人类免疫系统的物理连接图

A physical wiring diagram for the human immune system

作者信息Jarrod Shilts, Yannik Severin, Francis Galaway, Nicole Müller-Sienerth, Zheng-Shan Chong, Sophie Pritchard, Sarah Teichmann, Roser Vento-Tormo, Berend Snijder, Gavin J Wright
PMID35922511
期刊Nature
发布时间2022-08
DOI10.1038/s41586-022-05028-x

实验完整度

包含多个证据层级:SAVEXIS高通量筛选、SPR和细胞结合验证、单细胞与空间转录组分析、以及高内涵功能性扰动实验。

主要模型

人外周血白细胞(PBMC) HEK293细胞(表面蛋白表达与结合实验) 人淋巴组织(空间转录组与原位杂交)

重点核对

SAVEXIS筛选的蛋白配对和相互作用信号阈值 SPR验证的相互作用结合亲和力(KD值) 细胞结合实验验证的相互作用是否在细胞表面发生 蛋白扰动实验中使用的重组蛋白浓度和时间点 单细胞和空间转录组数据中相互作用的表达检测阈值

摘要

人类免疫系统由遍布全身的循环细胞组成的分布式网络构成,这些细胞必须动态地形成物理关联,并通过其细胞表面蛋白质组之间的相互作用进行通讯。尽管具有治疗潜力,但我们对这些表面相互作用的图谱仍不完整。在这里,我们使用一种高通量表面受体筛选方法,系统地绘制了一个重组文库中的直接蛋白质相互作用,该文库涵盖了人类白细胞上可检测到的大部分表面蛋白。我们独立验证了每个新相互作用并确定了其生物物理参数,从而获得了连接人类免疫细胞的受体布线的、高置信度和定量的视图。通过将我们的相互作用组与表达数据整合,我们识别了免疫相互作用动态的趋势,并构建了一个从基本原理预测细胞连接性的简化数学模型。我们还开发了一个交互式多组织单细胞图谱,可推断全身的免疫相互作用,揭示了新相互作用和多细胞网络中心潜在的功能背景。最后,我们将人类白细胞的目标蛋白刺激与多重高内涵显微镜相结合,将我们的受体相互作用与功能角色联系起来,既涉及调节免疫反应,也涉及维持正常的细胞间关联模式。总之,我们的工作为人类免疫系统的细胞间布线提供了一个系统的视角,从免疫细胞连接性的系统级原理延伸到单个受体的机制表征,这可能为治疗干预提供机会。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人类免疫细胞表面的蛋白质相互作用如何构成一个系统性的物理连接网络,以及这些相互作用能否从基本原理预测细胞间的连接模式?
核心机制
免疫细胞通过表面受体-配体相互作用形成物理连接,其结合亲和力(KD)和表达水平共同决定细胞间连接强度;激活状态下受体倾向于更高亲和力的相互作用(亲和力开关)。
主要证据
利用SAVEXIS高通量筛选鉴定出28种新相互作用,并通过SPR和细胞结合实验验证;整合表达数据构建数学模型,预测与已发表测量一致的免疫细胞关联频率;功能性扰动实验显示如CD58、SIRPA等蛋白可改变细胞连接。
研究意义
提供了免疫细胞间物理连接的系统性图谱和预测模型,为免疫系统功能的理解和治疗性干预(如免疫检查点)提供了新靶点和框架。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

