TLI/ATS处理及cDC1表型分析
确定TLI/ATS处理后cDC1的EpoR表达变化及其增殖情况。
对小鼠进行TLI/ATS处理,通过流式细胞术和RNA-seq分析脾脏cDC1的EpoR表达、Ki67表达和转录谱。
Erythropoietin receptor on cDC1s dictates immune tolerance
研究包含体外细胞共培养、体内小鼠模型(基因敲除、BM嵌合、肿瘤模型)、scRNA-seq和bulk RNA-seq等多层级验证,并进行了功能验证和机制验证。
EporΔXcr1小鼠(cDC1特异性EpoR敲除) Batf3−/−小鼠 Epor-tdTomato-Cre报告小鼠 MC38-OVAdim和B16F10-OVA肿瘤模型
TLI/ATS处理后cDC1中Epor上调情况 EporΔXcr1小鼠中BM嵌合和心脏移植物存活 FOXP3+ Treg的诱导和扩增是否依赖于cDC1-EpoR Itgb8在cDC1中的条件性敲除对TLI诱导耐受的影响 EpoR缺失对肿瘤生长和抗肿瘤T细胞免疫的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TLI/ATS处理后cDC1的EpoR表达变化及其增殖情况。
对小鼠进行TLI/ATS处理,通过流式细胞术和RNA-seq分析脾脏cDC1的EpoR表达、Ki67表达和转录谱。
验证cDC1上EpoR在TLI诱导的耐受中的作用。
利用Xcr1Cre/+Eporflox/flox(EporΔXcr1)小鼠,通过TLI/ATS处理、BM移植和心脏移植实验,评估BM嵌合和移植物存活。
评估cDC1-EpoR对Ag特异性Treg诱导和扩增的必要性。
通过体外共培养实验(Epor-tdT+ cDC1与OT-II细胞)和体内实验(2W1S-BALB/c BM移植),检测FOXP3+ Treg的频率。
阐明EpoR在cDC1耐受性成熟中的作用。
对来自Eporflox/flox和EporΔXcr1小鼠的脾脏cDC1进行scRNA-seq分析,比较不同条件下的cDC1亚群比例和基因表达。
验证Itgb8是否是EpoR下游的关键耐受介质。
生成Itgb8ΔXcr1小鼠,通过TLI/ATS处理、BM移植和2W1S-BALB/c BM移植,分析Treg诱导和BM嵌合。
评估cDC1-EpoR缺失对抗肿瘤免疫的影响。
在Eporflox/flox和EporΔXcr1小鼠中皮下接种MC38-OVAdim或B16F10-OVA肿瘤细胞,监测肿瘤生长并分析肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 抗CD11c抗体 | BioLegend | 117318 |
| 抗XCR1抗体 | BioLegend | 148208 | |
| 抗MHCII抗体 | BioLegend | 107614 | |
| 流式细胞术 | 抗FOXP3抗体 | eBioscience | 11-5773-82 |
| 抗CD8α抗体 | BioLegend | 100750 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 21875059 |
| DMEM培养基 | Gibco | C11965500BT | |
| 胎牛血清 | Bodinco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher | 10378016 | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | A2916801 | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | 11140050 | |
| 细胞分离 | 泛树突状细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-100-875 |
| 初始CD4+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-453 | |
| 初始CD8α+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-543 | |
| 细胞增殖 | CellTrace紫 | Thermo Fisher Scientific | C34557 |
| 凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Invitrogen | C10617 |
| ELISA | 小鼠EPO ELISA试剂盒 | Invitrogen | EM28RB |
| RNA提取 | RNeasy Plus Micro试剂盒 | QIAGEN | 74034 |
| RNeasy Plus Mini试剂盒 | QIAGEN | 74134 | |
| cDNA合成 | High-Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| qPCR | TaqMan Fast Advanced预混液 | Thermo Fisher | 4444557 |
| 流式细胞术 | 123count eBeads计数微球 | Invitrogen | 01-1234-42 |
| LSRFortessa X-20流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FACSymphony A5流式细胞分析仪 | BD Biosciences | -- | |
