患者队列相关性分析
评估B细胞浸润及IgA-pIgR共定位与患者生存期的关联
对534例HGSOC组织芯片进行多重免疫组化染色,分析CD19、CD138、IgA、pIgR等标记,结合生存数据统计。
IgA transcytosis and antigen recognition govern ovarian cancer immunity
包含患者样本队列分析、细胞实验、动物模型及单细胞测序等多层级验证,并明确功能与机制研究。
高级别浆液性卵巢癌患者队列 OVCAR3卵巢癌细胞系 RAG1缺陷小鼠移植瘤模型 原代卵巢癌细胞
IgA与pIgR共定位与患者生存期的关联分析 IgA转胞吞作用依赖pIgR及Fc段 IgA处理对RAS通路下游ERK磷酸化的影响 T细胞杀伤增强依赖IgA-Fc与pIgR 体内实验中抗体给药剂量及时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估B细胞浸润及IgA-pIgR共定位与患者生存期的关联
对534例HGSOC组织芯片进行多重免疫组化染色,分析CD19、CD138、IgA、pIgR等标记,结合生存数据统计。
确认IgA能否通过pIgR在卵巢癌细胞中发生转胞吞作用
将荧光标记的IgA与pIgR+ OVCAR3细胞共孵育,观察内化和细胞表面沉积;用PIGR敲除或转胞吞抑制剂处理验证依赖性;LC-MS/MS检测分泌组分的肽段。
探究IgA转胞吞对肿瘤细胞转录组及信号通路的影响
对IgA处理后的OVCAR3细胞进行RNA-seq,GSEA分析;Western blot检测DUSP5和磷酸化ERK水平。
验证IgA处理能否增强T细胞对肿瘤细胞的杀伤
将NY-ESO-1 TCR或FSH-CAR T细胞与IgA预处理的肿瘤细胞共培养,检测细胞毒性;用原代肿瘤细胞和自体T细胞进行验证。
评估IgA或抗原特异性IgA对肿瘤生长的抑制作用
在RAG1缺陷小鼠中建立OVCAR3移植瘤,瘤内或瘤周注射IgA抗体,测量肿瘤体积和重量;使用PIGR敲除肿瘤或NSG小鼠验证机制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | R10培养基 | ThermoScientific | -- |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 基因编辑 | TrueCut Cas9蛋白v.2 | Invitrogen | -- |
| Neon转染系统 | ThermoFisher | -- | |
| 细胞培养 | 人卵巢表面上皮细胞 | ScienCell Research Laboratories | 7310 |
| R10培养基 | ThermoScientific | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 流式分析 | Zombie NIR活性染料 | BioLegend | -- |
| Zombie Yellow活性染料 | BioLegend | -- | |
| DAPI | ThermoScientific | -- | |
| 抗CD16/32抗体 | BioLegend | -- | |
| CD45抗体 | BD Biosciences | HI30 | |
| CD3抗体 | BD Biosciences | SK7 | |
| CD19抗体 | BD Biosciences | HIB19 | |
| CD20抗体 | BioLegend | 2H7 | |
| CD38抗体 | BD Biosciences | HIT2 | |
| CD138抗体 | BioLegend | MI15 | |
| CD27抗体 | BD Biosciences | M-T271 | |
| IgA抗体 | Tonbo Biosciences | 35-8016-M001 | |
| IgG抗体 | BioLegend | M1310G05 | |
| IgM抗体 | BioLegend | MHM-88 | |
| IgD抗体 | BD Biosciences | IA6-2 | |
| IgE抗体 | BD Biosciences | G7-26 | |
| EpCAM抗体 | BD Biosciences | KS1/4 | |
| pIgR抗体 | ThermoScientific | PA5-35340 | |
| CD45抗体(小鼠) | BioLegend | 30-F11 | |
| CD11b抗体 | BioLegend | M1/70 | |
| CD351抗体 | BioLegend | TX61 | |
| APC偶联人IgA | -- | -- | |
| CD351中和抗体 | BioLegend | 137303 | |
| 同型对照 | BioLegend | 400123 | |
| 免疫组化 | OPAL 7色自动化免疫组化试剂盒 | PerkinElmer | -- |
| BOND RX自动染色仪 | Leica Biosystems | -- | |
| CD3抗体 | Dako | A0452 | |
| CD4抗体 | Cell Marque | 104R-25 | |
| CD8抗体 | Dako | M7103 | |
| CD19抗体 | Dako | M7296 | |
| CD20抗体 | Dako | M0755 | |
| CD138抗体 | Dako | M7228 | |
| pIgR抗体 | Abcam | ab96196 | |
| IgA抗体 | Abcam | ab124716 | |
| IgG抗体 | Abcam | ab109489 | |
| 广谱细胞角蛋白抗体 | Dako | M3515 | |
| Vectra3自动定量病理成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 成像分析 | HALO | Indica Labs | -- |