开发SAVEXIS筛选方法

建立高通量、低消耗的细胞表面蛋白相互作用筛选方法,以覆盖整个白细胞表面蛋白组。

开发了可扩展的阵列化多价胞外相互作用筛选(SAVEXIS),利用链霉亲和素多聚化产生功能性蛋白,在384孔板上进行双方向配对筛选。

2

构建白细胞表面蛋白相互作用组

系统鉴定白细胞表面蛋白之间的直接物理相互作用。

对630种蛋白进行所有可能的配对筛选(双向),并通过二次筛选验证阳性结果,获得可重复的相互作用矩阵。

3

验证新相互作用

确认新发现的相互作用是否在细胞表面真实发生,并量化其结合参数。

对排名前的28个相互作用进行细胞结合实验(流式细胞术)和表面等离子体共振(SPR)验证,并测定KD值。

4

整合表达数据构建定量相互作用网络

将相互作用与表达数据结合,分析免疫细胞间相互作用的模式和动态。

整合蛋白质组学和单细胞RNA测序表达数据,分析不同细胞类型间的相互作用强度和亲和力分布,并构建数学模型预测细胞连接。

5

构建多组织单细胞图谱

揭示免疫相互作用在不同组织中的潜在功能背景,并识别关键相互作用枢纽。

将相互作用网络与单细胞表达数据整合,构建交互式图谱,并通过网络中心性分析识别髓系细胞作为相互作用中枢。

6

空间转录组与原位杂交验证

验证新鉴定的相互作用在体内是否具有空间邻近分布,支持其生理相关性。

分析人淋巴结空间转录组数据,计算相互作用的共定位分数,并通过单分子RNA原位杂交验证特定配对的邻近表达。

7

功能扰动实验

通过重组蛋白刺激白细胞,检测其对免疫细胞激活和细胞间相互作用的影响。

将重组蛋白四聚体加入人类PBMC培养,在4小时和24小时用高内涵显微镜检测细胞状态和细胞间相互作用的变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Freestyle培养基Gibco12338018
胎牛血清SigmaF2442
D-生物素SigmaB4501
His MultiTrap板GE Healthcare28-4009-89
HisTrap HP柱GE Healthcare--
HisPur Ni-NTA树脂Thermo Fisher Scientific88221
ÄKTA Pure蛋白纯化系统GE Healthcare--
NuPAGE LDS样品缓冲液InvitrogenNP0007
NuPAGE还原剂InvitrogenNP0004
NuPAGE Bis-Tris凝胶InvitrogenNP0329
MOPS缓冲液InvitrogenNP0001
SeeBlue Plus2蛋白标准InvitrogenLC5925
考马斯亮蓝G-250Abcamab119211
PVDF膜GE Healthcare10600029
吐温-20SigmaP2287
牛血清白蛋白SigmaA9647
抗His标签抗体InvitrogenR931-25
化学发光底物Thermo Fisher ScientificPI34577
Bradford试剂Pierce23236
BSA标准品Pierce23209
链霉亲和素包被板Greiner655990
山羊抗小鼠IgG-碱性磷酸酶SigmaA3562
链霉亲和素包被384孔板Greiner781990
链霉亲和素-辣根过氧化物酶Pierce21130
脱硫生物素SigmaD1411
TMB底物MilliporeES001
R-藻红蛋白标记的链霉亲和素BioLegend405245
杜氏磷酸盐缓冲液HyCloneSH30264
LSR Fortessa流式细胞仪BD--
FlowJo软件----
Biacore 8KGE Healthcare--
Series S CAP芯片GE Life Sciences28920234
HBS-EP缓冲液GE HealthcareBR100669
合成DNATwist Biosciences/Thermo Fisher Scientific GeneArt--
中提/大提试剂盒InvitrogenK210007
Histopaque-1077密度梯度介质Sigma-Aldrich--
RPMI 1640 + GlutaMax培养基Gibco--
人血清Chemie Brunschwig--
CellCarrier 384 Ultra板PerkinElmer--
中性亲和素Thermo Fisher Scientific31000
脂多糖----
甲醛Sigma-Aldrich--
Triton X-100Sigma-Aldrich--
L-赖氨酸盐酸盐Sigma-Aldrich--
抗CD3 Alexa Fluor 647抗体BioLegendClone
抗CD4 FITC抗体BioLegendClone
抗CD8 PE抗体BD BiosciencesClone
抗CD19 FITC抗体BioLegendClone
抗CD56 PE抗体Beckman CoulterClone
抗CD16 PE抗体BioLegendClone
抗CD14 Alexa Fluor 647抗体BioLegendClone
抗CD20 PE抗体BD BiosciencesClone
Opera Phenix高内涵成像系统PerkinElmer--
RNAScope探针ACD, Bio-Techne见正文
Leica BOND RX系统Leica--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与转染
HEK293细胞培养条件:Freestyle培养基+1% FBS,37°C,5% CO2;转染密度2.5e5/ml,0.5 µg DNA/ml;蛋白表达时间90-120小时。
阅读提示:Methods: Culture and transfection of HEK293 cells
蛋白纯化
镍离子亲和层析步骤:使用His MultiTrap或HisTrap HP柱,缓冲液含不同浓度咪唑(16mM, 20mM, 200mM)。
阅读提示:Methods: Purification of recombinant proteins
SAVEXIS筛选
SAVEXIS筛选条件:链霉亲和素包被384孔板,bait蛋白100 fmol/孔(5 nM),prey蛋白25 fmol/孔,预孵育条件,洗涤次数,TMB显色时间40分钟。
阅读提示:Methods: High-throughput SAVEXIS screening
SPR
SPR参数:固定化蛋白约200 RU,流速100 µl/min(动力学)和20 µl/min(平衡),37°C,HBS-EP缓冲液。
阅读提示:Methods: Surface plasmon resonance
细胞结合实验
细胞结合实验:HEK293-E细胞转染全长cDNA,四聚体浓度30 pmol-1 pmol,冰上孵育45分钟,流式检测。
阅读提示:Methods: Cell-based binding assays
单细胞数据处理
单细胞RNA-seq数据分析:过滤标准(线粒体>10%,基因数200-3000),聚类参数(Louvain),表达阈值(10%)。
阅读提示:Methods: Processing of single-cell RNA-sequencing data
空间转录组分析
空间转录组分析参数:spot过滤(counts 4000-36000,线粒体<20%),共定位分析半径150单位。
阅读提示:Methods: Spatial transcriptomics analysis
免疫功能实验
PBMC扰动实验:PBMC密度2e4/孔,蛋白浓度80-200 pmol,LPS 1 pg/µl,时间点4h和24h,重复数5。
阅读提示:Methods: Leukocyte protein perturbation and fixation
图像分析
图像分析:细胞类型分类使用深度学习网络(8类71层CNN),细胞相互作用定义距离40像素。
阅读提示:Methods: Image processing and quality filtering, Cell-type image classifier, Image processing for cell interactions