下丘脑发育的分子设计

Molecular design of hypothalamus development

作者信息Roman A Romanov, Evgenii O Tretiakov, Maria Eleni Kastriti, Maja Zupancic, Martin Häring, Solomiia Korchynska, Konstantin Popadin, Marco Benevento, Patrick Rebernik, Francois Lallemend, Katsuhiko Nishimori, Frédéric Clotman, William D Andrews, John G Parnavelas, Matthias Farlik, Christoph Bock, Igor Adameyko, Tomas Hökfelt, Erik Keimpema, Tibor Harkany
PMID32499648
期刊Nature
发布时间2020-06
DOI10.1038/s41586-020-2266-0

实验完整度

结合scRNA-seq、GRN筛选、遗传谱系追踪、基因敲除小鼠和电生理记录等多层级验证。

主要模型

小鼠胚胎及出生后下丘脑组织 小鼠神经母细胞瘤细胞系Neuro2A 小鼠遗传模型(Ascl1-CreERT2::Ai14、Slit1-/-、Robo1-/-等)

重点核对

scRNA-seq样本量:E15.5 (n=8), E17.5 (n=7), P0 (n=4), P2 (n=4), P10 (n=3), P23 (n=3) Slit/Robo突变体验证:Slit1-/-、Slit2-/-、Robo1-/-小鼠的细胞密度和突触密度变化 Ascl1谱系追踪:他莫昔芬注射时间点E11.5至E16.5,剂量150 mg/kg Onecut3过表达实验:Neuro2A细胞转染500 ng Onecut3或Abcd2对照质粒

摘要

摘要:下丘脑内嵌着大量特化的神经内分泌指挥系统,控制着最基本的生理需求。然而,一个整合了神经元和胶质细胞多样性分子决定因素的发育蓝图,在时空尺度上仍未解决。在这里,我们结合对51,199个外胚层来源细胞的单细胞RNA测序、基因调控网络筛选、基于GWAS的疾病表型分析以及遗传谱系重建,表明在妊娠中期,9种胶质细胞亚型和33种神经元亚型在不同的GRN控制下产生。由神经递质、神经肽和转录因子产生的组合分子密码是解码下丘脑神经元分类学层次的最低要求。GABA和多巴胺而非谷氨酸神经元的分化依赖于准稳定的中间状态,其中一组GABA祖细胞产生多巴胺细胞。在下丘脑中发现了一种出乎意料的丰富的趋化性增殖和导向线索,这些线索通常参与背侧(皮层)模式形成。特别是,Slit/Robo功能丧失影响了室周多巴胺神经元的产生和定位。总的来说,我们揭示了塑造下丘脑发育结构的分子原理,并展示了神经元异质性如何转化为多模式神经单元,从而赋予整个生命过程中几乎无限的适应潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
下丘脑发育过程中,神经元和胶质细胞多样性的分子决定因素是什么?
核心机制
不同神经递质和神经肽的组合编码区分神经元亚型;GABA和GABA衍生的多巴胺神经元分化依赖于准稳定中间状态;Slit/Robo信号指导神经元的产生、迁移和突触形成
主要证据
基于51,199个外胚层细胞scRNA-seq鉴定出9种胶质和33种神经元亚型;通过GRN分析及Slit1/2、Robo1敲除小鼠验证功能
研究意义
揭示了下丘脑发育的分子原理,为研究先天和后天代谢疾病提供了模板。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组图谱构建

