鉴定肝脏和肺亲和性PDAC细胞系
确定具有不同器官转移偏好的PDAC细胞系模型
使用MetMap500数据库分析25个PDAC细胞系的转移潜力,并通过体内注射(脾内、尾静脉、心内)验证肝脏或肺部定植。
PCSK9 drives sterol-dependent metastatic organ choice in pancreatic cancer
包含体外细胞实验、小鼠体内转移模型、患者样本分析及多组学数据,并进行了功能验证(PCSK9敲除/过表达)和机制验证(mTORC1、铁死亡等)。
人PDAC细胞系KP4、Panc-1(肝脏亲和) 人PDAC细胞系HPAC、HPAF-II(肺亲和) 小鼠KPC细胞系(MT23、KPC1-4等) NSG小鼠和C57BL/6J小鼠移植模型 患者PDAC原发肿瘤及肝、肺转移样本
PCSK9表达水平与细胞系的肝脏或肺部定植倾向 LDLR表达及LDL摄取能力(流式细胞术和免疫荧光) 胆固醇合成基因表达(如SREBP2)和代谢物水平(7-DHC、7-DHD) LPDS处理后细胞增殖能力 CRISPR介导的PCSK9、LDLR、CYP46A1、SC5D等基因敲除对体内转移的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定具有不同器官转移偏好的PDAC细胞系模型
使用MetMap500数据库分析25个PDAC细胞系的转移潜力,并通过体内注射(脾内、尾静脉、心内)验证肝脏或肺部定植。
寻找与器官偏好相关的分子标志物
对PDAC细胞系进行基因表达相关性分析,发现PCSK9与GATA6及经典亚型基因正相关,与基底亚型基因负相关。
检测PCSK9与LDLR表达水平及LDL摄取能力在不同器官偏好细胞中的差异
通过免疫印迹和流式细胞术分析细胞系中PCSK9和LDLR表达,并通过DiI-LDL摄取实验检测LDL摄取能力。
验证PCSK9是否足以决定和反转器官定植偏好
在KP4细胞中表达PCSK9变体(WT, D374Y, R46L),在HPAC细胞中敲除PCSK9或过表达LDLR,然后通过体内注射观察肿瘤在肝和肺的生长。
验证低PCSK9细胞通过LDL胆固醇激活mTORC1的机制
通过免疫荧光和免疫印迹检测溶酶体胆固醇、mTORC1下游磷酸化蛋白,并通过CYP46A1敲除和条件培养基实验检验对肝细胞LXR靶基因的影响。
验证高PCSK9细胞通过产生7-DHC/7-DHD抑制铁死亡的机制
检测胆固醇合成中间产物水平,用GPX4抑制剂(RSL3, ML210)处理细胞评估存活率,并用外源7-DHC/7-DHD处理观察对铁死亡和肺转移的影响。
确证PCSK9在体内对器官选择的因果作用
在KP4和HPAC细胞中调控PCSK9表达后,通过脾内或尾静脉注射观察肿瘤在肝和肺的生长;同时使用同系小鼠模型验证。
在患者样本中验证PCSK9表达与转移器官的关系
对PDAC患者原发肿瘤和肝、肺转移样本进行免疫组化,分析PCSK9和LDLR表达,并比较具有肝或肺转移的患者队列。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Atlanta biologicals | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| HEPES | Gibco | -- | |
| TrypLE | Gibco | -- | |
| 支原体PCR检测试剂盒 | Abm | G238 | |
| 胆固醇摄取实验 | DiI标记低密度脂蛋白 | Thermofisher | L3482 |
| 胆固醇染色 | 菲律宾菌素 | Sigma | F9765–50MG |
| 溶酶体染色 | 溶酶体示踪剂 | ThermoFischer | L7528 |
| 脂蛋白缺乏血清实验 | 去脂蛋白血清 | Kalen Biomed | 880100–1 |
| 药物处理 | 24-羟基胆固醇 | Sigma | SML-1648 |
| 细胞死亡分析 | SYTOX绿色核酸染料 | Thermofisher scientific | S7020 |
| 试剂 | 7-脱氢链甾醇 | Kerafast Inc | EVU144 |
| 链甾醇 | Kerafast Inc | EVU126 | |
| 7-脱氢胆固醇 | Sigma | 30800–5G-F | |
| 亚油酸 | Sigma | L1012–1G | |
| 油酸 | Sigma | 01383–1G | |
| 胆固醇 | Sigma | C3045–5G | |
| 甲羟戊酸内酯 | Sigma | M4667–1G | |
| 药物处理 | ML210 | Sigma | SML0521–5mg |
| 低密度脂蛋白 | Sigma | L7914–5mg | |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| 质粒构建 | pLX304荧光素酶-V5 blast质粒 | Addgene | 98580 |
| pAAV/D374Y-hPCSK9质粒 | Addgene | 58379 | |
| QuikChange定点突变试剂盒 | Agilent | 210519–5 | |
| LentiTet-LDLR-mCherry质粒 | Addgene | 186739 | |
| 慢病毒包装 | X-tremeGENE转染试剂 | Sigma Aldrich | 6365787001 |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺试剂 | EMD Millipore | TR-1003-G |
