单细胞转录组图谱构建
鉴定下丘脑发育过程中的细胞类型和状态
对小鼠E15.5-P23阶段共51,199个外胚层来源细胞进行scRNA-seq,并通过CCA整合和UMAP降维聚类,区分出神经祖细胞、胶质细胞和神经元亚型
Molecular design of hypothalamus development
结合scRNA-seq、GRN筛选、遗传谱系追踪、基因敲除小鼠和电生理记录等多层级验证。
小鼠胚胎及出生后下丘脑组织 小鼠神经母细胞瘤细胞系Neuro2A 小鼠遗传模型(Ascl1-CreERT2::Ai14、Slit1-/-、Robo1-/-等)
scRNA-seq样本量:E15.5 (n=8), E17.5 (n=7), P0 (n=4), P2 (n=4), P10 (n=3), P23 (n=3) Slit/Robo突变体验证:Slit1-/-、Slit2-/-、Robo1-/-小鼠的细胞密度和突触密度变化 Ascl1谱系追踪:他莫昔芬注射时间点E11.5至E16.5,剂量150 mg/kg Onecut3过表达实验:Neuro2A细胞转染500 ng Onecut3或Abcd2对照质粒
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定下丘脑发育过程中的细胞类型和状态
对小鼠E15.5-P23阶段共51,199个外胚层来源细胞进行scRNA-seq,并通过CCA整合和UMAP降维聚类,区分出神经祖细胞、胶质细胞和神经元亚型
验证Ascl1+祖细胞产生神经元的能力
使用Ascl1-CreERT2::Ai14小鼠,在不同时间点注射他莫昔芬,追踪Ascl1+细胞的后代
识别决定细胞身份和分化的基因调控网络
利用pySCENIC对scRNA-seq数据进行GRN推断,鉴定出395个活跃的regulons,并分析其在不同细胞簇中的活性
将regulons与人类临床表型关联起来
使用UK Biobank的GWAS数据,分析regulon基因中的SNPs与代谢和精神疾病的相关性
探究Slit/Robo信号在下丘脑神经元发育中的作用
通过Slit1-/-, Slit2-/-和Robo1-/-小鼠,观察室周区细胞密度和Vglut2+突触密度的变化
确定多巴胺神经元的分子身份和发育轨迹
使用Th+细胞亚群,通过RNA velocity和伪时间分析,揭示多巴胺神经元亚型的多样性及其与GABA谱系的关联
定义A14区域多巴胺神经元的电生理特性
通过全细胞膜片钳记录,对Onecut3+多巴胺神经元进行电生理分类
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | 木瓜蛋白酶解离系统 | Worthington | -- |
| 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Chromium单细胞试剂盒(版本2) | 10x Genomics | -- |
| Illumina HiSeq3000测序仪 | Illumina | -- | |
| 免疫组织化学 | 兔抗TH抗体 | Millipore | AB152 |
| 羊抗TH抗体 | Novus Biologicals | NB300-110 | |
| 羊抗ONECUT2抗体 | R&D Systems | AF6294 | |
| 豚鼠抗ONECUT3抗体 | -- | -- | |
| 兔抗VGLUT2抗体 | M. Watanabe | -- | |
| 羊抗GFP抗体 | Abcam | ab6662 | |
| 鸡抗GFP抗体 | Aves Labs Inc. | GFP-1020 | |
| 兔抗SOX2抗体 | Abcam | ab97959 | |
| 鸡抗mCherry抗体 | EnCor Biotech | CPCA-mCHERRY | |
| 小鼠抗MASH1抗体 | BD Pharmingen | 556604 | |
| 豚鼠抗GFAP抗体 | Synaptic Systems | 173004 | |
| 兔抗磷酸化组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 9701 | |
| 鸡抗NeuN抗体 | Merck Millipore | ABN91 | |
| 小鼠抗FLAG标签抗体 | Sigma | F1804 | |
| 小鼠抗HA标签抗体 | Cell Signaling Technology | mAb2367 | |
| Alexa Fluor 488亲和纯驴抗山羊二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-545-147 | |
| Alexa Fluor 488驴抗小鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-545-151 | |
| Alexa Fluor 488亲和纯驴抗豚鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 706-545-148 | |
| Alexa Fluor 647亲和纯驴抗豚鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 706-605-148 | |
| Alexa Fluor 647亲和纯驴抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-605-152 | |
| Cy2亲和纯驴抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-225-152 | |
| Cy3亲和纯驴抗鸡二抗 | Jackson ImmunoResearch | 703-165-155 | |
| Cy3亲和纯驴抗山羊二抗 | Jackson ImmunoResearch | 705-165-147 | |
| Cy3亲和纯驴抗豚鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 706-165-148 | |
| Cy3亲和纯驴抗小鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-165-150 | |
| Cy3亲和纯驴抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-165-152 | |
| Hoechst 33342染料 | Sigma | -- | |
| 显微成像 | 蔡司LSM880激光扫描共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 图像处理 | ImageJ 1.52a图像分析软件 | -- | -- |
| 原位杂交 | RNAscope® 2.0原位杂交试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| HCR v3.0原位杂交试剂盒 | Molecular Instruments | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基(含4.5g/L葡萄糖、Glutamax、10%胎牛血清) | Gibco | -- |
| 多聚-D-赖氨酸 | Sigma | -- | |
| 转染 | jetPRIME转染系统 | -- | -- |
| RNA提取 | Aurum总RNA提取试剂盒 | BioRad | -- |
| cDNA合成 | High Capacity RNA-to-cDNA试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| qPCR | SYBR green荧光染料 | BioRad | -- |
| CFX实时荧光定量PCR仪 | BioRad | -- | |
| 脑片制备 | VT1200S振动切片机 | Leica | -- |
| 电生理 | EPC-10三通道放大器 | HEKA | -- |
| P-1000拉制仪 | Sutter | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq样本采集 | 小鼠品系(C57BL6/N)、年龄(E15.5-P23)、样本量(每个时间点3-8只) 阅读提示:Online Methods: Cell capture, lysis and RNA-seq; Sample sizes |
| 谱系追踪 | 他莫昔芬剂量(150 mg/kg)、注射时间(E11.5-E16.5)、观察时间(E18.5) 阅读提示:Online Methods: Tamoxifen injection and tissue processing |
| Slit/Robo功能验证 | 小鼠基因型(Slit1-/-, Slit2-/-, Robo1-/-)、检测指标(细胞密度, Vglut2+突触密度) 阅读提示:Figure 3g,h; Results: Regulons instruct chemotropic signalling |
| Onecut3过表达 | Neuro2A细胞系、转染质粒(Onecut3或Abcd2)和剂量(500 ng)、培养时间(3天) 阅读提示:Online Methods: In vitro overexpression of Onecut3 |
| 电生理记录 | 脑片厚度(300 μm)、记录区域(A14)、电极电阻(3-4 MΩ) 阅读提示:Online Methods: Patch-clamp electrophysiology |