皮肤特异性抗原诱导
建立皮肤特异性表达新抗原的小鼠模型,研究外周耐受机制。
使用NINJA小鼠(Rosa26-NINJA/CreERT2;CAG-rtTA3),通过饲喂Dox饮食和局部涂抹4-OH-Tam诱导表皮细胞表达GFP融合的LCMV GP33和GP61抗原。
PD-1 maintains CD8 T cell tolerance towards cutaneous neoantigens
包含NINJA小鼠皮肤抗原诱导模型、PD-1阻断/敲除、细胞 depletion、scRNAseq、IVIS成像及人类样本验证,功能与机制验证完整,实验层级多。
NINJA小鼠(皮肤特异性抗原表达模型) P14 TCR转基因CD8 T细胞过继转移模型 人类皮肤活检样本(lichemoid irAE患者) LCMV感染小鼠模型(对照)
NINJA小鼠中Dox/4-OH-Tam诱导抗原(GFP)表达的效率(15±4%的皮肤细胞为GFP+) PD-1阻断抗体(clone 29F.1A12)和CTLA-4阻断抗体(clone 9D9)的给药方案(100μg/抗体/鼠,间隔3天) PD-1敲除P14 CD8 T细胞的CRISPR/Cas9编辑效率 皮肤病理评分系统(0-300分)及评分标准 scRNAseq分析中细胞过滤和聚类参数(UMI阈值、基因数等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立皮肤特异性表达新抗原的小鼠模型,研究外周耐受机制。
使用NINJA小鼠(Rosa26-NINJA/CreERT2;CAG-rtTA3),通过饲喂Dox饮食和局部涂抹4-OH-Tam诱导表皮细胞表达GFP融合的LCMV GP33和GP61抗原。
评估PD-1/CTLA-4阻断或T细胞亚群清除对皮肤耐受的影响。
对Ag ON小鼠给予抗PD-1和/或抗CTLA-4抗体,或清除CD8/CD4 T细胞,观察皮肤病理发展。
验证PD-1对CD8 T细胞的内在调控作用。
将野生型或CRISPR/Cas9敲除PD-1的P14 CD8 T细胞过继转移至N/C小鼠,然后诱导抗原表达,观察皮肤病理和T细胞定位。
量化皮肤病理程度并分析浸润免疫细胞。
通过病理评分、H&E染色、免疫荧光/免疫组化、流式细胞术和IVIS成像分析皮肤病理和T细胞浸润。
描绘皮肤细胞组成和Ag特异性CD8 T细胞的分化轨迹。
对小鼠皮肤(Ag OFF/ON/CPI)进行scRNAseq,分析细胞类型、T细胞亚群、拟时间轨迹和细胞间相互作用;对人类皮肤活检进行scRNAseq和V(D)J测序。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因分型 | GoTaq G2 Green Master Mix | Promega | M7823 |
| 细胞分离 | EasySep CD8 T细胞阴性选择试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19853 |
| 基因编辑 | Cas9核酸酶V3 | IDT | 1081059 |
| 细胞转染 | Lonza P3原代细胞4D-Nucleofector X试剂盒 | Lonza | V4XP-3032 |
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| 细胞刺激 | 人IL-2 | PeproTech | 200-02 |
| 抗CD3/CD28磁珠 | ThermoFisher Scientific | 11452D | |
| 皮肤处理 | 小鼠表皮解离试剂盒 | Miltenyi | 130-095-928 |
| 细胞刺激 | GP33-41肽 | AnaSpec | AS-61296 |
| 流式分析 | BD Cytofix/Cytoperm固定/破膜试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| Symphony A5流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 流式分选 | FACSAria流式分选仪 | BD Biosciences | -- |
| IVIS成像 | XenoLight D-荧光素钾盐 | PerkinElmer | 122799 |
| 小动物活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 免疫荧光 | 含DAPI的Vectashield抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1200-10 |
| Leica SP5共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 包埋 | O.C.T.包埋剂 | VWR | 25608-930 |
| 免疫组化 | EVOS成像系统 | ThermoFisher Scientific | -- |
| scRNA-seq | Chromium单细胞5'试剂盒 | 10X Genomics | -- |
| NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- | |
| 人类样本处理 | 分散酶II | Sigma-Aldrich | D4693 |
| Liberase TL | Sigma-Aldrich | 05401020001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| 抗体处理 | 4-羟基他莫昔芬 | Millipore Sigma | T176 |
| Dox饮食 | 含多西环素的食物 | Envigo Teklad | TD.120769 |
| 抗体处理 | 二甲基亚砜 | AmericanBIO | AB03091 |
| 其他 | KAPA Taq PCR试剂盒 | Takara Bio | R040A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 皮肤抗原诱导 | Dox饮食持续时间(10天),4-OH-Tam浓度(50mg/mL)和给药次数(4次),涂抹面积(下背部) 阅读提示:Methods: In vivo induction of NINJA antigens in the skin |
| 抗体阻断/清除 | 抗体剂量(100μg/鼠),给药频率(隔天一次),治疗时机(Dox开始当天),抗体克隆(anti-PD-1 29F.1A12, anti-CTLA-4 9D9, anti-CD8 53-6.7, anti-CD4 GK1.5) 阅读提示:Methods: In vivo induction ... and antibody treatments |
| 过继转移 | P14 CD8 T细胞数量(5×10^3),转移途径(眶后静脉),转移时机(Dox/4-OH-Tam前1天) 阅读提示:Methods: IVIS imaging和IF/IHC部分 |
| PD-1敲除 | sgRNA序列(靶向PD-1的5'-GACACACGGCGCAAUGACAG-3'),电穿孔条件(Lonza P3试剂盒),验证方法(Sanger测序, 流式) 阅读提示:Methods: Knock-out of PD-1 in P14 CD8 T cells |
| 单细胞RNA测序 | 细胞过滤标准(小鼠:UMI 1500-15000,线粒体<85%;人类:UMI>500,线粒体<20%),聚类分辨率(人类:0.25) 阅读提示:Methods: Single-cell RNA sequencing |