体内星形胶质细胞重复刺激模型
确定重复促炎刺激是否增强星形胶质细胞反应并诱导记忆。
C57BL/6小鼠脑室内注射IL-1β和TNF一次或两次(间隔一周),之后分选星形胶质细胞进行RNA-seq和ATAC-seq。
Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology
包含体外细胞实验、体内EAE模型和人类样本分析等多个独立证据层级,并利用CRISPR-Cas9基因失活、转录组和表观遗传分析进行功能与机制验证。
C57BL/6J小鼠EAE模型 NOD小鼠MOG35-55诱导EAE模型 原代小鼠星形胶质细胞 人类胎儿星形胶质细胞
IL-1β和TNF的剂量:100 ng/ml IL-1β和50 ng/ml TNF 刺激次数和间隔:一次或两次,间隔一周 EAE诱导小鼠品系:C57BL/6J和NOD 基因失活方法:Gfap启动子驱动的CRISPR-Cas9慢病毒 敲除基因:Ep300、Acly或Acss2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定重复促炎刺激是否增强星形胶质细胞反应并诱导记忆。
C57BL/6小鼠脑室内注射IL-1β和TNF一次或两次(间隔一周),之后分选星形胶质细胞进行RNA-seq和ATAC-seq。
研究星形胶质细胞内在记忆机制和p300的作用。
原代小鼠星形胶质细胞接受IL-1β和TNF刺激一次或两次,使用p65-eGFP报告细胞分选eGFP+和eGFP-细胞,并用C646等抑制研究p300依赖性。
评估星形胶质细胞中p300和ACLY对EAE病理的影响。
在EAE诱导后,使用Gfap启动子驱动的CRISPR-Cas9慢病毒敲除星形胶质细胞中的Ep300或Acly,评估EAE临床评分、脱髓鞘和星形胶质细胞转录组。
鉴定和表征表达Acly和Ep300的星形胶质细胞亚群。
使用FIND-seq对TdTomatoGfap小鼠的星形胶质细胞亚群进行转录组分析,并将结果与scRNA-seq数据整合。
验证在人类多发性硬化症中是否存在ACLY+p300+星形胶质细胞亚群。
整合已发表的scRNA-seq数据,并利用免疫组化对人脑组织进行染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 体内细胞因子刺激 | 白细胞介素-1β | R&D Systems | 401-ML-005 |
| 肿瘤坏死因子 | R&D Systems | 410-MT-010 | |
| 星形胶质细胞培养 | 胰蛋白酶-EDTA | Thermo Fisher Scientific | 25200-072 |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965118 | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10438026 | |
| 药物处理 | C646 | Selleck Chemicals | S7152 |
| 神经毒性检测 | CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | Promega | G1780 |
| 乳酸检测 | L-乳酸检测试剂盒 | Biomedical Research Service and Clinical Application | A-108 |
| 免疫染色 | 兔抗p300抗体 | Cell Signaling Technology | 70088S |
| 兔抗ACLY抗体 | ProteinTech Group | 15421-1-AP | |
| 兔抗H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| 山羊抗SOX9抗体 | R&D Systems | AF3075 | |
| 基因编辑 | pLenti-U6-sgScramble-Gfap-Cas9-2A-eGFP-WPRE载体 | -- | -- |
| 非靶向sgRNA | -- | GCACTACCAGAGCTAACTCA | |
| 靶向Ep300的sgRNA | -- | ACAGAATTGGGACTAACCAA | |
| 靶向Acly的sgRNA | -- | GAGAGAGATTGACCCCGACG | |
| 靶向Acss2的sgRNA | -- | GTTTTGGGGAAACATTGCCA | |
| EAE诱导 | 髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55多肽 | Genemed Synthesis | 110582 |
| 完全弗氏佐剂 | BD Biosciences | BD263910 | |
| 百日咳毒素 | List Biological Laboratories | 180 | |
| 细胞分选 | FACS Aria IIu流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| RNA表达分析 | RNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| 高容量cDNA反转录试剂盒 | Life Technologies | 4368813 | |
| Taqman快速通用PCR预混液 | Life Technologies | 4367846 | |
| 染色质免疫沉淀 | ChIP-IT Express酶切与ChIP方案 | Active Motif | 53009 |
| Agencourt AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | A63881 | |
| 兔抗p300抗体 | Genetex | GTX114541 | |
| RNA测序 | RNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| ATAC-seq | Nextera DNA文库制备试剂盒 | Illumina | FC-121-1030 |
| FIND-seq | Oligo dT引物偶联琼脂糖 | -- | -- |
| KAPA HiFi预混液 | Roche | KK2601 | |
| Nextera XT文库制备试剂盒 | Illumina | FC-131-1024 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内细胞因子刺激 | IL-1β和TNF的剂量、注射方式(ICV)、注射次数(1次或2次)和间隔(一周) 阅读提示:Methods: In vivo cytokine stimulation |
| 原代星形胶质细胞培养 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(P0-P3)、细胞分离和培养条件、刺激浓度和时长 阅读提示:Methods: Primary astrocyte cultures from neonatal mice |
| EAE诱导 | EAE诱导方法(MOG35-55、CFA、PTX)、小鼠品系(C57BL/6J和NOD) 阅读提示:Methods: EAE induction |
| 基因失活 | 慢病毒载体(Gfap启动子)、sgRNA序列、病毒滴度、注射部位和体积 阅读提示:Methods: CRISPR–Cas9 lentivirus production, Intracranial lentivirus injection |
| FIND-seq | 细胞密度、试剂的规格(琼脂糖、引物等)、微流控流速、荧光标记和探针 阅读提示:Methods: FIND-seq |
| 免疫染色 | 一抗和二抗的稀释度、孵育时间、温度,以及抗原修复方法 阅读提示:Methods: Immunostaining of mouse CNS tissue, Immunostaining of CNS tissue from multiple sclerosis patients |