单细胞转录组分析鉴定ASPN高表达亚群
鉴定在肝纤维化中富集的细胞类型及ASPN表达的细胞特异性。
对公开的scRNA-seq数据(GSE136103、GSE186343)进行分析,对肝细胞进行聚类,识别星状细胞亚群,比较ASPN+与ASPN−星状细胞的基因表达。
Hepatic stellate cell enriched Asporin drives liver fibrosis by stabilizing ERH to promote IL-17/MAPK11 signaling
包含体外细胞实验(LX2/HSC-T6功能验证)、体内小鼠模型(CCl4、HFD+CCl4、BDL)及临床样本分析,并进行功能验证和机制验证(GST pull-down、Co-IP、SPR、结构建模、药物筛选)。
LX2人肝星状细胞系 HSC-T6大鼠肝星状细胞系 C57BL/6小鼠(CCl4诱导肝纤维化模型、HFD+CCl4联合模型、胆管结扎模型) 肝星状细胞特异性Aspn敲除小鼠(AspnHSC-KO)和全身Aspn敲除小鼠(Aspn-KO)
CCl4诱导小鼠模型中,CCl4给药剂量为2 mL/kg(10% CCl4溶于橄榄油),每周两次,持续6周 HFD+CCl4模型中,高脂饮食(D12492)从第1天至第28天,CCl4在第16、19、23、26天腹腔注射 Prasugrel给药剂量为2 mg/kg,通过口服灌胃,每隔一天给药 LX2细胞转染siRNA浓度为20 nmol/L,质粒转染终浓度为2 μg/mL,使用Lipofectamine™ 2000 高内涵筛选使用3105种FDA批准化合物(10 μmol/L终浓度)处理EGFP-ASPN-HEK293细胞48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定在肝纤维化中富集的细胞类型及ASPN表达的细胞特异性。
对公开的scRNA-seq数据(GSE136103、GSE186343)进行分析,对肝细胞进行聚类,识别星状细胞亚群,比较ASPN+与ASPN−星状细胞的基因表达。
验证ASPN表达与肝纤维化分期及血清学指标的相关性。
利用多个bulk RNA-seq数据集(GSE240729、GSE174478、GSE84044等)及肝组织免疫组化染色和血清ELISA,分析ASPN表达与纤维化分期、炎症分级及FIB-4/FIB-5评分的相关性。
验证Asporin对肝星状细胞活化、ECM重塑、增殖和迁移的影响。
在LX2和HSC-T6细胞中过表达ASPN(腺病毒或质粒),检测纤维化基因表达、蛋白水平、胶原收缩能力、增殖和迁移。
验证Aspn缺失对小鼠肝纤维化的影响。
使用全身Aspn敲除(Aspn-KO)和HSC特异性敲除(AspnHSC-KO)小鼠,通过CCl4、HFD+CCl4和BDL诱导纤维化,评估肝脏形态、组织学、生化指标、超声及蛋白表达。
鉴定Asporin的结合蛋白并解析其调控ERH稳定性的机制。
通过GST pull-down结合质谱鉴定Asporin相互作用蛋白,验证Asporin与ERH的直接结合(Co-IP、SPR),检测Asporin对ERH蛋白稳定性及泛素化的影响,并使用AlphaFold2建模预测结合位点。
验证ERH是否为Asporin促纤维化效应的关键介导者。
在LX2细胞中过表达ERH进行RNA-seq和功能实验,并通过ERH siRNA在ASPN过表达细胞中进行拯救实验,检测纤维化标志物及MAPK11表达。
鉴定Asporin抑制剂并验证其在肝纤维化小鼠模型中的治疗效果。
通过基于EGFP-ASPN报告基因的高通量筛选(3105种FDA批准药物),鉴定普拉格雷为Asporin抑制剂;在HFD+CCl4模型中评估普拉格雷(预防和治疗方案)的抗纤维化作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 胎牛血清 | Bio-channel | BC-SE-FBS07 | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | P7630 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 实时荧光定量PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| qPCR反转录试剂盒 | TOYOBO | -- | |
| SYBR Green预混液 | Roche | -- | |
| StepOne实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白质印迹 | GAPDH抗体 | Affinity | 60004-1-1g |
| ERH抗体 | Proteintech | 15974-1-AP | |
| FN1抗体 | Bioworld | BS41340 | |
| Collagen I抗体 | Wanleibio | WL0088 | |
