构建报告系统
开发能够特异性标记和追踪HPCS的模型系统
敲入Slc4a11-MCD(mScarlet-CreERT2-DTR)和Hipp11-GGCB(G-Luc-eGFP-C-Luc-TagBFP)报告基因
Critical role for a high-plasticity cell state in lung cancer
包含基因工程小鼠模型、体外类器官、谱系追踪、细胞消融、scRNA-seq、CAR-T治疗及跨癌种分析等多层级实验验证。
KP(KrasG12D/Trp53缺失)小鼠肺癌模型 肺腺癌类器官 KrasG12D/Trp53缺失肺癌细胞系异种移植模型
使用Slc4a11启动子驱动MCD报告基因标记HPCS,验证其表达特异性 通过谱系追踪证明HPCS能产生所有肺癌细胞状态 HPCS消融后肿瘤生长受抑并降低细胞状态异质性 HPCS消融与化疗或KRAS抑制剂联用增强抗肿瘤效果 uPAR CAR-T细胞可消除HPCS并抑制肿瘤生长
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
开发能够特异性标记和追踪HPCS的模型系统
敲入Slc4a11-MCD(mScarlet-CreERT2-DTR)和Hipp11-GGCB(G-Luc-eGFP-C-Luc-TagBFP)报告基因
评估HPCS的细胞状态转变能力和生长潜力
使用他莫昔芬诱导Cre重组,追踪HPCS衍生的细胞,结合scRNA-seq和体内成像分析细胞状态变化
验证HPCS在肿瘤进展和维持中的必要性
使用白喉毒素(DT)系统性地消融HPCS细胞,评估对早期肿瘤和已建立肿瘤的影响
研究HPCS在治疗耐药中的作用
对小鼠进行顺铂或KRAS(G12D)抑制剂MRTX1133治疗,评估HPCS衍生细胞的变化及耐药状态
评估HPCS在其他癌症和再生上皮中的普遍性
在多种人类癌症scRNA-seq数据集和多种上皮再生模型中评估HPCS特征评分和标志物表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养和类器官培养 | 基质胶 | Thermo Fisher Scientific | CB-40230C |
| 分散酶II | Corning | 354235 | |
| IV型胶原酶 | Thermo Fisher Scientific | 17104019 | |
| 细胞分选 | DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | -- | -- |
| 细胞消融 | 白喉毒素 | Sigma-Aldrich | D0564 |
| 药物治疗 | 顺铂 | West-Ward | -- |
| MRTX1133 | Mirati Pharmaceuticals | -- | |
| 流式分析 | Helix NP NIR | BioLegend | 425301 |
| 免疫荧光 | 抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 |
| 抗Ki-67抗体 | Thermo Fisher Scientific | 14-5698-82 | |
| 抗uPAR抗体 | R&D Systems | AF807 | |
| 活体成像 | IVIS Lumina II成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 分子检测 | RNAscope 2.5 HD试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | 322350 |
| 细胞培养 | S-MEM培养基 | Gibco | 11380-037 |
| RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11-875-119 | |
| X-VIVO 15培养基 | Lonza | BEBP04-744Q | |
| 病毒包装 | 脂质体转染试剂3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000268 |
| 测序 | NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 谱系追踪 | 他莫昔芬剂量(200 mg/kg)、给药途径(口服)、追踪时间点(3天和14天) 阅读提示:Methods中'Lineage tracing of Slc4a11+, Hopx+ and random Rosa26creERT2/+ cell state cells'部分 |
| HPCS消融 | DT剂量(25-50 μg/kg)、给药频率(每日或隔日)、处理持续时间 阅读提示:Methods中'Administration of DT, MRTX1133 and cisplatin'部分 |
| 治疗实验 | 顺铂剂量(1.5 mg/kg)、给药频率(每3天)、MRTX1133剂量(30 mg/kg)、给药频率(每日两次) 阅读提示:Methods中'Administration of DT, MRTX1133 and cisplatin'部分 |
| 类器官培养 | AT2细胞分离、基质胶浓度、生长因子补充 阅读提示:Methods中'Alveolar organoid culture and ex vivo transformation protocol'部分 |