单细胞转录组分析
鉴定人类和小鼠肺癌中巨噬细胞的转录组亚群
对人类NSCLC病变和小鼠KP肿瘤进行scRNA-seq,聚类分析鉴定巨噬细胞和单核细胞亚群。
Tissue-resident macrophages provide a pro-tumorigenic niche to early NSCLC cells
研究包含独立证据层级:人类肿瘤单细胞测序、小鼠肿瘤模型、谱系追踪、功能验证(巨噬细胞耗竭)、机制验证(EMT、Treg)及体内外实验。
KP小鼠肺癌原位模型 CD169-DTR小鼠 人类NSCLC肿瘤样本 KP细胞3D球体共培养模型
模型:KP细胞(KrasG12D和p53缺陷)尾静脉注射原位肺癌模型 分组:TRM耗竭组(CD169-DTR+DT)与对照组(WT+DT) 剂量:白喉毒素15 ng/只,鼻内给药 时间:肿瘤接种后5-30天,早期(day 15)和晚期(day 30) 检测:肿瘤负荷、Treg细胞、CD8+ T细胞、EMT标志物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定人类和小鼠肺癌中巨噬细胞的转录组亚群
对人类NSCLC病变和小鼠KP肿瘤进行scRNA-seq,聚类分析鉴定巨噬细胞和单核细胞亚群。
确定肿瘤相关巨噬细胞的起源
使用Map17-creER和Cx3cr1-creER命运图谱小鼠,标记成年造血干细胞衍生的细胞,分析肿瘤相关巨噬细胞的标记。
研究肿瘤进展过程中TRMs和MDMs的空间分布
使用免疫荧光和组织透明化成像,在不同时间点分析TRMs和MDMs与肿瘤细胞的位置关系。
表征TRMs对肿瘤早期信号的响应
对早期和晚期肿瘤及正常肺中的TRMs进行bulk RNA-seq和ATAC-seq,分析基因表达和染色质可及性变化。
验证TRMs对肿瘤细胞侵袭性和EMT的影响
将KP细胞与TRMs或骨髓单核细胞共培养,使用3D球体和matrigel侵袭实验评估EMT和侵袭性。
验证TRMs在早期肿瘤进展和免疫抑制中的作用
使用CD169-DTR小鼠特异性耗竭TRMs,评估肿瘤负荷、Treg细胞和CD8+ T细胞的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10X Chromium | 10X Genomics | -- |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Peprotech | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | Peprotech | -- | |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | -- |
| 白喉毒素 | List Biological Laboratories | -- | |
| 流式细胞术 | Accucheck计数微球 | Molecular Probes | PCB100 |
| FACS缓冲液 | -- | -- | |
| 胶原酶IV | Sigma | -- | |
| 免疫荧光 | E-钙黏蛋白抗体 | BD Biosciences | 610181 |
| TWIST1抗体 | Millipore | ABD29 | |
| 活化caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661S | |
| p27抗体 | Cell Signaling Technology | 3686S | |
| ZEB1抗体 | Sigma | HPA027524 | |
| SIGLECF抗体 | Invitrogen | 1RNM44N | |
| 广谱细胞角蛋白抗体 | Progen | GP11 | |
| CD45.1抗体 | Biolegend | A20 | |
| RNA-seq | RNeasy micro试剂盒 | Qiagen | -- |
| Smart-Seq v4超低输入RNA试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| 低输入文库制备试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| ATAC-seq | 标记DNA缓冲液 | Illumina | -- |
| 标记DNA酶 | Illumina | -- | |
| MinElute PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 细胞分选 | Easy Step Naive CD4+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19765A |
| MagniSort小鼠CD8初始T细胞富集试剂盒 | Invitrogen | 8804-6825-74 | |
| MagniSort小鼠CD4初始T细胞富集试剂盒 | Invitrogen | 8804-6824-74 | |
| 免疫组化 | 黑色素漂白试剂盒 | Polysciences | 24909 |
| AEC底物 | Vector Laboratories | SK4200 | |
| 甘油基封片剂 | Dako | C0563 | |
| 细胞培养 | 胰岛素 | Gibco | 12585014 |
| 表皮生长因子 | Peprotech | AF-100-15 | |
| B27补充剂 | Gibco | 17504044 | |
| 免疫荧光 | AlexaFluor 568山羊抗小鼠 | Invitrogen | A11004 |
| AlexaFluor 647山羊抗兔 | Invitrogen | A21244 | |
| AlexaFluor 568山羊抗大鼠 | Invitrogen | A11077 | |
| AlexaFluor 647山羊抗小鼠 | Invitrogen | A21235 | |
| AlexaFluor 405山羊抗兔 | Invitrogen | A31556 | |
| AlexaFluor 488山羊抗豚鼠 | Invitrogen | A11073 | |
| ProLong Gold防淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen | P36931 | |
| Alexa Fluor 432标记试剂盒 | Invitrogen | A20182 | |
| Alexa Fluor 594标记试剂盒 | Invitrogen | A20185 | |
| Alexa Fluor 647标记试剂盒 | Invitrogen | A20186 | |
| 仪器 | Leica DMI8显微镜 | Leica | -- |
| Leica SPE共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| Leica TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| BD FACSAria流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| Illumina NextSeq 550测序仪 | Illumina | -- | |
| IncuCyte S3活细胞成像系统 | Sartorius | -- | |
| 奥林巴斯数字切片扫描仪 | Olympus | -- | |
| Leica Biosystems Aperio AT2数字切片扫描仪 | Leica Biosystems | -- | |
| 试剂 | Triton X-100 | Sigma | X100 |
| 甘氨酸 | Sigma | G7403 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma | D8418 | |
| 肝素 | Akron Biotech | AK3004 | |
| 吐温20 | Calbiochem | 655205 | |
| TrypLE Express消化液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 红细胞裂解液 | BioLegend | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 单细胞悬液制备、细胞分选门控、建库试剂盒、测序深度 阅读提示:Methods: scRNA-seq of KP tumours and naive lungs from mice; Extended Data Fig. 1a |
| 谱系追踪 | 他莫昔芬给药方案(剂量、途径、时间)、标记效率、分析时间点 阅读提示:Methods: Fate-mapping; Extended Data Fig. 2a, b |
| 肿瘤模型 | 细胞系(KP、B16-OVA)、注射细胞数、注射途径、肿瘤生长时间 阅读提示:Methods: Tumour implantation |
| 巨噬细胞耗竭 | 白喉毒素剂量、给药途径(鼻内)、给药时间、耗竭验证 阅读提示:Methods: Diphtheria-toxin-induced depletion of TRMs; Extended Data Fig. 6d |
| 体外共培养 | 细胞比例、培养时间、培养基成分(低血清、Matrigel)、细胞因子浓度 阅读提示:Methods: Spheroids; Oncospheres |
| 流式细胞术 | 抗体克隆、染色方案、固定/破膜试剂、绝对计数方法 阅读提示:Methods: Flow cytometry and FACS; Supplementary Table 6 |