鉴定衰老胶质细胞
确定果蝇大脑中是否存在自然发生的衰老胶质细胞及其特征。
使用TRE-dsRed报告系观察AP1活性随年龄的变化,结合胶质细胞和神经元标记物染色,检测SA-β-Gal、γH2Av等衰老标志物,并通过FACS分选和bulk RNA-seq分析AP1+胶质细胞的转录组特征。
Senescent glia link mitochondrial dysfunction and lipid accumulation
包含果蝇体内衰老胶质细胞鉴定、RNAi筛选、转录组与脂质组学分析、AP1靶向干预和寿命/健康寿命评估,以及人成纤维细胞体外验证等多层级实验。
果蝇大脑(TRE-dsRed报告系) IMR90人成纤维细胞
AP1活性报告系(TRE-dsRed)用于识别衰老胶质细胞 神经元线粒体基因RNAi敲低(ND42、ND75、COX5A、NP15.6等) AP1靶向干预(UAS-dFosDN或UAS-puc)的给药方案(RU-486 1天/周) BODIPY染色和脂质组学分析脂质积累 SA-β-Gal活性、γH2Av、EdU标记等衰老标志物检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定果蝇大脑中是否存在自然发生的衰老胶质细胞及其特征。
使用TRE-dsRed报告系观察AP1活性随年龄的变化,结合胶质细胞和神经元标记物染色,检测SA-β-Gal、γH2Av等衰老标志物,并通过FACS分选和bulk RNA-seq分析AP1+胶质细胞的转录组特征。
确定衰老胶质细胞是否由神经元线粒体功能障碍触发。
通过神经元特异性RNAi筛选敲低线粒体内膜复合物基因,观察AP1活性变化,并进行转录组和脂质组学分析。
确定调节胶质细胞AP1活性对寿命、健康寿命和衰老标志物的影响。
使用胶质细胞特异性基因Switch系统表达UAS-dFosDN或UAS-puc,以不同频率(7、3、1天/周)阻断AP1活性,测量寿命、爬行能力、热休克恢复和SA-β-Gal活性。
确定衰老胶质细胞是否促进脂质积累及其机制。
通过BODIPY染色观察脂滴积累,进行脂质组学分析,并检查脂质合成基因表达。在人成纤维细胞中验证JUN的作用。
确定AP1靶向干预对氧化损伤的影响。
通过DHE染色和H2O2应激实验评估氧化损伤和应激耐受性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 荧光成像 | Leica DM 6000 CS共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 流式细胞术 | BD FACS Aria II SORP | BD | -- |
| RNA-seq | Illumina NovaSeq S4 | Illumina | -- |
| Western blot | Amersham Imager 600 | Amersham | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 10313-121 |
| 胎牛血清 | Corning | 35-011-CV | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 谷氨酰胺 | Gibco | 25030-081 | |
| 转染 | Dharmacon siRNA | Dharmacon | -- |
| Dharmafect转染试剂 | Dharmacon | -- | |
| 脂质染色 | BODIPY 493/503染料 | Invitrogen | D3922 |
| 细胞核染色 | DAPI | -- | -- |
| Hoechst染料 | -- | -- | |
| Syto60染料 | ThermoFisher | S11342 | |
| 抗体染色 | anti-repo抗体 | DSHB | 8D12 |
| anti-elav抗体 | DSHB | 7E8A10 | |
| anti-γH2Av抗体 | DSHB | UNC93-5.2.1 | |
| Western blot | anti-tubulin抗体 | DSHB | AA4.3 |
| anti-JUN抗体 | Cell Signaling Technology | 9165 | |
| RNA提取 | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| Zymo RNA清洁和浓缩-5试剂盒 | Zymo | R1013 | |
| 逆转录和qPCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| qPCR | Fast SYBR Green主混合物 | ThermoFisher | 4385612 |
| ViiA 7实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 线粒体功能 | 线粒体ToxGlo检测 | Promega | G8001 |
| 脂质组学 | Agilent 6495C三重四极杆质谱仪 | Agilent | -- |
| LipidMaps数据库 | -- | -- | |
| FACS分选 | 木瓜蛋白酶 | Worthington | PAP2 LK003178 |
| Liberase | Roche | 5401119001 | |
| RNA酶抑制剂 | Takara | 2313A | |
| 蛋白质提取 | Laemmli缓冲液 | Bio-Rad | 161-0737 |
| cOmplete mini无EDTA蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| β-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | M6250 | |
| 药物处理 | RU-486 | Sigma-Aldrich | M8046-1G |
| AD4 (N-乙酰半胱氨酸) | -- | -- | |
| 氧化应激 | 过氧化氢 | -- | -- |
| DHE | ThermoFisher | D11347 | |
| EdU检测 | Click-iT EdU成像试剂盒 | ThermoFisher | mp10338 |
| 免疫染色 | 正常山羊血清 | -- | -- |
| AlexaFluor 647二抗 | ThermoFisher | A-21235 | |
| ECL检测 | ECL试剂 | Cytiva | RPN2232 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 果蝇饲养 | 饲养温度、湿度、光照周期、食物配方 阅读提示:Methods:Fly stocks and maintenance |
| AP1活性检测 | TRE-dsRed报告系、年龄(5-40天) 阅读提示:Methods:Whole-mount brain immunofluorescence,图1b,c |
| 衰老标志物检测 | SA-β-Gal染色、γH2Av免疫印迹、EdU标记 阅读提示:Methods:Whole-mount brain immunohistochemistry、Western immunoblot、Cell proliferation by EdU labelling |
| FACS分选 | 样品制备(papain/liberase消化)、分选参数、细胞数量(500个/RNA-seq;100,000/脂质组学) 阅读提示:Methods:FACS-based isolation of AP1+ glia, AP1neg glia and neurons |
| RNA-seq | 文库制备、测序平台、比对软件、差异表达分析参数 阅读提示:Methods:Bulk RNA-seq and analysis |
| 脂质组学 | 脂质提取方法、质谱参数、数据标准化 阅读提示:Methods:Unbiased lipidomics for multiple reaction monitoring profiling and analysis |
| 神经元RNAi实验 | RNAi品系、诱导时间、温度、RU-486浓度 阅读提示:Methods:Fly stocks and maintenance、Results 图2b |
| AP1干预实验 | UAS-dFosDN/UAS-puc表达、RU-486给药频率(7、3、1天/周) 阅读提示:Methods:Fly stocks and maintenance、Results 图3a |
| 行为学 | 寿命记录、爬行能力、热休克、氧化应激 阅读提示:Methods:Behavioural assays |