LIPSTIC标记开发与验证
建立一种靶标诱导的邻近标记方法,以区分首次分裂的近端和远端子代CART细胞。
利用sortase A介导的酶促标记,将LPETG肽特异性地转移到与靶细胞接触的CAR分子上,并通过流式细胞术和活细胞成像确认标记的极性分布。
Fate induction in CD8 CAR T cells through asymmetric cell division
包含体外细胞实验、单细胞多组学分析、体内小鼠模型及基因敲除功能验证,多层次验证了不对称分裂及IKZF1功能。
CD8 CAR T细胞(抗CD19或抗TCRδ) Nalm6白血病细胞系(CD19或γδTCR靶标) NSG小鼠模型
LIPSTIC标记区分第一分裂近端与远端子代CART 近端与远端子代CART的表面蛋白质组差异(如CD8富集于远端) IKZF1敲低或敲除对远端子代CART表型和体内持久性的影响 第一分裂子代细胞的代谢表型(近端糖酵解,远端氧化磷酸化) 体内功能实验的T细胞剂量和时间点(如2.5×10^5细胞)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立一种靶标诱导的邻近标记方法,以区分首次分裂的近端和远端子代CART细胞。
利用sortase A介导的酶促标记,将LPETG肽特异性地转移到与靶细胞接触的CAR分子上,并通过流式细胞术和活细胞成像确认标记的极性分布。
比较近端与远端子代CART在细胞大小、增殖、表面标志物及代谢状态上的差异。
通过流式细胞术分析细胞大小、CD25表达和增殖速率,使用Seahorse分析线粒体压力,比较近端与远端子代的糖酵解和氧化磷酸化水平。
评估近端和远端子代CART在体内的存活、持久性和抗肿瘤效果。
将分选的近端或远端子代CART注入NSG小鼠,35天后用Nalm6细胞攻击,监测外周血T细胞数量、生物发光成像和生存率。
表征近端与远端子代CART的表面蛋白质组、转录组和TCR克隆性差异。
使用10x Genomics平台对分选的近端和远端子代CART进行单细胞RNA测序、表面蛋白(CITE-seq)和TCR测序,分析差异表达基因、表面蛋白及RNA速度。
验证特异性转录因子(如IKZF1)在远端子代CART命运决定中的功能作用。
使用CRISPR-Cas9敲除IKZF1或药物lenalidomide处理,分析对远端子代CART的表型影响,并在体内评估其持久性和肿瘤控制能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转导 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| HEPES | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| LIPSTIC assay | 生物素化LPETG肽 | LifeTein | -- |
| 链霉亲和素-PE/APC | BioLegend | -- | |
| T细胞刺激 | 抗CD3/CD28磁珠 | Thermo Fisher | -- |
| 细胞增殖标记 | CellTrace Violet细胞示踪染料 | Thermo Fisher | -- |
| 流式细胞术 | LSRII、LSR Fortessa、FACSymphony A3细胞分析仪 | BD Biosciences | -- |
| 活细胞成像 | 蔡司Observer 7倒置显微镜 | Zeiss | -- |
| 代谢分析 | Seahorse XF96代谢分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 单细胞测序 | 10x Chromium | 10x Genomics | -- |
| 测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 磁珠分离 | 初始T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-097-095 |
| 抗PE多分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-757 | |
| LS和LD柱 | Miltenyi Biotec | 130-042-401 | |
| CD45RO微珠 | Miltenyi Biotec | 130-046-001 | |
| CD3微珠 | Miltenyi Biotec | 130-097-043 | |
| 分子克隆 | RNeasy微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 | |
| 蛋白质印迹 | 兔抗IKZF1单克隆抗体 | Cell Signaling | 9034S |
| 小鼠抗β-肌动蛋白单克隆抗体 | Cell Signaling | 3700S | |
| 数字抗兔HRP | Kindle Biosciences | R1006 | |
| 数字抗小鼠HRP | Kindle Biosciences | R1005 | |
| 药物处理 | 来那度胺 | MedChemExpress | HY-A0003 |
| 流式细胞术抗体 | CD8-APCH7抗体 | BD Biosciences | 561423 |
| CD4-BUV805抗体 | BD Biosciences | 612887 | |
| CD45RA-BUV395抗体 | BD Biosciences | 740298 | |
| CD45RO抗体 | BioLegend | 304234 | |
| CD25-BV711抗体 | BioLegend | 356138 | |
| CD62L-PE抗体 | BioLegend | 304840 | |
| CD8-APC/Cy5.5抗体 | SouthernBiotech | 9536-18 | |
| CD4-PE/Cy5.5抗体 | SouthernBiotech | 9522-16 | |
| CD3-BV605抗体 | BioLegend | 317322 | |
| CD19-APC抗体 | BioLegend | 302212 | |
| CD45RO-BV785抗体 | BioLegend | 304234 | |
| TCRα/β-BV421抗体 | BioLegend | 306722 | |
| CD45-PECy7抗体 | BioLegend | 393408 | |
| 细胞计数 | Trucount管 | BD Biosciences | -- |
| CountBright Plus绝对计数微球 | Thermo Fisher | -- | |
| 靶细胞改造 | Lenti-X 293T细胞 | Takara | -- |
| 靶细胞电穿孔 | Lonza 4D核转染仪 | Lonza | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| LIPSTIC标记 | LPETG肽浓度(100 μM)、靶细胞上sortase连接靶蛋白表达、CART与靶细胞比例(0.3:1-4.25:1)、共孵育时间(72小时) 阅读提示:Methods: LIPSTIC assay |
| 细胞功能与代谢分析 | 近端与远端子代CART的细胞数量(1.5×10^5/孔)、代谢分析试剂浓度(oligomycin 1.5μM, FCCP 1.5μM, rotenone 40nM, antimycin A 1μM) 阅读提示:Methods: Metabolic analysis |
| 体内持久性实验 | NSG小鼠品系、CART注射剂量(2.5×10^5细胞/小鼠)、Nalm6挑战时间(35天)和剂量(1×10^6细胞/小鼠) 阅读提示:Methods: In vivo studies(功能持久性实验部分) |
| 单细胞测序 | 分选细胞数量(1.5×10^5)、载荷数(10,000)、TotalSeq-C抗体浓度、测序深度(150×2循环) 阅读提示:Methods: Single-cell multiomic analysis |
| IKZF1功能实验 | CRISPR-Cas9电穿孔参数(50pM Cas9, 100nM gRNA)、lenalidomide浓度(0.1μM) 阅读提示:Methods: 基因敲除和药物处理部分(Lentiviral constructs and production, in vitro transcription, cell lines and cell culture; LIPSTIC assay) |