TERT表达模式分析
确定TERT在精原细胞亚群中的表达情况
通过流式细胞术分选MCAMhighKIT− (US-h)、MCAMmedKIT− (US-m)和MCAMmedKIT+ (DS)精原细胞,并通过qRT-PCR和Tert-Tdtomato报告小鼠检测Tert mRNA和tdTomato表达。
Clonal inactivation of TERT impairs stem cell competition
包含基于小鼠模型的体内谱系追踪、条件性基因敲除、转基因拯救实验、ATAC-seq和RNA-seq等多层级验证,并进行功能验证和机制验证。
小鼠精原干细胞(SSC) TertCreER/flox条件敲除小鼠 Terc−/−小鼠 TertCreER/+;Rosalsl-Tdtomato/+谱系追踪小鼠
Tert条件性敲除对SSC克隆形成的影响(通过TertCreER/flox小鼠模型) TERT的非催化功能(通过Terc缺失或催化失活突变体Tertci验证) MYC在TERT下游的作用(通过转基因MYC过表达拯救实验) 染色质可及性变化(通过ATAC-seq分析) 端粒长度维持(通过端粒FISH分析)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TERT在精原细胞亚群中的表达情况
通过流式细胞术分选MCAMhighKIT− (US-h)、MCAMmedKIT− (US-m)和MCAMmedKIT+ (DS)精原细胞,并通过qRT-PCR和Tert-Tdtomato报告小鼠检测Tert mRNA和tdTomato表达。
评估TERT表达SSC的自我更新和竞争能力
使用TertCreER/+;Rosalsl-Tdtomato/+小鼠,通过他莫昔芬诱导tdTomato标记TERT+细胞,并在不同时间点统计精子发生中的克隆(patch)数量、长度和总长度。
确定内源性TERT在SSC竞争中的作用
构建TertCreER/flox;Rosalsl-Tdtomato/+小鼠,通过他莫昔芬诱导Tert基因敲除和tdTomato标记,分析克隆形成和SSC命运。
检验TERT对SSC竞争的作用是否依赖其催化活性
使用Terc−/−小鼠和催化失活的Tertci转基因小鼠,观察TERT缺失或过表达对克隆形成的影响。
确定TERT缺失导致克隆形成减少的细胞机制
通过全组织免疫荧光和流式细胞术分析Tdtomato+ US亚群和KIT+ DS群体,并通过BrdU掺入实验检测增殖,通过cleaved-PARP染色检测凋亡。
评估TERT缺失对全球染色质结构的影响
对分选的US-h, US-m, DS, SP和RS细胞进行ATAC-seq,比较TertCreER/+和TertCreER/flox小鼠的开放染色质图谱。
识别TERT缺失引起的基因表达变化和信号通路
对tdTomato+ US-h细胞进行RNA-seq,并使用GSEA分析通路富集。
验证TERT通过MYC促进SSC竞争
在TertCreER/flox;Rosalsl-Tdtomato/lsl-tTA背景下过表达TetO-hMYC,分析克隆形成和SSC特性。
评估TERT缺失对端粒长度的影响
通过端粒FISH和tdTomato免疫荧光,测量一年后tdTomato+精子细胞中的端粒长度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | TrypLE Express | Gibco | -- |
| 胶原酶I | Worthington | -- | |
| 胶原酶IV | Worthington | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Worthington | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 抗RFP抗体 | Abcam | ab124754 |
| 抗RFP抗体 | MBL | M208-3 | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | R&D Systems | AF748 | |
| 抗GFRA1抗体 | R&D Systems | AF560 | |
| 抗KIT抗体 | Cell Signaling Technology | 3074 | |
| 抗BrdU抗体 | Bio-Rad | MCA2483 | |
| 抗PLZF抗体 | Santa Cruz | sc-22839 | |
| 抗剪切型PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9548 | |
| 抗γH2AX抗体 | EMD Millipore | 05-636 | |
| 抗MYC抗体 | Cell Signaling Technology | 13987 | |
| 流式分析 | 抗α6整合素抗体 | Biolegend | 313622 |
| 抗MCAM抗体 | Biolegend | 134712 | |
| 抗KIT抗体 | BD Biosciences | 564481 | |
| RNA检测 | RNAscope 2.5 HD 试剂盒(红色) | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| qRT-PCR | TaqMan快速高级预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Direct-zol RNA微量提取试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| SuperScript IV第一链合成系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA-seq | SMARTer链特异性总RNA-seq试剂盒v2 - Pico输入哺乳动物 | Clontech | -- |
| ATAC-seq | 自制Tn5转座酶 | -- | -- |
| Tagment DNA缓冲液 | -- | -- | |
| 端粒FISH | Alexa 488标记的端粒探针 | PNA Bio | -- |
| Cy5标记的着丝粒探针 | PNA Bio | -- | |
| 封闭试剂 | Roche | -- | |
| 组织学 | 含有DAPI的Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | -- |
| Immuno Shot免疫染色(温和型) | Cosmo Bio | -- | |
| TSA Plus Cyanine 3系统 | Akoya Biosciences | -- | |
| TSA Plus Fluorescein系统 | Akoya Biosciences | -- | |
| DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| Clearmount封片剂 | American MasterTech | -- | |
| 仪器设备 | Leica SP5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| BD Aria II流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| 7900HT Fast实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 测序平台 | Illumina NextSeq测序平台 | Illumina | -- |
| 试剂 | 他莫昔芬 | Cayman | -- |
| 玉米油 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 多西环素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 溴脱氧尿苷 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Igepal CA-630 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| Trizol LS | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、饲养条件 阅读提示:Methods: Animals |
| 谱系追踪 | 他莫昔芬剂量、给药方式、时间、观察时间点 阅读提示:Methods: Lineage-tracing assay, Figure 1 |
| TERT条件性敲除 | TertCreER/flox小鼠、他莫昔芬剂量、时间 阅读提示:Methods: Generation of Tert-flox mice, Figure 1 |
| 克隆形成分析 | 克隆计数方法、图像分析软件 阅读提示:Methods: Lineage-tracing assay, Figure 1 |
| 免疫荧光 | 抗体稀释度、孵育条件、抗原修复方法 阅读提示:Methods: Whole-mount immunofluorescence, Section immunostaining |
| 流式分析 | 抗体稀释度、分选策略 阅读提示:Methods: FACS analysis |
| 端粒FISH | 探针浓度、杂交温度、信号定量方法 阅读提示:Methods: Telomere FISH |
| RNA-seq | 起始RNA量、文库制备、测序深度 阅读提示:Methods: RNA-seq |
| ATAC-seq | 细胞数目、Tn5转座酶量、测序平台 阅读提示:Methods: ATAC-seq |