免疫与噬菌体文库构建
产生针对多种蛇毒的免疫VHH噬菌体展示文库
用18种蛇毒混合物免疫羊驼和美洲驼,收集血液构建6个VHH噬菌体文库。
Nanobody-based recombinant antivenom for cobra, mamba and rinkhals bites
包含体外结合与中和实验、细胞毒性及酶活性实验、体内致死与皮肤坏死模型、结构解析等多层级验证。
小鼠(CD1/NSA品系) N/TERT角质形成细胞系 人横纹肌肉瘤细胞系 羊驼和美洲驼(用于免疫)
免疫动物:羊驼和美洲驼 免疫原:18种蛇毒混合物 VHH筛选:噬菌体展示及DELFIA 体内实验:小鼠品系(CD1或NSA)及注射途径 剂量:3×LD50毒液与抗蛇毒血清的比例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
产生针对多种蛇毒的免疫VHH噬菌体展示文库
用18种蛇毒混合物免疫羊驼和美洲驼,收集血液构建6个VHH噬菌体文库。
鉴定并纯化毒液中的关键毒素家族
采用RP-HPLC从18种蛇毒中分离毒素组分,并通过质谱蛋白组学分析确定其组成。
筛选能结合并中和目标毒素的广谱VHH
通过噬菌体展示交叉筛选(cross-panning)获得VHH,采用DELFIA、BLI检测亲和力,并通过细胞试验和酶活试验评估中和能力。
选择最少且最广谱的VHH组合
通过体内预孵育实验测试单个或组合VHH对纯毒素和全毒液的中和能力,逐步确定包含8种VHH的组合。
揭示VHH与毒素相互作用的分子基础
通过共结晶、cryo-EM和AlphaFold 3预测等手段分析VHH与目标毒素的结合模式。
评估重组抗蛇毒血清对致死性和皮肤坏死的保护效果
通过预孵育和救援实验评估抗蛇毒血清对18种蛇毒致死性的中和作用,并评估对3种细胞毒性毒液诱导的皮肤坏死的抑制作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分离毒素 | Agilent 1200高效液相色谱 | Agilent | -- |
| C18色谱柱 | Teknokroma | -- | |
| 生物素化 | EZ-Link NHS-PEG4-生物素 | Thermo Scientific | A39259 |
| 蛋白纯化 | Vivacon 500离心超滤管 | -- | VN01H91 |
| Amicon Ultra-4超滤管 | Merck | UFC8000324 | |
| 质谱分析 | ProteoMass蛋白MALDI-MS校准试剂盒 | Sigma-Aldrich | MSCAL3 |
| Ultraflex II TOF/TOF质谱仪 | Bruker Daltonics | -- | |
| 蛋白质组学 | SOLAµ SPE板 | Thermo | -- |
| 液相色谱-质谱联用 | Thermo EasyLC 1200高效液相色谱 | Thermo | -- |
| Q-Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 噬菌体展示 | 链霉亲和素磁珠M-280 | Fisher Scientific | 10465723 |
| KingFisher Flex自动磁珠纯化系统 | Thermo Scientific | 711-82573 | |
| 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | T9201-500MG | |
| 分子克隆 | GeneJET质粒小提试剂盒 | Thermo Fisher | K0503 |
| 限制性内切酶PstI和Eco91I | New England Biolabs | -- | |
| 蛋白表达 | 大肠杆菌BL21(DE3)菌株 | New England Biolabs | -- |
| 镍树脂 | Sigma-Aldrich | P6611 | |
| 蛋白纯化 | HIS-select镍亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | P6611 |
| SnakeSkin透析袋 | ThermoFisher Scientific | 68100 | |
| 蛋白浓缩 | Amicon Ultra-15超滤管 | Fisher Scientific | 10781543 |
| 结合动力学 | Octet RED 96生物层干涉仪 | ForteBio | -- |
| 电生理 | Qube 384自动化膜片钳系统 | Sophion Bioscience | -- |
| 膜片芯片 | -- | -- | |
| 细胞培养 | N/TERT角质形成细胞 | -- | -- |
| 人横纹肌肉瘤细胞系 | ATCC | -- | |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- |
| 酶活检测 | NOBA (4-硝基-3-(辛酰氧基)苯甲酸) | -- | -- |
| 酶标仪 | VICTOR Nivo多功能酶标仪 | PerkinElmer | HH35000500 |
| 晶体学 | Superdex 75 10/300GL凝胶过滤柱 | Cytiva | -- |
| NGC Quest 10 Plus层析系统 | Bio-Rad | -- | |
| 3.0kDa截留分子量超滤管 | Merck | UFC500324 | |
| SWISSCI MRC 2孔结晶板 | JENA | -- | |
| LMB、BCS、Index和Structure筛选试剂盒 | Hampton Research | -- | |
| 冷冻环 | Hampton Research | -- | |
| cryo-EM | Glacios冷冻电镜 | ThermoFisher | -- |
| Falcon 4i相机 | ThermoFisher | -- | |
| 动物实验 | Inoserp PAN-AFRICA抗蛇毒血清 | INOSAN BioPharma | lot |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
| Proteome Discoverer软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫与文库构建 | 动物品系、免疫剂量及时间表 阅读提示:Methods: Construction of an immune VHH-displaying phage library; Supplementary Table 2 |
| 噬菌体展示筛选 | 靶标浓度、文库浓度、交叉筛选策略 阅读提示:Methods: Solution-based phage display selections; Supplementary Table 3 |
| 体外中和实验 | 毒素与VHH的摩尔比、细胞系、孵育时间 阅读提示:Methods: Patch clamp electrophysiology; In vitro neutralization of cell cytotoxicity; In vitro neutralization of PLA2 enzymatic activity |
| 体内致死中和实验 | 小鼠品系、LD50剂量、注射途径、抗蛇毒血清剂量 阅读提示:Methods: In vivo neutralization of venom-induced lethality; Pre-incubation experiments; Rescue experiments; Supplementary Tables 6, 8, 9 |
| 皮肤坏死实验 | 毒液剂量(1 MND)、VHH或抗蛇毒血清给药途径及时间 阅读提示:Methods: In vivo neutralization of venom-induced dermonecrosis; Fig. 5c,d |