单细胞转录组分析
鉴定胎儿睾丸中主要细胞类型,并比较 KS 与对照样本的细胞组成和基因表达差异。
对 4 例胎儿睾丸样本(KS n=2,对照 n=2)进行 scRNA-seq,共获得 38,952 个高质量细胞,聚类为 6 种主要细胞类型,并分析差异表达基因和通路富集。
Single-cell analysis of fetal testis reveals dysfunction of human Leydig cells in Klinefelter syndrome
包含单细胞测序、细胞培养、Western blot、qRT-PCR、流式细胞术、免疫荧光、体外组织培养等多层级验证,并进行功能获得和功能抑制实验。
胎儿睾丸组织(KS 和对照) TM3 小鼠 Leydig 细胞系 原代胎儿 Leydig 细胞
胎儿睾丸样本:KS n=2,对照 n=2,单细胞 RNA 测序 BSJ-04-122(MAPK 抑制剂)处理浓度:10 μM,处理时间 48 小时 TM3 细胞系:ATCC CRL-1714,培养于含 10% FBS 的 DMEM 原代 Leydig 细胞纯度:NR2F2 阳性>85% 统计方法:双尾 Student's t 检验,P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定胎儿睾丸中主要细胞类型,并比较 KS 与对照样本的细胞组成和基因表达差异。
对 4 例胎儿睾丸样本(KS n=2,对照 n=2)进行 scRNA-seq,共获得 38,952 个高质量细胞,聚类为 6 种主要细胞类型,并分析差异表达基因和通路富集。
验证 scRNA-seq 发现的细胞类型比例变化和蛋白表达差异。
通过 H&E 染色观察组织形态,免疫荧光染色检测 DDX4, MAGEA4, SOX9, FOSB, ZO-1, β-catenin, occludin, NR2F2, CYP11A1 等蛋白的表达。
获取胎儿 Leydig 细胞以进行功能实验。
从胎儿睾丸组织通过酶消化和贴壁法分离 Leydig 细胞,并通过 NR2F2 免疫荧光鉴定纯度。
评估抑制 MAPK 通路对 KS Leydig 细胞增殖、分化和睾酮分泌的影响。
用 MAPK 抑制剂 BSJ-04-122 处理原代 KS Leydig 细胞或胎儿睾丸组织,通过细胞计数、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR 和免疫荧光评估效果。
验证 EIF1AX 在 Leydig 细胞中的作用。
在 TM3 细胞中过表达 Eif1ax,通过 CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR 和 Western blot 分析细胞增殖、细胞周期和睾酮合成相关基因的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | Accutase 细胞分离液 | Yeasen | 40506ES60 |
| 40 μm 细胞筛网 | Biosharp | BS-40-XBS | |
| 细胞计数 | 自动细胞计数器 Countess II | Thermo Fisher Scientific | -- |
| scRNA-seq | GEXSCOPE 单细胞 RNA 文库试剂盒 | Singleron | -- |
| SCOPE 芯片 | Singleron | -- | |
| Western blot | RIPA 裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14001 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma | P5726 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1620177 | |
| ECL 检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 32109 | |
| Bio-Rad ChemiDoc XRS+ 凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞培养 | TM3 细胞 | ATCC | CRL-1714 |
| DMEM 培养基 | -- | -- | |
| ExFect 转染试剂 | Vazyme | -- | |
| 原代细胞分离 | 胶原酶 IV | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 脱氧核糖核酸酶 I | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 原代细胞培养 | F12 培养基 | Gibco | -- |
| DMEM/F12 培养基 | -- | -- | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Gibco | -- | |
| 组织培养 | 24 孔 Transwell 培养皿 | Corning | 3422 |
| BSJ-04-122 | MedChemExpress (MCE) | HY-152185 | |
| qRT-PCR | SYBR Green 预混 Pro Taq HS qPCR 试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- |
| 细胞增殖实验 | CCK-8 试剂盒 | Vazyme | A311-01 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | MCE | HY-K1071 |
| FACSCalibur 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq 样本处理 | 胎儿睾丸样本数量(KS n=2,对照 n=2),孕周(20-21 周),细胞活性 阅读提示:Methods - Sample preparation for scRNA-seq, Figure 1A |
| 原代 Leydig 细胞分离 | 酶消化时间(30 分钟)、温度(37°C)、转速(120 rpm),细胞纯度(>85%) 阅读提示:Methods - Isolation and characterization of Leydig cells from fetal testes |
| MAPK 抑制实验 | BSJ-04-122 浓度(10 μM),处理时间(细胞 48 小时,组织 7 天) 阅读提示:Methods - Fetal gonad culture, Results - MAPK inhibition promotes the differentiation of KS Leydig cells |
| EIF1AX 过表达实验 | TM3 细胞来源(ATCC CRL-1714),转染试剂(ExFect),细胞周期分析固定步骤 阅读提示:Methods - Cell culture, Methods - Cell proliferation assay and cell cycle |
| 组织培养 | 培养基成分(10% FBS, 0.46% 丙酮酸钠, 0.05 mg/mL 维生素 C),培养温度(34°C),换液频率(每 2 天) 阅读提示:Methods - Fetal gonad culture |