| FACSAria II流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| 荧光成像 | Zeiss LSM 700共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss Microscopy | -- |
| 多重免疫荧光 | CODEX PhenoCycler系统 | Akoya Biosciences | -- |
| BZ-X710倒置荧光显微镜 | Keyence | -- | |
| qPCR | QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 细胞消化 | Liberase TM | Roche | 5401119001 |
| 胶原酶D | Worthington | -- | |
| 胶原酶IV | Worthington | LS004188 | |
| 胶原酶A | Sigma-Aldrich | 10103586001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | D2821 | |
| 细胞染色 | PKH67膜标记染料 | MilliporeSigma | PKH67GL-1KT |
| 细胞凋亡 | 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D2915 |
| 药物处理 | 重组人促红细胞生成素(rhEPO,PROCRIT,依泊汀α) | -- | -- |
| 动物实验 | 兔抗胸腺细胞血清 | Accurate Chemical and Scientific Inc | AIA3940T/20 |
| 白喉毒素 | Sigma-Aldrich | D0564 | |
| 抗体纯化 | 抗CD205抗体(NLDC-145) | Bio X Cell | BE0420 |
| 抗体偶联 | EDC交联剂 | Thermo Fisher Scientific | 77149 |
| Sulfo-NHS | Thermo Fisher Scientific | 24510 | |
| 卵清蛋白 | Thermo Fisher Scientific | 77120 | |
| 细胞分离 | Percoll密度梯度介质 | MilliporeSigma | P1644 |
| 细胞染色 | Hoechst 33342核酸染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞活性 | 可固定活/死蓝染料 | Thermo Fisher Scientific | L23105 |
| 可固定活/死Aqua染料 | Thermo Fisher Scientific | L34957 | |
| 细胞刺激 | eBioscience细胞刺激混合物 | Thermo Fisher Scientific | 00-4975-93 |
| 细胞固定 | eBioscience Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 |
| eBioscience透化缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 00-8333-56 | |
| 磷酸化检测 | Phosflow裂解/固定缓冲液 | BD Biosciences | 558049 |
| Phosflow透化缓冲液III | BD Biosciences | 558050 | |
| 流式细胞术 | 2W1S四聚体 | NIH Tetramer Core Facility | -- |
| 抗PE微珠 | Miltenyi Biotec | 130-048-801 | |
| RNA-seq | 10x Genomics 3' scRNA-seq V3.1芯片 | 10x Genomics | PN-1000269 |
| NovaSeq6000测序仪 | Illumina | -- | |
| NovaSeq X测序仪 | Illumina | -- | |
| Cell Ranger软件 | 10x Genomics | -- | |
| 数据分析 | FlowJo软件 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TLI/ATS处理 | TLI照射剂量和方案;ATS注射剂量和时间 阅读提示:Methods: BM transplantation, rabbit ATS, and TLI |
| cDC1分离与鉴定 | 脾脏消化条件;cDC1门控策略(Lin−SiglecH−PDCA-1−CD11chighMHCIIhighXCR1+CD8α+) 阅读提示:Methods: Isolation and purification of XCR1+CD8α+ cDC1s and Epor-tdT+ and Epor-tdT− cDC1s |
| Treg诱导实验 | 共培养比例(cDC1:OT-II:凋亡细胞);rhEPO浓度和添加时间;培养时长 阅读提示:Methods: In vitro OT-II FOXP3+ Treg induction assay |
| 体内Treg诱导实验 | OT-II细胞转移数量;凋亡细胞注射途径和数量;rhEPO给药方案;分析时间点 阅读提示:Methods: In vivo OT-II FOXP3+ Treg induction assay |
| 肿瘤模型 | 肿瘤细胞系和接种数量;接种部位;肿瘤生长测量时间点 阅读提示:Methods: Tumor models |