开发SAVEXIS筛选方法
建立高通量、低消耗的细胞表面蛋白相互作用筛选方法,以覆盖整个白细胞表面蛋白组。
开发了可扩展的阵列化多价胞外相互作用筛选(SAVEXIS),利用链霉亲和素多聚化产生功能性蛋白,在384孔板上进行双方向配对筛选。
A physical wiring diagram for the human immune system
包含多个证据层级:SAVEXIS高通量筛选、SPR和细胞结合验证、单细胞与空间转录组分析、以及高内涵功能性扰动实验。
人外周血白细胞(PBMC) HEK293细胞(表面蛋白表达与结合实验) 人淋巴组织(空间转录组与原位杂交)
SAVEXIS筛选的蛋白配对和相互作用信号阈值 SPR验证的相互作用结合亲和力(KD值) 细胞结合实验验证的相互作用是否在细胞表面发生 蛋白扰动实验中使用的重组蛋白浓度和时间点 单细胞和空间转录组数据中相互作用的表达检测阈值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立高通量、低消耗的细胞表面蛋白相互作用筛选方法,以覆盖整个白细胞表面蛋白组。
开发了可扩展的阵列化多价胞外相互作用筛选(SAVEXIS),利用链霉亲和素多聚化产生功能性蛋白,在384孔板上进行双方向配对筛选。
系统鉴定白细胞表面蛋白之间的直接物理相互作用。
对630种蛋白进行所有可能的配对筛选(双向),并通过二次筛选验证阳性结果,获得可重复的相互作用矩阵。
确认新发现的相互作用是否在细胞表面真实发生,并量化其结合参数。
对排名前的28个相互作用进行细胞结合实验(流式细胞术)和表面等离子体共振(SPR)验证,并测定KD值。
将相互作用与表达数据结合,分析免疫细胞间相互作用的模式和动态。
整合蛋白质组学和单细胞RNA测序表达数据,分析不同细胞类型间的相互作用强度和亲和力分布,并构建数学模型预测细胞连接。
揭示免疫相互作用在不同组织中的潜在功能背景,并识别关键相互作用枢纽。
将相互作用网络与单细胞表达数据整合,构建交互式图谱,并通过网络中心性分析识别髓系细胞作为相互作用中枢。
验证新鉴定的相互作用在体内是否具有空间邻近分布,支持其生理相关性。
分析人淋巴结空间转录组数据,计算相互作用的共定位分数,并通过单分子RNA原位杂交验证特定配对的邻近表达。
通过重组蛋白刺激白细胞,检测其对免疫细胞激活和细胞间相互作用的影响。
将重组蛋白四聚体加入人类PBMC培养,在4小时和24小时用高内涵显微镜检测细胞状态和细胞间相互作用的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Freestyle培养基 | Gibco | 12338018 |
| 胎牛血清 | Sigma | F2442 | |
| D-生物素 | Sigma | B4501 | |
| 蛋白纯化 | His MultiTrap板 | GE Healthcare | 28-4009-89 |
| HisTrap HP柱 | GE Healthcare | -- | |
| HisPur Ni-NTA树脂 | Thermo Fisher Scientific | 88221 | |
| ÄKTA Pure蛋白纯化系统 | GE Healthcare | -- | |
| 蛋白凝胶电泳 | NuPAGE LDS样品缓冲液 | Invitrogen | NP0007 |
| NuPAGE还原剂 | Invitrogen | NP0004 | |
| NuPAGE Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | NP0329 | |
| MOPS缓冲液 | Invitrogen | NP0001 | |
| SeeBlue Plus2蛋白标准 | Invitrogen | LC5925 | |
| 考马斯亮蓝G-250 | Abcam | ab119211 | |
| PVDF膜 | GE Healthcare | 10600029 | |
| 吐温-20 | Sigma | P2287 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | A9647 | |
| 抗His标签抗体 | Invitrogen | R931-25 | |
| 化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | PI34577 | |
| 蛋白定量 | Bradford试剂 | Pierce | 23236 |
| BSA标准品 | Pierce | 23209 | |
| ELISA | 链霉亲和素包被板 | Greiner | 655990 |
| 山羊抗小鼠IgG-碱性磷酸酶 | Sigma | A3562 | |
| SAVEXIS筛选 | 链霉亲和素包被384孔板 | Greiner | 781990 |
| 链霉亲和素-辣根过氧化物酶 | Pierce | 21130 | |
| 脱硫生物素 | Sigma | D1411 | |
| TMB底物 | Millipore | ES001 | |
| 细胞结合实验 | R-藻红蛋白标记的链霉亲和素 | BioLegend | 405245 |
| 杜氏磷酸盐缓冲液 | HyClone | SH30264 | |
| 流式细胞术 | LSR Fortessa流式细胞仪 | BD | -- |
| FlowJo软件 | -- | -- | |
| SPR | Biacore 8K | GE Healthcare | -- |