| 显微镜 | Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Zeiss Imager Z2正置显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| ORCA-Flash 4.00 V3 CMOS相机 | Hamamatsu Photonics K.K. | -- | |
| TUNEL检测 | TUNEL Alexa Fluor 647成像检测试剂盒 | ThermoScientific | -- |
| 抗体内化实验 | APC偶联试剂盒 | Abcam | -- |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | ThermoScientific | -- |
| 蛋白酶磷酸酶抑制剂混合物 | SigmaAldrich | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoScientific | -- | |
| 抗pIgR抗体 | Abcam | ab96196 | |
| 抗IgA抗体 | Abcam | ab124716 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | CST | 5726 | |
| 抗ERK1/2抗体 | CST | 4696 | |
| 抗DUSP5抗体 | Abcam | ab200708 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | CST | 5125 | |
| 抗小鼠二抗 | CST | 7074 | |
| 抗兔二抗 | CST | 7076 | |
| 抗人二抗 | Abcam | ab97215 | |
| 增强化学发光底物 | GE HealthCare | -- | |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀试剂盒 | Pierce | -- |
| 抗IgA抗体 | Abcam | ab124716 | |
| 抗分泌成分抗体 | Abcam | ab3924 | |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| Illumina NextSeq 550测序仪 | Illumina | -- | |
| 质谱分析 | MaxQuant | -- | -- |
| 细胞毒性实验 | 荧光素酶检测 | Promega | -- |
| B细胞永生化 | CD19磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-050-301 |
| 人B细胞扩增试剂 | R&D Systems | CDK005 | |
| EB病毒 | ATCC | VR-1492 | |
| Amicon超滤管 | Millipore | UFC900325 | |
| 人类蛋白质组芯片 | CDi Lab | -- | |
| 生物素化肽 | GenScript | -- | |
| PE标记链霉亲和素 | BioLegend | 405203 | |
| 抗体纯化 | LigaTrap纯化试剂盒 | LigaTrap | LT-146KIT |
| LigaTrap纯化试剂盒 | LigaTrap | LT-095KIT | |
| 抗体片段化 | 胃蛋白酶消化试剂盒 | ThermoScientific | 44988 |
| 动物实验 | NK1.1中和抗体 | BioXCell | PK136 |
| NK1.1中和抗体 | BioXCell | BE0036 | |
| 单细胞BCR测序 | 10X Genomics Chromium系统 | 10X Genomics | -- |
| Chromium NextGEM单细胞V(D)J试剂盒 | 10X Genomics | -- | |
| Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列分析 | 队列组成(534例HGSOC来自NECC、NHS、MCC),组织芯片制备及免疫组化染色条件,IgA-pIgR共定位阈值(中位数) 阅读提示:Methods: Human samples, Multiplex immunohistochemistry; Extended Data Fig. 1 |
| IgA转胞吞实验 | IgA浓度(0.5 μg/ml),孵育时间(8小时),转胞吞抑制剂(wortmannin 1 μM, brefeldin A 1 μg/ml),细胞系(OVCAR3等),PIGR敲除验证 阅读提示:Methods: IgA transcytosis and pIgR LC-MS/MS; Fig. 2a, b |
| 转录组分析 | IgA或IgG处理浓度(0.5 μg/ml)和时间(24小时),细胞培养条件(2% FBS),RNA-seq平台及数据分析流程 阅读提示:Methods: RNA sequencing |
| T细胞杀伤实验 | 效应细胞(NY-ESO-1 TCR或FSH-CAR T细胞)制备,靶细胞(OVCAR3-NY-ESO-1等),IgA浓度(0.5 μg/ml),共培养时间(4或16小时),效靶比 阅读提示:Methods: Cytotoxicity assay; Fig. 2f, g |
| 体内实验 | 小鼠品系(RAG1-/-或NSG),肿瘤细胞接种量(1×10^7),抗体给药剂量(100 μg/20g体重)及时间(第7、11、15、19、23天),给药方式(瘤内或瘤周) 阅读提示:Methods: Mice and tumours; Extended Data Fig. 5a |