先天性心脏病的整合多组学表征

Integrated multi-omic characterization of congenital heart disease

作者信息Matthew C Hill, Zachary A Kadow, Hali Long, Yuka Morikawa, Thomas J Martin, Emma J Birks, Kenneth S Campbell, Jeanne Nerbonne, Kory Lavine, Lalita Wadhwa, Jun Wang, Diwakar Turaga, Iki Adachi, James F Martin
PMID35732239
期刊Nature
发布时间2022-08
DOI10.1038/s41586-022-04989-3

摘要

心脏是胚胎中最早发育的器官,其复杂的形态发生过程若出现缺陷则会导致先天性心脏病(CHD)。在现有疗法下,超过90%的CHD患者能存活至成年,但许多患者会因心力衰竭和非心脏原因而过早死亡。为了深入了解这种疾病的进展,我们对来自对照组心脏和CHD患者(包括左心发育不良综合征和法洛四联症这两种常见的紫绀型CHD病变,以及扩张型和肥厚型心肌病)心脏的157,273个细胞核进行了单核RNA测序。我们在心肌细胞中观察到CHD特异性的细胞状态,这些状态显示出胰岛素抵抗的证据以及与FOXO信号和CRIM1相关基因的表达增加。HLHS中的心脏成纤维细胞富集于低Hippo和高YAP的细胞状态,这是活化心脏成纤维细胞的特征。成像质谱流式细胞术揭示了CHD中空间分辨的血管周围微环境,该环境与免疫缺陷状态一致。外周免疫细胞分析表明CHD中存在单核细胞免疫缺陷,这与CHD易感染和患癌症的倾向相符。我们对CHD的全面表型分析为未来CHD的个性化治疗提供了路线图。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
康宁CoolCell冷冻容器CorningCoolCell Freezing Container
CryoStor CS10溶液StemCell Technologies07930
杜氏磷酸盐缓冲盐水----
胎牛血清StemCell Technologies07905
淋巴细胞分离液StemCell Technologies07801
SepMate-15 (IVD)管StemCell Technologies85415
CD14微珠Miltenyi Biotec130-050-201
MS分选柱Miltenyi Biotec130-042-201
人NK细胞分离试剂盒Miltenyi Biotec130-092-657
Optiprep密度梯度介质Sigma--
牛血清白蛋白Sigma--
RNA酶抑制剂Enzymatics/QiagenY9240L
10X Genomics Chromium Controller10X GenomicsChromium Controller
10X Genomics单细胞3'试剂盒v310X GenomicsSingle Cell 3′ Reagents Kit v3
Illumina Nextseq 500测序仪IlluminaNextseq 500
NovaSeq 6000测序仪IlluminaNovaSeq 6000
Cytation 5细胞成像多模式阅读器BiotekCytation 5
徕卡TCS SP5共聚焦显微镜LeicaTCS SP5
徕卡LAS AF软件LeicaLAS AF
ImageJ软件----
RNAscope多重荧光V2检测试剂盒ACDBio--
小麦胚芽凝集素-AF488ThermoFisherW11261
Opal 520染料Akoya BiosciencesFP1487001KT
Opal 570染料Akoya BiosciencesFP1488001KT
Opal 690染料Akoya BiosciencesFP1497001KT
蔡司LSM780共聚焦显微镜ZeissLSM780
FIJI/ImageJ软件----
Hyperion成像系统FluidigmHyperion
Proteome Profiler人XL细胞因子阵列试剂盒R&D BiosystemsARY022B
人脐带血血浆StemCell Technologies70020.1
液相色谱-质谱联用系统----
液相色谱-串联质谱联用系统----