疾病相关的星形胶质细胞表观遗传记忆促进中枢神经系统病理

Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology

作者信息Hong-Gyun Lee, Joseph M Rone, Zhaorong Li, Camilo Faust Akl, Seung Won Shin, Joon-Hyuk Lee, Lucas E Flausino, Florian Pernin, Chun-Cheih Chao, Kilian L Kleemann, Lena Srun, Tomer Illouz, Federico Giovannoni, Marc Charabati, Liliana M Sanmarco, Jessica E Kenison, Gavin Piester, Stephanie E J Zandee, Jack P Antel, Veit Rothhammer, Michael A Wheeler, Alexandre Prat, Iain C Clark, Francisco J Quintana
PMID38509377
期刊Nature
发布时间2024-03
DOI10.1038/s41586-024-07187-5

实验完整度

包含体外细胞实验、体内EAE模型和人类样本分析等多个独立证据层级,并利用CRISPR-Cas9基因失活、转录组和表观遗传分析进行功能与机制验证。

主要模型

C57BL/6J小鼠EAE模型 NOD小鼠MOG35-55诱导EAE模型 原代小鼠星形胶质细胞 人类胎儿星形胶质细胞

重点核对

IL-1β和TNF的剂量:100 ng/ml IL-1β和50 ng/ml TNF 刺激次数和间隔:一次或两次,间隔一周 EAE诱导小鼠品系:C57BL/6J和NOD 基因失活方法:Gfap启动子驱动的CRISPR-Cas9慢病毒 敲除基因:Ep300、Acly或Acss2

摘要

疾病相关的星形胶质细胞亚群有助于神经系统疾病的病理,包括多发性硬化症和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)——多发性硬化症的实验模型。然而,关于这些星形胶质细胞亚群的稳定性及其整合过去刺激事件的能力知之甚少。在这里,我们报告了一个受表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群的鉴定,该亚群在再次刺激时表现出加剧的促炎反应。具体来说,我们结合单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、染色质免疫沉淀测序、基于核酸检测和测序的细胞聚焦分析以及细胞特异性体内CRISPR-Cas9基因扰动研究,确定了星形胶质细胞记忆由代谢酶ATP-柠檬酸裂解酶(ACLY)控制,该酶产生乙酰辅酶A(乙酰-CoA),被组蛋白乙酰转移酶p300用于控制染色质可及性。在急性和慢性EAE模型中,ACLY+p300+记忆星形胶质细胞的数量增加,其基因失活改善了EAE。我们还在体外检测到人星形胶质细胞的促炎记忆表型;单细胞RNA测序和免疫组化研究检测到慢性多发性硬化症病变中ACLY+p300+星形胶质细胞数量增加。总之,这些研究定义了一个受表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群,它促进EAE以及可能的多发性硬化症中的中枢神经系统病理。这些发现可能为多发性硬化症和其他神经系统疾病提供新的治疗策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
星形胶质细胞是否具有记忆能力,其重复促炎刺激后的反应如何被调控?
核心机制
星形胶质细胞记忆由ACLY产生乙酰辅酶A,经p300组蛋白乙酰化调控染色质可及性,增强NF-κB驱动的促炎基因转录。
主要证据
通过RNA-seq和ATAC-seq显示2次刺激后染色质可及性增加,CRISPR-Cas9失活Ep300或Acly改善EAE,并在人星形胶质细胞和MS样本中验证。
研究意义
这些发现可能为多发性硬化症和其他神经系统疾病提供新的治疗干预途径。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

