人类和猿类尾巴丢失进化的遗传基础

On the genetic basis of tail-loss evolution in humans and apes

作者信息Bo Xia, Weimin Zhang, Guisheng Zhao, Xinru Zhang, Jiangshan Bai, Ran Brosh, Aleksandra Wudzinska, Emily Huang, Hannah Ashe, Gwen Ellis, Maayan Pour, Yu Zhao, Camila Coelho, Yinan Zhu, Alexander Miller, Jeremy S Dasen, Matthew T Maurano, Sang Y Kim, Jef D Boeke, Itai Yanai
PMID38418917
期刊Nature
发布时间2024-02
DOI10.1038/s41586-024-07095-8

实验完整度

包含比较基因组学、人类ES细胞体外分化模型、CRISPR基因编辑、多种小鼠模型(基因敲入、条件表达)以及功能验证和机制验证,证据层级多。

主要模型

人类胚胎干细胞(H1) 小鼠胚胎干细胞(MK6) TbxtΔexon6/+杂合小鼠 TbxtinsRCS2/insRCS2纯合小鼠

重点核对

人类ES细胞中AluY和AluSx1的条件性敲除 TbxtΔexon6/+小鼠尾巴表型的外显率和变异 TbxtinsASAY和TbxtinsRCS2小鼠尾长与Tbxt异构体相对丰度的关联 TbxtinsRCS2/Δexon6复合杂合小鼠的完全无尾表型 TbxtΔexon6/Δexon6胚胎致死或神经管缺陷的表型

摘要

尾巴的丢失是人类和‘类人猿’进化谱系中最显著的解剖学变化之一,被认为在人类双足行走中发挥了作用。然而,促进人科动物尾巴丢失进化的遗传机制仍然未知。在这里,我们提供的证据表明,人科动物祖先基因组中一个单独的Alu元件的插入可能促进了尾巴丢失的进化。我们证明,这个Alu元件——插入到TBXT基因的一个内含子中——与相邻的、以相反基因组方向编码的祖先Alu元件配对,并导致人科动物特异的选择性剪接事件。为了研究这种剪接事件的影响,我们生成了多个小鼠模型,这些模型同时表达Tbxt的全长和外显子跳跃异构体,模拟其人类同源基因TBXT的表达模式。表达两种Tbxt异构体的小鼠表现出尾巴完全缺失或尾巴缩短,具体取决于胚胎尾芽中表达的Tbxt异构体的相对丰度。这些结果支持外显子跳跃转录本足以诱导尾巴丢失表型的观点。此外,表达外显子跳跃Tbxt异构体的小鼠会出现神经管缺陷,这种情况影响人类约千分之一的新生儿。因此,尾巴丢失的进化可能与神经管缺陷的潜在适应性代价相关,这种代价至今仍影响人类健康。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人类和猿类尾巴丢失的遗传机制是什么?
核心机制
人科动物祖先TBXT基因内含子6中AluY元件的插入与内含子5中反向AluSx1元件配对,导致外显子6跳跃的剪接异构体TBXTΔexon6的产生,该异构体与全长转录本的相对丰度决定尾巴的丢失或缩短。
主要证据
比较基因组学鉴定AluY元件;人类ES细胞中删除AluY或AluSx1消除了Δexon6转录本;小鼠模型中表达TbxtΔexon6异构体(如TbxtΔexon6/+和TbxtinsRCS2/Δexon6)导致尾巴丢失或缩短,且表型与异构体相对丰度相关。
研究意义
该发现提供了尾巴丢失进化的遗传机制,并提示这种进化可能伴随神经管缺陷的适应性代价,并可能影响现代人类健康。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

比较基因组学筛选人科动物特异变体

鉴定与尾巴发育相关的基因中人科动物特异性的遗传变异,特别是可能影响尾巴丢失的候选变体。

整合MGI数据库中140个与尾巴表型相关的基因,利用多物种比对和Ensembl VEP进行功能预测,筛选出人科动物特有的SNV、插入和缺失。

2

鉴定TBXT基因中的AluY插入

确定导致TBXTΔexon6剪接异构体的人科动物特异性AluY元件及其作用机制。

在TBXT基因内含子6中发现人科动物特异性AluY元件,其与内含子5中反向的AluSx1元件配对,预测通过RNA二级结构导致外显子6跳跃。利用RNAfold进行结构预测,并在人类ES细胞分化模型中验证了TBXTΔexon6转录本的存在。

