临床表型聚类
基于CVID患者并发症历史,识别临床亚群。
对108例CVID患者的临床并发症历史进行主成分分析和聚类分析,按Ward聚类方法识别三个CVID亚群。
Coexistent alterations of BAFF and B-cell phenotypes in complicated CVID course
包含血浆ELISA、光谱流式、scRNA-seq及BCR测序等多层级验证,但样本量小,部分组间差异显著性较弱(如P=0.057),且缺乏功能实验和体内验证。
CVID患者外周血B细胞 健康供者外周血B细胞
CVID患者分组:根据血浆BAFF和BAFF:TACI比值中位数分组 流式细胞术:光谱流式,Phenograph聚类,分析B细胞亚群 scRNA-seq:CD27-IgD+ B细胞,3例CVID和3例HD BAFF和TACI测量:ELISA法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
基于CVID患者并发症历史,识别临床亚群。
对108例CVID患者的临床并发症历史进行主成分分析和聚类分析,按Ward聚类方法识别三个CVID亚群。
比较不同CVID亚群及健康对照的血浆BAFF、APRIL、BCMA、BAFF-R和TACI水平。
用ELISA测量血浆BAFF、APRIL、BCMA、BAFF-R和TACI浓度,并计算BAFF:TACI比值。
表征CVID患者和健康供者外周血B细胞亚群的分布。
采用光谱流式细胞术分析PBMC,用Phenograph算法聚类识别B细胞亚群,并比较不同组间亚群比例和BAFF-R表达。
探究CVID患者过渡性、静止初始和活化初始B细胞的转录组和BCR库特征。
对3例CVID患者和3例HD的CD27-IgD+ B细胞进行scRNA-seq和BCR测序,分析基因表达差异、通路富集及BCR库多样性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血浆蛋白测量 | BAFF ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- |
| APRIL ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- | |
| TACI ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- | |
| BCMA ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- | |
| BAFF-R ELISA试剂盒 | Novus Biologicals | -- | |
| 流式细胞术 | Cytek Aurora光谱流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- |
| LIVE/DEAD可固定死细胞染料 | Thermo Fisher | -- | |
| Fc受体阻断剂 | BioLegend | -- | |
| 固定/破膜缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| scRNA-seq | Chromium 5'基因表达和V(D)J富集试剂盒 | 10X Genomics | -- |
| FACSAria II流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| NextSeq 2000测序仪 | Illumina | -- | |
| 细胞分离 | Ficoll-Paque密度梯度离心介质 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 研究对象 | CVID诊断标准需符合血清IgG和IgA和/或IgM降低≥2个标准差,排除其他低丙种球蛋白血症原因;排除单基因CVID病因;患者接受免疫球蛋白替代治疗;采血前3个月内无急性感染。 阅读提示:Methods - Participants |
| 血浆蛋白测量 | 使用ELISA测量血浆BAFF、APRIL、BCMA、BAFF-R和TACI;分组的BAFF和BAFF:TACI中位数分别为236 pg/mL和0.54;比较时采用Kruskal-Wallis检验和Dunn多重比较。 阅读提示:Methods - ELISA; Results - 图2 |
| 流式细胞术 | 需要40例CVID和18例HD的PBMC;使用光谱流式细胞仪(Cytek Aurora);Phenograph聚类参数kNN=15,距离度量欧氏;分析B细胞亚群标记;BAFF-R表达以MFI表示。 阅读提示:Methods - Flow Cytometry; Figure Legends - 图4、图5 |
| scRNA-seq | 3例CVID(均有ITP,2例合并ILD)和3例HD;从PBMC中分选CD27-IgD+ B细胞(包含CD38以区分亚群);使用10X Genomics Chromium 5' Gene Expression和V(D)J Enrichment Kit;测序平台NextSeq 2000;质量过滤参数需严格控制;数据分析使用Seurat和scRepertoire。 阅读提示:Methods - scRNA-seq; Figure Legends - 图6、图7 |