| α-SMA抗体 | Abconal Inc. | BF9212 | |
| Asporin抗体 | Affinity | DF13642 | |
| Desmin抗体 | Proteintech | 16520-1-AP | |
| 免疫荧光 | α-SMA抗体 | Affinity Inc. | BF9212 |
| Collagen I抗体 | Proteintech | 66900-1-Ig | |
| Asporin抗体 | Affinity | DF13642 | |
| Desmin抗体 | Proteintech | 16520-1-AP | |
| ERH抗体 | Santa | sc-373906 | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | Cell Light EdU Apollo 567体外检测试剂盒 | RiboBio | -- |
| 伤口愈合实验 | Nikon Ts100显微镜 | Nikon | -- |
| 超声成像 | Vevo® 2000系统 | -- | -- |
| 组织学染色 | 马松三色染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 生化检测 | 总胆固醇检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K109-M |
| AST活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K236-S | |
| ALT活性荧光检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-F038 | |
| 胶原定量 | 羟脯氨酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| 药物筛选 | FDA批准化合物库 | Selleck | L1300 |
| 免疫共沉淀 | 抗FLAG抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig |
| Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| IP裂解缓冲液 | Abbkine | BMP2020 | |
| 表面等离子体共振 | Biacore 1K系统 | -- | -- |
| CM5芯片 | -- | -- | |
| 药物处理 | 普拉格雷 | MedChemExpress | HY-10112 |
| 动物模型 | 高脂饮食 | Xiao Shu You Tai Biotechnology Co., Ltd. | D12492 |
| 蛋白质表达 | 谷胱甘肽琼脂糖4B树脂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序分析 | 数据来源(GSE136103、GSE186343)、样本数(纤维化n=15,健康n=11)、质量控制标准、聚类注释方法 阅读提示:Method 2.5 Single-cell RNA sequencing and preprocessing |
| 临床样本检测 | 患者队列的病因构成、样本量(组织n=87,血清n=99)、ELISA试剂盒、免疫组化定量方法 阅读提示:Method 2.1 Human samples; Results 3.2 |
| 体外细胞实验 | LX2/HSC-T6细胞培养条件、ASPN过表达方式(腺病毒MOI=300或质粒浓度2 μg/mL)、siRNA浓度(20 nmol/L)、检测时间点 阅读提示:Methods 2.3, 2.4, 2.15, 2.16; Figure legends 3, 5, 6, 7 |
| 动物模型建立 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雄性)、周龄(8-10周)、CCl4剂量(2 mL/kg)、给药频率(每周两次)、持续时间(6周)、HFD型号(D12492)及喂养时间 阅读提示:Method 2.2 Animals and treatment |
| 药物干预 | 普拉格雷剂量(2 mg/kg)、给药途径(口服灌胃)、给药频率(隔天一次)、预防组和治疗组的给药时间窗口 阅读提示:Method 2.2 Animals and treatment; Results 3.7 |
| 分子机制实验 | GST pull-down实验条件、MG132及CHX处理浓度和时间、SPR分析条件、AlphaFold2建模参数 阅读提示:Methods 2.9-2.13, 2.21, 2.22 |
| 高内涵筛选 | 筛选化合物库(3105种FDA批准药物)、筛选浓度(10 μmol/L)、处理时间(48小时)、荧光检测波长 阅读提示:Method 2.20 Cell-based high-throughput screening |