3

验证Alu元件对剪接的必需性

通过CRISPR介导的缺失实验验证AluY和AluSx1对于TBXTΔexon6剪接的必要性。

在人类ES细胞中分别敲除AluY或AluSx1,通过RT-PCR检测TBXT转录本剪接模式的变化。结果显示删除AluY或AluSx1几乎完全消除了Δexon6转录本的产生。

4

在小鼠中模拟TBXT剪接事件并观察表型

评估TbxtΔexon6异构体是否足以诱导尾巴丢失或缩短,并研究其剂量效应。

利用CRISPR技术生成TbxtΔexon6/+杂合小鼠,该小鼠同时表达全长和Δexon6异构体,模拟人类TBXT表达模式。观察其尾巴表型,并分析不同基因型小鼠尾芽中异构体的相对丰度。

5

构建TbxtinsASAY和TbxtinsRCS2小鼠模型验证机制

确定通过插入反向重复序列介导的外显子跳跃是否能够重现人科动物TBXT的剪接事件并影响尾巴长度。

构建两种基因修饰小鼠:TbxtinsASAY插入人类AluSx1-AluY对,TbxtinsRCS2插入内源性反向互补序列。观察其TbxtΔexon6表达水平和尾巴长度,并与野生型比较。

6

复合杂合小鼠的表型验证

通过增加TbxtΔexon6转录本相对丰度来评估对尾巴表型的决定性影响。

将TbxtΔexon6/+小鼠与TbxtinsRCS2小鼠杂交,获得TbxtinsRCS2/Δexon6复合杂合小鼠,观察其尾巴表型。

7

评估神经管缺陷表型

评估TbxtΔexon6异构体是否导致神经管缺陷,并探讨其作为进化代价的潜在影响。

观察TbxtΔexon6/Δexon6纯合胚胎和新生小鼠,记录神经管闭合缺陷和致死性,并获得代表性图例。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
StemFlex培养基GibcoA3349401
PSC冷冻培养基GibcoA2644601
RevitaCellGibcoA2644501
Geltrex基质胶GibcoA1413302
DMEM/F-12培养基Gibco11320033
GlutamaxGibco35050061
青霉素-链霉素Gibco15070063
Versene缓冲液Gibco15040066
CHIR99021Tocris4423
小鼠胚胎成纤维细胞培养基--CBA-310
Knockout DMEM培养基Gibco10829018
胎牛血清HycloneSH30070.03
β-巯基乙醇Gibco31350010
核苷MilliporeES-008-D
白血病抑制因子EMD MilliporeESG1107
明胶EMD MilliporeES-006-B
Advanced DMEM/F-12培养基Gibco12634010
Neurobasal-A培养基Gibco10888022
N2添加剂Gibco17502048
B-27添加剂Gibco17504044
PD0325901Stemgent--
Nucleofector 2bLonzaBioAAB-1001
人类干细胞核转染试剂盒1LonzaVPH-5012
小鼠ES细胞核转染试剂盒LonzaVVPH-1001
TrypLE Select酶Gibco12563011
rLaminin-521----
Zymo DNA提取试剂盒Zymo ResearchD4068
KAPA高保真热启动混合物RocheKR0370
Illumina NextSeq 500Illumina--
Qubit 3.0荧光计InvitrogenQ33216
RNeasy试剂盒Qiagen74004
反转录试剂盒Applied Biosystems4387406
NEBNext Ultra II方向性RNA文库制备试剂盒NEBE7765L
NEBNext Poly(A) mRNA磁珠分离模块NEBE7490L

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
比较基因组分析
用于分析的参考基因组版本和比对方法
阅读提示:Methods: Comparative genomics analyses of tail-development-related genes
人类ES细胞培养与分化
细胞系、培养基成分、分化时间和CHIR99021浓度
阅读提示:Methods: Human ES cell culture and differentiation
CRISPR基因编辑
guide RNA序列、供体DNA序列、递送方法、选择标记和浓度
阅读提示:Methods: CRISPR targeting and DNA delivery
小鼠模型生成
小鼠品系、注射方法、基因型筛选和表型记录
阅读提示:Methods: Mouse experiments and generating TbxtΔexon6/+ mice; Generating TbxtinsASAY and TbxtinsRCS2 mice
剪接异构体检测
引物序列、RT-PCR循环条件、凝胶分析
阅读提示:Methods: Splicing isoform detection
RNA-seq分析
文库制备试剂盒、测序平台、差异表达分析参数
阅读提示:Methods: Transcriptomics analyses in differentiated mouse ES cells