构建空间图谱
绘制不同解剖位置的肠道瘘管空间转录组图谱。
对68例瘘管样本进行组织学检查和空间转录组分析(包括Visium和Xenium平台),结合scRNA-seq数据,鉴定细胞类型和组织区域。
Spatial fibroblast niches define Crohn's fistulae
包含scRNA-seq、Visium空间转录组、Xenium亚细胞空间转录组、多重免疫荧光、胶原成像、体外过表达实验及qPCR验证,涵盖多证据层级。
肠道瘘管组织 克罗恩病溃疡组织 原代结肠成纤维细胞 HEK293细胞
样本类型:来自92例个体的68例瘘管及对照组织 空间转录组平台:Visium和Xenium 单细胞RNA测序:129,204个细胞 体外过表达:TWIST1和OSR2在初级肠成纤维细胞中 验证队列:qPCR检测84例样本中TWIST1表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
绘制不同解剖位置的肠道瘘管空间转录组图谱。
对68例瘘管样本进行组织学检查和空间转录组分析(包括Visium和Xenium平台),结合scRNA-seq数据,鉴定细胞类型和组织区域。
确定瘘管相关成纤维细胞(FAS)的亚型和基因表达特征。
通过单细胞转录组聚类分析鉴定FAS细胞,结合空间转录组数据展示其组织分布和基因表达。
验证TWIST1和OSR2对成纤维细胞功能的调控作用。
在初级结肠成纤维细胞中过表达TWIST1或OSR2,进行RNA-seq、免疫荧光和形态学分析。
研究瘘管中不同FAS亚型与胶原结构的关系。
采用天狼星红染色和偏振光成像分析胶原结构,结合空间转录组数据,将FAS亚型与不同ECM区域关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 样本保存 | CryoStor CS10 | Sigma-Aldrich | -- |
| 组织固定 | 缓冲甲醛 | VWR International | -- |
| 上皮细胞分离 | TrypLE Express | Gibco | -- |
| DNase | Sigma | -- | |
| 细胞染色 | TruStain FcX | BioLegend | -- |
| 细胞分离 | 固有层解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-097-410 |
| 流式细胞术 | BD LSR II | BD Biosciences | -- |
| BD FACSAria III | BD Biosciences | -- | |
| BD FACSAria Fusion | BD Biosciences | -- | |
| 细胞富集 | LeviCell-1.0 | LevitasBio | -- |
| 单细胞测序 | 10X Chromium | 10X Genomics | -- |
| RNA提取 | RNeasy FFPE试剂盒 | Qiagen | 73504 |
| RNA质量评估 | RNA Pico检测 | Agilent | -- |
| 空间转录组 | Visium FFPE载玻片 | 10X Genomics | -- |
| Xenium载玻片 | 10X Genomics | -- | |
| 组织学 | 曙红Y | Sigma | -- |
| 免疫组化 | EnVision FLEX | Dako | -- |
| DAB底物 | Dako | -- | |
| 胶原染色 | 天狼星红 | -- | HB6179 |
| qPCR | 反转录预混液 | Standard Bio | 1006300 |
| Fluidigm Flex Six IFC | Fluidigm | 1006308 | |
| 细胞培养 | HEPES | Gibco | 15690-056 |
| EDTA | Thermo Fisher | 15575-038 | |
| 二硫苏糖醇 | Thermo Fisher | P2325 | |
| ITS | Gibco | 41400-045 | |
| 慢病毒生产 | TWIST1慢病毒载体 | Addgene | 1428908 |
| OSR2慢病毒载体 | Addgene | 144039 | |
| psPAX2 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G | Addgene | 12259 | |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher | L3000015 | |
| Opti-MEM | Gibco | 31985070 | |
| 细胞选择 | 嘌呤霉素 | Thermo Fisher | 15490717 |
| 免疫荧光 | 8孔µ-玻片 | ibidi | 80826 |
| Triton X-100 | Sigma | T8787 | |
| 牛血清白蛋白 | Cell Signaling Technology | 9998 | |
| 抗Collagen VII抗体 | Abcam | ab198899 | |
| 抗α-SMA抗体 | Dako | M0851 | |
| DAPI | Thermo Fisher | D1306 | |
| Alexa Fluor 647 鬼笔环肽 | Thermo Fisher | A22287 | |
| 显微镜 | Zeiss LSM980共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| qPCR | RNeasy Plus Micro试剂盒 | QIAGEN | 73034 |
| High-Capacity cDNA反转录试剂盒 | Thermo Fisher | 4374966 | |
| 多重免疫荧光 | Gemini自动染色机 | Epredia/Shandon Diagnostics | -- |
| NxGen抗原修复仪 | Biocare Medical | -- | |
| Cell DIVE系统 | GE Research | -- | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | D357 | |
| 驴血清 | Bio-Rad | C06SB | |
| 甘油 | Merck Life Science | G5516 | |
| 碳酸氢钠 | Merck Life Science | S6297 | |
| 过氧化氢 | Merck Life Science | 216763 | |
| Mix-n-Stain抗体CF488A/555/647染料标记试剂盒 | Biotium | 92233, | |
| Alexa Fluor 488/555/647抗体标记试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A88062, | |
| oYo-Link硫醇抗体试剂 | AlphaThera | AT3001 | |
| CF 488A马来酰亚胺 | Biotium | -- | |
| CF 555马来酰亚胺 | Biotium | -- | |
| CF 647马来酰亚胺 | Biotium | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 空间转录组 | 样本类型(瘘管类型、位置、上皮化状态)、RNA质量(DV200>50%)、切片厚度(5µm)、Visium和Xenium平台参数 阅读提示:阅读Methods中的Spatial transcriptomics和Visium FFPE protocol、Xenium FFPE in situ protocol部分 |
| 单细胞RNA测序 | 组织消化方案(上皮和固有层)、细胞分选(CD45+和CD45−EPCAM−)、CITE-seq和hashtag抗体浓度、10X Chromium平台及跳码试剂盒使用 阅读提示:阅读Methods中的Cell isolation, staining and sorting、Droplet-based scRNA-seq部分 |
| 体外过表达实验 | 原代结肠成纤维细胞来源、TWIST1和OSR2慢病毒载体、转染条件(DNA量、脂质体量)、嘌呤霉素选择浓度(1µg/ml)、培养时间(7天) 阅读提示:阅读Methods中的Primary colonic fibroblast derivation and culture、Lentivirus production、Lentiviral transduction部分 |
| 免疫荧光 | 抗体浓度(1:100)、细胞密度、固定和通透条件、图像采集和分析方法 阅读提示:阅读Methods中的Immunofluorescence staining and quantification部分 |
| 胶原成像 | 切片厚度(4µm)、天狼星红染色条件、偏振光成像参数、图像分析聚类方法 阅读提示:阅读Methods中的Collagen fibre staining and imaging和Picrosirius red image analysis部分 |