单细胞与空间转录组学分析
鉴定CD36在SCI瘢痕中的空间分布和成纤维细胞亚群中的表达模式
对SCI后不同时间点(3、7、14、28天)的脊髓组织进行Visium空间转录组学;对14天损伤段进行单细胞RNA测序,鉴定细胞类型和成纤维细胞亚群。
Targeting the Jun-Irf8-CD36 axis attenuates fibrotic scar formation and promotes functional recovery after spinal cord injury
整合单细胞RNA测序、空间转录组学、CUT&Tag、双荧光素酶报告基因及体内药物干预(SAB/T5224),并通过组织学、免疫荧光和行为学验证功能恢复。
C57BL/6J小鼠T10右半横切脊髓损伤模型 原代活化成纤维细胞培养 HEK293T细胞
SAB腹腔注射剂量:50、100、200 μg/ml,每日给药,持续14天 T5224灌胃剂量:10 mg/kg或20 mg/kg,每日给药,持续14天 T5224体外浓度:10 μM;PMA浓度:100 ng/ml 成纤维细胞转染si-c-Jun和Irf8过表达质粒,验证c-Jun-Irf8-CD36调控轴
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定CD36在SCI瘢痕中的空间分布和成纤维细胞亚群中的表达模式
对SCI后不同时间点(3、7、14、28天)的脊髓组织进行Visium空间转录组学;对14天损伤段进行单细胞RNA测序,鉴定细胞类型和成纤维细胞亚群。
验证抑制CD36或c-Jun是否减轻纤维化瘢痕形成并促进功能恢复
小鼠SCI后给予SAB(CD36抑制剂)或T5224(c-Jun抑制剂),通过免疫荧光、组织学和行为学评估瘢痕、血管、轴突和运动功能。
验证c-Jun-Irf8-CD36调控轴
从14天纤维化瘢痕中分离活化成纤维细胞,用siRNA敲低c-Jun或过表达Irf8,检测CD36表达;通过CUT&Tag和双荧光素酶报告实验验证c-Jun与Irf8启动子结合及Irf8对CD36启动子的激活。
分析药物处理对成纤维细胞亚群和功能通路的影响
对T5224处理组和对照组进行单细胞RNA测序和空间转录组学,分析成纤维细胞亚群比例、基因表达变化和通路富集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 丹酚酸B | Sigma | -- |
| T5224 | MCE | -- | |
| 药物处理(体外) | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯(PMA) | MCE | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 免疫荧光 | 抗βIII微管蛋白抗体 | Cell Signaling | -- |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | -- | |
| 抗CD31抗体 | R&D | -- | |
| 抗CD36抗体 | BD Biosciences | -- | |
| Western blot | 抗P4HB抗体 | Abcam | ab137110 |
| 抗TGF-β抗体 | Selleck | F162402 | |
| 抗CD36抗体 | Proteintech | 66395-1-Ig | |
| 抗Postn抗体 | Biorbyt | orb385615 | |
| 抗GAPDH抗体 | Beyotime | AF0006 | |
| 细胞培养 | I型胶原酶 | Sigma | -- |
| DMEM/F12培养基 | Invitrogen | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 转化生长因子-β | RD Systems | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | -- | |
| 细胞培养(转染) | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取 | QIAzol裂解液 | Qiagen | -- |
| RNeasy脂质组织试剂盒 | Qiagen | -- | |
| RT-qPCR | Omniscript逆转录试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 单细胞测序 | Chromium控制器 | 10x Genomics | -- |
| Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000268 | |
| Chromium Next GEM Chip G试剂盒 | 10x Genomics | 1000120 | |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 空间转录组 | CosMx空间分子成像平台 | NanoString | -- |
| 免疫荧光(封片) | 含DAPI封片剂 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 免疫荧光(成像) | 正置荧光显微镜 | Leica | -- |
| Western blot(检测) | Amersham ECL检测系统 | Amersham | -- |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 行为学分析 | TSE MotoRater步态分析系统 | TSE Systems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 小鼠品系(C57BL/6J),性别(雌性),年龄(8周龄),体重(未说明),损伤方式(T10右半横切),造模后分组(每组n=5),随机化方法(文中未明确说明)。 阅读提示:Methods: SCI and drug treatment |
| 药物干预 | SAB剂量(50、100、200 μg/ml),给药体积(100 μl),给药途径(腹腔注射),给药频率(每日一次),给药时长(14天);T5224剂量(10或20 mg/kg),给药途径(口服灌胃),给药频率(每日一次),给药时长(14天)。 阅读提示:Methods: SCI and drug treatment |
| 组织学分析 | 取材时间点(14天、8周),切片厚度(未说明),抗体浓度(anti-βIII Tubulin 1:400, anti-CD31 1:200, anti-CD36 1:100等),二次抗体稀释度(1:500)。 阅读提示:Methods: Immunofluorescence of mouse spinal cord tissue; Figure legends |
| 成纤维细胞培养 | 组织来源(14天纤维化瘢痕),消化酶(0.1%胶原酶I),消化时间(30分钟),培养基成分(DMEM/F12+10%FBS+10 ng/ml TGF-β+双抗),培养条件(37°C,5% CO2),传代至90%融合后摇床220 rpm 24小时。 阅读提示:Methods: Activated fibroblast culture |
| 机制验证实验 | siRNA序列(未给出),质粒(Irf8过表达载体),转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX),转染时间(12小时),后续孵育时间(60或24小时),T5224使用浓度(10 μM),PMA浓度(100 ng/ml)。 阅读提示:Methods: Activated fibroblast culture; Results: The c-Jun/Irf8/CD36 axis regulates fibrotic scar formation |