| Series S CAP芯片 | GE Life Sciences | 28920234 | |
| HBS-EP缓冲液 | GE Healthcare | BR100669 | |
| 基因构建 | 合成DNA | Twist Biosciences/Thermo Fisher Scientific GeneArt | -- |
| 中提/大提试剂盒 | Invitrogen | K210007 | |
| PBMC分离 | Histopaque-1077密度梯度介质 | Sigma-Aldrich | -- |
| PBMC培养 | RPMI 1640 + GlutaMax培养基 | Gibco | -- |
| 人血清 | Chemie Brunschwig | -- | |
| CellCarrier 384 Ultra板 | PerkinElmer | -- | |
| 蛋白扰动实验 | 中性亲和素 | Thermo Fisher Scientific | 31000 |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 固定与染色 | 甲醛 | Sigma-Aldrich | -- |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | -- | |
| L-赖氨酸盐酸盐 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 免疫染色 | 抗CD3 Alexa Fluor 647抗体 | BioLegend | Clone |
| 抗CD4 FITC抗体 | BioLegend | Clone | |
| 抗CD8 PE抗体 | BD Biosciences | Clone | |
| 抗CD19 FITC抗体 | BioLegend | Clone | |
| 抗CD56 PE抗体 | Beckman Coulter | Clone | |
| 抗CD16 PE抗体 | BioLegend | Clone | |
| 抗CD14 Alexa Fluor 647抗体 | BioLegend | Clone | |
| 抗CD20 PE抗体 | BD Biosciences | Clone | |
| 成像 | Opera Phenix高内涵成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 原位杂交 | RNAScope探针 | ACD, Bio-Techne | 见正文 |
| Leica BOND RX系统 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | HEK293细胞培养条件:Freestyle培养基+1% FBS,37°C,5% CO2;转染密度2.5e5/ml,0.5 µg DNA/ml;蛋白表达时间90-120小时。 阅读提示:Methods: Culture and transfection of HEK293 cells |
| 蛋白纯化 | 镍离子亲和层析步骤:使用His MultiTrap或HisTrap HP柱,缓冲液含不同浓度咪唑(16mM, 20mM, 200mM)。 阅读提示:Methods: Purification of recombinant proteins |
| SAVEXIS筛选 | SAVEXIS筛选条件:链霉亲和素包被384孔板,bait蛋白100 fmol/孔(5 nM),prey蛋白25 fmol/孔,预孵育条件,洗涤次数,TMB显色时间40分钟。 阅读提示:Methods: High-throughput SAVEXIS screening |
| SPR | SPR参数:固定化蛋白约200 RU,流速100 µl/min(动力学)和20 µl/min(平衡),37°C,HBS-EP缓冲液。 阅读提示:Methods: Surface plasmon resonance |
| 细胞结合实验 | 细胞结合实验:HEK293-E细胞转染全长cDNA,四聚体浓度30 pmol-1 pmol,冰上孵育45分钟,流式检测。 阅读提示:Methods: Cell-based binding assays |
| 单细胞数据处理 | 单细胞RNA-seq数据分析:过滤标准(线粒体>10%,基因数200-3000),聚类参数(Louvain),表达阈值(10%)。 阅读提示:Methods: Processing of single-cell RNA-sequencing data |
| 空间转录组分析 | 空间转录组分析参数:spot过滤(counts 4000-36000,线粒体<20%),共定位分析半径150单位。 阅读提示:Methods: Spatial transcriptomics analysis |
| 免疫功能实验 | PBMC扰动实验:PBMC密度2e4/孔,蛋白浓度80-200 pmol,LPS 1 pg/µl,时间点4h和24h,重复数5。 阅读提示:Methods: Leukocyte protein perturbation and fixation |
| 图像分析 | 图像分析:细胞类型分类使用深度学习网络(8类71层CNN),细胞相互作用定义距离40像素。 阅读提示:Methods: Image processing and quality filtering, Cell-type image classifier, Image processing for cell interactions |