体内星形胶质细胞重复刺激模型

确定重复促炎刺激是否增强星形胶质细胞反应并诱导记忆。

C57BL/6小鼠脑室内注射IL-1β和TNF一次或两次(间隔一周),之后分选星形胶质细胞进行RNA-seq和ATAC-seq。

2

体外星形胶质细胞记忆验证

研究星形胶质细胞内在记忆机制和p300的作用。

原代小鼠星形胶质细胞接受IL-1β和TNF刺激一次或两次,使用p65-eGFP报告细胞分选eGFP+和eGFP-细胞,并用C646等抑制研究p300依赖性。

3

体内EAE模型中验证p300和ACLY作用

评估星形胶质细胞中p300和ACLY对EAE病理的影响。

在EAE诱导后,使用Gfap启动子驱动的CRISPR-Cas9慢病毒敲除星形胶质细胞中的Ep300或Acly,评估EAE临床评分、脱髓鞘和星形胶质细胞转录组。

4

识别记忆星形胶质细胞亚群

鉴定和表征表达Acly和Ep300的星形胶质细胞亚群。

使用FIND-seq对TdTomatoGfap小鼠的星形胶质细胞亚群进行转录组分析,并将结果与scRNA-seq数据整合。

5

人类多发性硬化症中验证记忆星形胶质细胞

验证在人类多发性硬化症中是否存在ACLY+p300+星形胶质细胞亚群。

整合已发表的scRNA-seq数据,并利用免疫组化对人脑组织进行染色。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
白细胞介素-1βR&D Systems401-ML-005
肿瘤坏死因子R&D Systems410-MT-010
胰蛋白酶-EDTAThermo Fisher Scientific25200-072
DMEM培养基Thermo Fisher Scientific11965118
胎牛血清Thermo Fisher Scientific10438026
C646Selleck ChemicalsS7152
CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒PromegaG1780
L-乳酸检测试剂盒Biomedical Research Service and Clinical ApplicationA-108
兔抗p300抗体Cell Signaling Technology70088S
兔抗ACLY抗体ProteinTech Group15421-1-AP
兔抗H3K27ac抗体Abcamab4729
山羊抗SOX9抗体R&D SystemsAF3075
pLenti-U6-sgScramble-Gfap-Cas9-2A-eGFP-WPRE载体----
非靶向sgRNA--GCACTACCAGAGCTAACTCA
靶向Ep300的sgRNA--ACAGAATTGGGACTAACCAA
靶向Acly的sgRNA--GAGAGAGATTGACCCCGACG
靶向Acss2的sgRNA--GTTTTGGGGAAACATTGCCA
髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55多肽Genemed Synthesis110582
完全弗氏佐剂BD BiosciencesBD263910
百日咳毒素List Biological Laboratories180
FACS Aria IIu流式细胞分选仪BD Biosciences--
RNeasy微型试剂盒Qiagen74106
高容量cDNA反转录试剂盒Life Technologies4368813
Taqman快速通用PCR预混液Life Technologies4367846
ChIP-IT Express酶切与ChIP方案Active Motif53009
Agencourt AMPure XP磁珠Beckman CoulterA63881
兔抗p300抗体GenetexGTX114541
RNeasy微型试剂盒Qiagen74004
Nextera DNA文库制备试剂盒IlluminaFC-121-1030
Oligo dT引物偶联琼脂糖----
KAPA HiFi预混液RocheKK2601
Nextera XT文库制备试剂盒IlluminaFC-131-1024

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体内细胞因子刺激
IL-1β和TNF的剂量、注射方式(ICV)、注射次数(1次或2次)和间隔(一周)
阅读提示:Methods: In vivo cytokine stimulation
原代星形胶质细胞培养
小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(P0-P3)、细胞分离和培养条件、刺激浓度和时长
阅读提示:Methods: Primary astrocyte cultures from neonatal mice
EAE诱导
EAE诱导方法(MOG35-55、CFA、PTX)、小鼠品系(C57BL/6J和NOD)
阅读提示:Methods: EAE induction
基因失活
慢病毒载体(Gfap启动子)、sgRNA序列、病毒滴度、注射部位和体积
阅读提示:Methods: CRISPR–Cas9 lentivirus production, Intracranial lentivirus injection
FIND-seq
细胞密度、试剂的规格(琼脂糖、引物等)、微流控流速、荧光标记和探针
阅读提示:Methods: FIND-seq
免疫染色
一抗和二抗的稀释度、孵育时间、温度,以及抗原修复方法
阅读提示:Methods: Immunostaining of mouse CNS tissue, Immunostaining of CNS tissue from multiple sclerosis patients