比较基因组学筛选人科动物特异变体
鉴定与尾巴发育相关的基因中人科动物特异性的遗传变异,特别是可能影响尾巴丢失的候选变体。
整合MGI数据库中140个与尾巴表型相关的基因,利用多物种比对和Ensembl VEP进行功能预测,筛选出人科动物特有的SNV、插入和缺失。
On the genetic basis of tail-loss evolution in humans and apes
包含比较基因组学、人类ES细胞体外分化模型、CRISPR基因编辑、多种小鼠模型(基因敲入、条件表达)以及功能验证和机制验证,证据层级多。
人类胚胎干细胞(H1) 小鼠胚胎干细胞(MK6) TbxtΔexon6/+杂合小鼠 TbxtinsRCS2/insRCS2纯合小鼠
人类ES细胞中AluY和AluSx1的条件性敲除 TbxtΔexon6/+小鼠尾巴表型的外显率和变异 TbxtinsASAY和TbxtinsRCS2小鼠尾长与Tbxt异构体相对丰度的关联 TbxtinsRCS2/Δexon6复合杂合小鼠的完全无尾表型 TbxtΔexon6/Δexon6胚胎致死或神经管缺陷的表型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与尾巴发育相关的基因中人科动物特异性的遗传变异,特别是可能影响尾巴丢失的候选变体。
整合MGI数据库中140个与尾巴表型相关的基因,利用多物种比对和Ensembl VEP进行功能预测,筛选出人科动物特有的SNV、插入和缺失。
确定导致TBXTΔexon6剪接异构体的人科动物特异性AluY元件及其作用机制。
在TBXT基因内含子6中发现人科动物特异性AluY元件,其与内含子5中反向的AluSx1元件配对,预测通过RNA二级结构导致外显子6跳跃。利用RNAfold进行结构预测,并在人类ES细胞分化模型中验证了TBXTΔexon6转录本的存在。
通过CRISPR介导的缺失实验验证AluY和AluSx1对于TBXTΔexon6剪接的必要性。
在人类ES细胞中分别敲除AluY或AluSx1,通过RT-PCR检测TBXT转录本剪接模式的变化。结果显示删除AluY或AluSx1几乎完全消除了Δexon6转录本的产生。
评估TbxtΔexon6异构体是否足以诱导尾巴丢失或缩短,并研究其剂量效应。
利用CRISPR技术生成TbxtΔexon6/+杂合小鼠,该小鼠同时表达全长和Δexon6异构体,模拟人类TBXT表达模式。观察其尾巴表型,并分析不同基因型小鼠尾芽中异构体的相对丰度。
确定通过插入反向重复序列介导的外显子跳跃是否能够重现人科动物TBXT的剪接事件并影响尾巴长度。
构建两种基因修饰小鼠:TbxtinsASAY插入人类AluSx1-AluY对,TbxtinsRCS2插入内源性反向互补序列。观察其TbxtΔexon6表达水平和尾巴长度,并与野生型比较。
通过增加TbxtΔexon6转录本相对丰度来评估对尾巴表型的决定性影响。
将TbxtΔexon6/+小鼠与TbxtinsRCS2小鼠杂交,获得TbxtinsRCS2/Δexon6复合杂合小鼠,观察其尾巴表型。
评估TbxtΔexon6异构体是否导致神经管缺陷,并探讨其作为进化代价的潜在影响。
观察TbxtΔexon6/Δexon6纯合胚胎和新生小鼠,记录神经管闭合缺陷和致死性,并获得代表性图例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | StemFlex培养基 | Gibco | A3349401 |
| PSC冷冻培养基 | Gibco | A2644601 | |
| RevitaCell | Gibco | A2644501 | |
| Geltrex基质胶 | Gibco | A1413302 | |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | 11320033 | |
| Glutamax | Gibco | 35050061 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| Versene缓冲液 | Gibco | 15040066 | |
| 分化诱导 | CHIR99021 | Tocris | 4423 |
| 细胞培养 | 小鼠胚胎成纤维细胞培养基 | -- | CBA-310 |
| Knockout DMEM培养基 | Gibco | 10829018 | |
| 胎牛血清 | Hyclone | SH30070.03 | |
| β-巯基乙醇 | Gibco | 31350010 | |
| 核苷 | Millipore | ES-008-D | |
| 白血病抑制因子 | EMD Millipore | ESG1107 | |
| 明胶 | EMD Millipore | ES-006-B | |
| Advanced DMEM/F-12培养基 | Gibco | 12634010 | |
| Neurobasal-A培养基 | Gibco | 10888022 | |
| N2添加剂 | Gibco | 17502048 | |
| B-27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| PD0325901 | Stemgent | -- | |
| DNA递送 | Nucleofector 2b | Lonza | BioAAB-1001 |
| 人类干细胞核转染试剂盒1 | Lonza | VPH-5012 | |
| 小鼠ES细胞核转染试剂盒 | Lonza | VVPH-1001 | |
| 细胞培养 | TrypLE Select酶 | Gibco | 12563011 |
| rLaminin-521 | -- | -- | |
| DNA提取 | Zymo DNA提取试剂盒 | Zymo Research | D4068 |
| 测序文库制备 | KAPA高保真热启动混合物 | Roche | KR0370 |
| 测序 | Illumina NextSeq 500 | Illumina | -- |
| Qubit 3.0荧光计 | Invitrogen | Q33216 | |
| RNA提取 | RNeasy试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| 反转录 | 反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4387406 |
| RNA测序 | NEBNext Ultra II方向性RNA文库制备试剂盒 | NEB | E7765L |
| NEBNext Poly(A) mRNA磁珠分离模块 | NEB | E7490L |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 比较基因组分析 | 用于分析的参考基因组版本和比对方法 阅读提示:Methods: Comparative genomics analyses of tail-development-related genes |
| 人类ES细胞培养与分化 | 细胞系、培养基成分、分化时间和CHIR99021浓度 阅读提示:Methods: Human ES cell culture and differentiation |
| CRISPR基因编辑 | guide RNA序列、供体DNA序列、递送方法、选择标记和浓度 阅读提示:Methods: CRISPR targeting and DNA delivery |
| 小鼠模型生成 | 小鼠品系、注射方法、基因型筛选和表型记录 阅读提示:Methods: Mouse experiments and generating TbxtΔexon6/+ mice; Generating TbxtinsASAY and TbxtinsRCS2 mice |
| 剪接异构体检测 | 引物序列、RT-PCR循环条件、凝胶分析 阅读提示:Methods: Splicing isoform detection |
| RNA-seq分析 | 文库制备试剂盒、测序平台、差异表达分析参数 阅读提示:Methods: Transcriptomics analyses in differentiated mouse ES cells |