通过免疫组化、Western blot和膜片钳检测BEST1表达和CaCC功能。
Human iPSC Modeling Reveals Mutation-Specific Responses to Gene Therapy in a Genotypically Diverse Dominant Maculopathy
研究包含iPSC-RPE细胞模型、基因增补和CRISPR-Cas9基因编辑的功能验证,以及单细胞RNA测序的转录组分析,形成多层级证据链。
iPSC-RPE模型(Ala146Lys、Asn296His、Arg218Cys显性Best病及Arg141His/Ala195Val隐性卵黄样黄斑病变) 同源基因校正的Arg218Cys>WT iPSC-RPE对照
BEST1突变类型(p.Asn296His、p.Arg218Cys、p.Ala146Lys)与基因增补反应性的关联 VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒载体的转导效率(83.21% ± 4.62%) CaCC电流密度恢复程度(单细胞膜片钳检测) CRISPR-Cas9基因编辑的靶向效率(突变等位基因编辑频率:Ala146Lys 80%、Asn296His 55.5%、Arg218Cys 66.4%) 脱靶效应(在Arg218Cys模型中一个非编码区检测到低水平indels)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立携带不同BEST1突变的患者来源iPSC-RPE模型,并验证其疾病表型。
从患者外周血单个核细胞重编程获得iPSC,分化为RPE,通过免疫组化、Western blot和膜片钳检测BEST1表达和CaCC功能。
评估WT BEST1过表达是否恢复突变iPSC-RPE的CaCC活性和吞噬功能。
使用VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒转导iPSC-RPE,检测BEST1水平、CaCC电流和视紫红质降解。
评估突变等位基因特异性敲除是否恢复对基因增补无反应的突变体的通道功能。
设计并克隆突变特异性sgRNA到慢病毒载体,转导iPSC-RPE,检测编辑效率、移码频率和CaCC功能恢复。
评估基因编辑是否引起转录组变化或脱靶突变。
对编辑后的iPSC-RPE进行单细胞RNA测序和脱靶位点分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | mTeSR1培养基 | STEMCELL Technologies | -- |
| StemFlex培养基 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Matrigel基质胶 | WiCell | -- | |
| 分散酶 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| ReLeSR细胞解离试剂 | STEMCELL Technologies | -- | |
| 层粘连蛋白 | ThermoFisher Scientific | 23017015 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Rho激酶抑制剂Y-27632 | -- | -- | |
| 肝素 | Sigma-Aldrich | H-3149 | |
| SU5402 | Sigma-Aldrich | SML0443-25MG | |
| CHIR99021 | Tocris Bioscience | 4423 | |
| 基因增补 | VMD2-BEST1-T2A-GFP慢病毒质粒 | -- | -- |
| 脂质体转染试剂 | ThermoFisher Scientific | 11668019 | |
| psPax2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| QuickTiter慢病毒滴度检测试剂盒 | Cell Biolabs | VPK-107 | |
| 基因编辑 | LentiCRISPR v2质粒 | Addgene | 52961 |
| Q5高保真2×预混液 | New England Biolabs | M0492L | |
| PmeI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0560S | |
| BamHI限制性内切酶 | New England Biolabs | R3136S | |
| Monarch凝胶纯化试剂盒 | New England Biolabs | T1020S | |
| Gibson组装试剂盒 | Codex | GA1100 | |
| AfeI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0652S | |
| EcoRI-HF限制性内切酶 | New England Biolabs | R310S | |
| 电生理检测 | 木瓜蛋白酶 | MP Biomedicals LLC | 100921 |
| Axopatch 200A放大器 | Axon Instruments | -- | |
| Digidata 1550数据采集系统 | Axon Instruments | -- | |
| 免疫细胞化学 | 抗Bestrophin抗体 | Millipore | MAB5466 |
| 抗ZO-1抗体 | ThermoFisher Scientific | 61-7300 | |
| 驴抗小鼠IgG二抗 | ThermoFisher Scientific | A31571 | |
| 驴抗兔IgG二抗 | ThermoFisher Scientific | A10040 | |
| DAPI染色液 | ThermoFisher Scientific | D1306 | |
| 含DAPI的Prolong Gold抗淬灭封片剂 | ThermoFisher Scientific | P36931 | |
| Nikon A1R共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解缓冲液 | ThermoFisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| DC蛋白浓度测定试剂盒II | Bio-Rad | 5000112 | |
| Mini-Protean TGX预制胶 | Bio-Rad | 4568095 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPFL10100 | |
| Odyssey封闭缓冲液 | LI-COR Biosciences | 927-40000 | |
| 抗视紫红质抗体 | Millipore | MABN15 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 驴抗兔IgG二抗 | LI-COR Biosciences | 926-32213 | |
| 驴抗小鼠IgG二抗 | LI-COR Biosciences | 926-68022 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 抗Bestrophin1抗体 | LAgen Laboratories | 016-Best1-01 | |
| 抗肌动蛋白抗体 | Millipore | MAB1501 | |
| 深度测序 | TrypLE Express解离试剂 | Gibco | 12605010 |
| QuickExtract DNA提取液 | Epicenter | QE09050 | |
| QuickExtract RNA提取液 | Epicenter | QER090150 | |
| ProtoScript II第一链cDNA合成试剂盒 | New England Biolabs | E6560S | |
| MiSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| 单细胞RNA测序 | 木瓜蛋白酶解离试剂盒 | Worthington Biochemical | LK003150 |
| Flowmi细胞过滤器 | Bel-Art SP Scienceware | H13680-0040 | |
| Chromium单细胞v2 3'试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| HiSeq2500测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞重编程 | Cytotune 2.0重编程试剂盒 | ThermoFisher Scientific | A16518 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| iPSC-RPE分化 | 分化时间(至少60天)、培养基成分及添加物(如SU5402、CHIR99021) 阅读提示:Materials and Methods - Differentiation of iPSC Lines to RPE |
| 基因增补 | 慢病毒转导体积(150 μl)、转导后培养时间(≥4周)、转导效率 阅读提示:Materials and Methods - Lentivirus Production and Cell Transduction; Results - BEST1 Augmentation Restores CaCC Activity |
| CaCC电流测量 | 单细胞膜片钳记录条件(钙浓度、电压范围)、细胞数量(≥5个/条件)、重复分化次数(≥2次) 阅读提示:Materials and Methods - Calcium-Activated Chloride Channel Current Density Measurements |
| 基因编辑 | sgRNA设计、慢病毒载体构建、转导后培养时间(2周)、深度测序方法 阅读提示:Materials and Methods - Generation of Lentiviral Vectors; Results - Gene Editing Specifically Targets the Mutant Allele |
| 单细胞RNA测序 | 细胞处理组(突变等位基因靶向sgRNA与AAVS1 sgRNA对照)、分析软件及统计阈值(p < 0.01) 阅读提示:Materials and Methods - Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) and Data Analysis |