| 蛋白质印迹 | 蛋白酶抑制剂片剂 | Fisher Scientific | A32965 |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Life Technologies | 23227 | |
| PVDF膜 | EMD Millipore | IPVH00010 | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | Fisher Scientific | 34080 | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫组织化学 | DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4100 |
| KEYENCE BZ-X710显微镜 | KEYENCE | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI Fluoromount-G封片剂 | Southern Biotech | 0100–20 |
| Fluoromount-G封片剂 | Southern Biotech | 0100–01 | |
| 蔡司LSM900 Axio Observer Z1/7共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| RNA提取 | PureLink RNA小提试剂盒 | Thermo Fisher | 12183025 |
| RT-qPCR | iScript反转录预混液 | Bio-Rad | 1708841 |
| iTaq通用SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725122 | |
| CFX384 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| CRISPR敲除 | AMAXA 4D核转染试剂盒 | Lonza | V4XC-9064 |
| PCSK9检测 | 人前蛋白转化酶9(PCSK9)Quantikine ELISA试剂盒 | R&D Systems | DPC900 |
| 流式细胞术 | APC偶联抗LDLR抗体 | Abcam | ab275614 |
| FACS Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 代谢组学 | 安捷伦1290超高效液相色谱系统 | Agilent | -- |
| Sciex 7500三重四极杆质谱仪 | Sciex | -- | |
| 细胞死亡分析 | Incucyte S3活细胞成像系统 | Sartorius | -- |
| 动物实验 | NSG小鼠 | Jackson labs | 005557 |
| C57BL/6J小鼠 | Jackson lab | 000664 | |
| IVIS Spectrum小动物活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 光片显微镜 | UltraMicroscope Blaze光片显微镜 | Miltenyi Biotec | -- |
| 肝细胞分离 | Percoll密度梯度介质 | -- | -- |
| 肝细胞培养 | 胶原蛋白 | Corning | 354236 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基(DMEM)、血清(10% FBS)、抗生素(1% 青霉素/链霉素)、HEPES(15mM)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and Reagents |
| 体内转移实验 | 细胞系(KP4, Panc-1, HPAC, HPAF-II)、注射细胞数(500,000)、注射途径(脾内、尾静脉、心内)、小鼠品系(NSG)、监测时间(4周) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo experiments |
| PCSK9功能实验 | PCSK9变体(WT, D374Y, R46L)、表达系统(慢病毒)、敲除方法(CRISPR) 阅读提示:Materials and Methods: Plasmids, Lentiviral experiments, CRISPR Knock-Out |
| LDL摄取实验 | DiI-LDL浓度(5 μg/ml)、孵育时间(30分钟)、检测方法(流式细胞术) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry |
| 铁死亡敏感性实验 | GPX4抑制剂(RSL3, ML210)、浓度梯度、处理时间(96小时)、细胞密度(4000细胞/孔) 阅读提示:Materials and Methods: Proliferation assays, SYTOXgreen assay |
| 代谢物检测 | 细胞数量、提取方法(水:甲醇:氯仿=1:5:2)、检测平台(UHPLC-MS/MS) 阅读提示:Materials and Methods: Metabolomics |