鉴定下丘脑发育过程中的细胞类型和状态

对小鼠E15.5-P23阶段共51,199个外胚层来源细胞进行scRNA-seq,并通过CCA整合和UMAP降维聚类,区分出神经祖细胞、胶质细胞和神经元亚型

2

谱系追踪验证神经发生

验证Ascl1+祖细胞产生神经元的能力

使用Ascl1-CreERT2::Ai14小鼠,在不同时间点注射他莫昔芬,追踪Ascl1+细胞的后代

3

基因调控网络分析

识别决定细胞身份和分化的基因调控网络

利用pySCENIC对scRNA-seq数据进行GRN推断,鉴定出395个活跃的regulons,并分析其在不同细胞簇中的活性

4

GWAS关联分析

将regulons与人类临床表型关联起来

使用UK Biobank的GWAS数据,分析regulon基因中的SNPs与代谢和精神疾病的相关性

5

Slit/Robo功能验证

探究Slit/Robo信号在下丘脑神经元发育中的作用

通过Slit1-/-, Slit2-/-和Robo1-/-小鼠,观察室周区细胞密度和Vglut2+突触密度的变化

6

多巴胺神经元亚型分析

确定多巴胺神经元的分子身份和发育轨迹

使用Th+细胞亚群,通过RNA velocity和伪时间分析,揭示多巴胺神经元亚型的多样性及其与GABA谱系的关联

7

电生理学表征

定义A14区域多巴胺神经元的电生理特性

通过全细胞膜片钳记录,对Onecut3+多巴胺神经元进行电生理分类

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
木瓜蛋白酶解离系统Worthington--
10x Genomics Chromium单细胞试剂盒(版本2)10x Genomics--
Illumina HiSeq3000测序仪Illumina--
兔抗TH抗体MilliporeAB152
羊抗TH抗体Novus BiologicalsNB300-110
羊抗ONECUT2抗体R&D SystemsAF6294
豚鼠抗ONECUT3抗体----
兔抗VGLUT2抗体M. Watanabe--
羊抗GFP抗体Abcamab6662
鸡抗GFP抗体Aves Labs Inc.GFP-1020
兔抗SOX2抗体Abcamab97959
鸡抗mCherry抗体EnCor BiotechCPCA-mCHERRY
小鼠抗MASH1抗体BD Pharmingen556604
豚鼠抗GFAP抗体Synaptic Systems173004
兔抗磷酸化组蛋白H3抗体Cell Signaling Technology9701
鸡抗NeuN抗体Merck MilliporeABN91
小鼠抗FLAG标签抗体SigmaF1804
小鼠抗HA标签抗体Cell Signaling TechnologymAb2367
Alexa Fluor 488亲和纯驴抗山羊二抗Jackson ImmunoResearch705-545-147
Alexa Fluor 488驴抗小鼠二抗Jackson ImmunoResearch715-545-151
Alexa Fluor 488亲和纯驴抗豚鼠二抗Jackson ImmunoResearch706-545-148
Alexa Fluor 647亲和纯驴抗豚鼠二抗Jackson ImmunoResearch706-605-148
Alexa Fluor 647亲和纯驴抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-605-152
Cy2亲和纯驴抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-225-152
Cy3亲和纯驴抗鸡二抗Jackson ImmunoResearch703-165-155
Cy3亲和纯驴抗山羊二抗Jackson ImmunoResearch705-165-147
Cy3亲和纯驴抗豚鼠二抗Jackson ImmunoResearch706-165-148
Cy3亲和纯驴抗小鼠二抗Jackson ImmunoResearch715-165-150
Cy3亲和纯驴抗兔二抗Jackson ImmunoResearch711-165-152
Hoechst 33342染料Sigma--
蔡司LSM880激光扫描共聚焦显微镜Zeiss--
ImageJ 1.52a图像分析软件----
RNAscope® 2.0原位杂交试剂盒Advanced Cell Diagnostics--
HCR v3.0原位杂交试剂盒Molecular Instruments--
DMEM培养基(含4.5g/L葡萄糖、Glutamax、10%胎牛血清)Gibco--
多聚-D-赖氨酸Sigma--
jetPRIME转染系统----
Aurum总RNA提取试剂盒BioRad--
High Capacity RNA-to-cDNA试剂盒Applied Biosystems--
SYBR green荧光染料BioRad--
CFX实时荧光定量PCR仪BioRad--
VT1200S振动切片机Leica--
EPC-10三通道放大器HEKA--
P-1000拉制仪Sutter--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
scRNA-seq样本采集
小鼠品系(C57BL6/N)、年龄(E15.5-P23)、样本量(每个时间点3-8只)
阅读提示:Online Methods: Cell capture, lysis and RNA-seq; Sample sizes
谱系追踪
他莫昔芬剂量(150 mg/kg)、注射时间(E11.5-E16.5)、观察时间(E18.5)
阅读提示:Online Methods: Tamoxifen injection and tissue processing
Slit/Robo功能验证
小鼠基因型(Slit1-/-, Slit2-/-, Robo1-/-)、检测指标(细胞密度, Vglut2+突触密度)
阅读提示:Figure 3g,h; Results: Regulons instruct chemotropic signalling
Onecut3过表达
Neuro2A细胞系、转染质粒(Onecut3或Abcd2)和剂量(500 ng)、培养时间(3天)
阅读提示:Online Methods: In vitro overexpression of Onecut3
电生理记录
脑片厚度(300 μm)、记录区域(A14)、电极电阻(3-4 MΩ)
阅读提示:Online Methods: Patch-clamp electrophysiology