SKI复合体缺失导致9p21.3缺失或MSI-H癌症依赖于PELO

SKI complex loss renders 9p21.3-deleted or MSI-H cancers dependent on PELO

作者信息Patricia C Borck, Isabella Boyle, Kristina Jankovic, Nolan Bick, Kyla Foster, Anthony C Lau, Lucy I Parker-Burns, Daniel A Lubicki, Tianxia Li, Ashir A Borah, Nicholas J Lofaso, Sohani Das Sharma, Tessla Chan, Riya V Kishen, Anisah Adeagbo, Srivatsan Raghavan, Elisa Aquilanti, John R Prensner, J Michael Krill-Burger, Todd R Golub, Catarina D Campbell, Joshua M Dempster, Edmond M Chan, Francisca Vazquez
PMID39910293
期刊Nature
发布时间2025-02
DOI10.1038/s41586-024-08509-3

摘要

癌症基因组改变常导致脆弱性,可用于选择性靶向癌细胞。多种此类合成致死靶点的抑制剂已获FDA批准或处于临床试验阶段,凸显了该方法的潜力1-3。本文分析了来自癌症依赖性图谱(Cancer Dependency Map)的大规模CRISPR敲除筛选数据,并确定了一个新的合成致死靶点PELO,针对两种独立的癌症分子亚型:染色体区域9p21.3的双等位基因缺失或微卫星不稳定性高(MSI-H)。在9p21.3缺失的癌症中,PELO依赖性源于9p21.3基因FOCAD(超杀伤复合体SKIc的稳定因子)的双等位基因缺失。在MSI-H癌症中,由于SKIc关键组分TTC37(亦称SKIC3)的MSI-H相关突变,需要PELO。我们表明,这两种癌症亚型均会破坏SKIc的稳定性,而SKIc负责从停滞的核糖体中提取mRNA。在SKIc缺陷细胞中,PELO耗竭会诱导未折叠蛋白反应,这是对错误折叠或未折叠新生多肽积累的一种应激反应。总之,我们的研究结果表明,PELO是大量癌症患者的一个有前景的治疗靶点,这些癌症的特征是伴有有害TTC37突变的MSI-H或涉及FOCAD的双等位基因9p21.3缺失。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
高灵敏度RNA ScreenTape----
NEBNext试剂盒----
NEBNext Ultra II定向RNA文库制备试剂盒(用于Illumina)----
Illumina NextSeq2000测序仪----
CellTiter-Glo试剂----
PerkinElmer EnVision 2105酶标仪PerkinElmer2105
TransIT-LT1转染试剂MIR2306
RIPA裂解缓冲液ThermoScientific89901
PhosSTOP磷酸酶抑制剂Sigma4906845001
cOmplete蛋白酶抑制剂混合物Sigma11873580001
TrypLE消化液Gibco12604013
Pierce BCA蛋白测定试剂盒Thermo Scientific23225
NuPage样品还原剂InvitrogenNP0009
NuPage LDS样品缓冲液InvitrogenNP0007
4–12% Bis–Tris凝胶InvitrogenNP0322BOX
聚偏二氟乙烯膜MilliporeIPVH00010
Invitrogen iBlot 2转印仪Invitrogen--
Bio-Rad Mini Trans-Blot电泳转印槽Bio-Rad1703930
Intercept (PBS)封闭缓冲液LI-COR Biosciences927-70001
Tween-20Sigma11332465001
山羊抗兔IRDye 800CWLI-COR Biosciences926-32211
山羊抗兔IRDye 680LTLI-COR Biosciences926-68021
山羊抗鼠IRDye 800CWLI-COR Biosciences926-32210
HRP标记的抗兔IgGCell Signaling7074
HRP标记的抗兔IgGInvitrogen31460
Cytiva ECL Prime Western印迹检测试剂CytivaRPN2232
SuperSignal West Atto超灵敏化学发光底物Thermo ScientificA38554
SynGene PXi成像系统----
Amersham Imager TM 600成像仪--29-0834-61
高容量cDNA反转录试剂盒Applied Biosystems4368813
QuantStudio 7 Flex实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems4484643
Stbl4感受态细胞Invitrogen11635018
QIAGEN质粒Plus Maxi试剂盒QIAGEN12965
CellTiter-Glo 3D试剂PromegaG9681
96孔板Corning3903
Fisherbrand预装珠磨管Fisher Scientific15-340-153
Fisherbrand珠磨仪 24Fisher Scientific15-340-163
30号胰岛素注射器EasyTouchNDC: 08496-3055-01