行为景观分析
评估不同组织血管结构中中性粒细胞的动态和形态差异
使用活体成像追踪约2500个来自肺、肝、脾的中性粒细胞,提取38个运动学和形态学参数,通过UMAP聚类分析。
PIEZO1 mediates mechanical reprogramming of neutrophils for proangiogenic specialization in the lung
包含活体成像、转录组分析、微流控模拟、基因敲除小鼠模型及病理模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
中性粒细胞(小鼠骨髓、外周血、肺) Ly6g-tdTomato转基因小鼠 Piezo1-cKO小鼠 LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型 慢性低氧诱导的肺动脉高压小鼠模型
中性粒细胞在肺毛细血管中的变形和钙信号频率 Piezo1在中性粒细胞中的条件性敲除效率及对Yoda1的反应 肺中性粒细胞特异性促血管生成基因(如Vegfa)的表达水平 Piezo1-cKO小鼠在生理和病理条件下的肺内皮细胞增殖能力 Piezo1介导的ERK/NF-κB信号通路激活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估不同组织血管结构中中性粒细胞的动态和形态差异
使用活体成像追踪约2500个来自肺、肝、脾的中性粒细胞,提取38个运动学和形态学参数,通过UMAP聚类分析。
检测不同组织中中性粒细胞的钙信号频率及其与变形的关联
使用Ly6g-Salsa6f小鼠,通过活体成像记录中性粒细胞在肺、肝、脾中的钙信号,并分析与细胞球形度的相关性。
鉴定肺中性粒细胞独特的基因表达谱
从肺、外周血、骨髓中分选中性粒细胞进行bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq,比较差异表达基因和通路富集。
验证PIEZO1在调控肺中性粒细胞行为和转录重编程中的作用
构建Piezo1条件性敲除小鼠,通过活体成像比较WT和Piezo1-cKO中性粒细胞的行为和钙信号;对肺和外周血中性粒细胞进行bulk RNA-Seq分析Piezo1缺失的影响。
证明PIEZO1激活足以诱导肺相关基因表达
用PIEZO1激动剂Yoda1刺激骨髓或人外周血中性粒细胞,通过qPCR检测肺相关基因表达;进行药物抑制ERK/NF-κB或脉冲刺激实验。
在体外模拟肺毛细血管的反复束缚,验证其对基因表达的影响
将中性粒细胞灌注通过具有5μm间隙的微流控设备,收集通过细胞并通过qPCR检测促血管生成基因表达。
验证PIEZO1介导的中性粒细胞促血管生成功能对肺血管稳态的影响
通过流式细胞术检测中性粒细胞缺失或Piezo1-cKO小鼠肺内皮细胞增殖;测量LPS或低氧模型中的右心室收缩压和α-SMA染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 活体成像 | Qtracker 705血管示踪剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| FITC-葡聚糖70 | TdB Labs | -- | |
| APC-Ly6G抗体 | BioLegend | -- | |
| Zoletil | Virbac | -- | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 中性粒细胞刺激 | Yoda1 | MilliporeSigma | SML1558 |
| 前列腺素E2 | -- | -- | |
| 曲美替尼 | -- | -- | |
| BAY 11-7082 | -- | -- | |
| 吞噬实验 | 绿色大肠杆菌颗粒 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 活性氧检测 | 二氢罗丹明123 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | MilliporeSigma | -- | |
| 流式细胞术 | Zombie Aqua活力染料 | BioLegend | -- |
| 抗CD16/32抗体 | -- | -- | |
| Foxp3转录因子染色缓冲液套装 | eBioscience | -- | |
| 抗VEGFA抗体 | BioLegend | 512901 | |
| 抗IL-1β抗体 | BioLegend | 503501 | |
| 抗IL-6抗体 | BioLegend | 504501 | |
| 抗Ki67抗体 | BioLegend | 151211 | |
| 中性粒细胞分离 | 中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| EasySep直接人中性粒细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | -- | |
| 微流控实验 | CellTracker Green CMFDA染料 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 聚二甲基硅氧烷 | Dow Corning | -- | |
| Western blot | SDS蛋白上样缓冲液 | Sharebio | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| FuturePAGE 4%-20% Bis-Tris蛋白凝胶 | ACE | -- | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| LumiBest ECL底物溶液试剂盒 | Sharebio | -- | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA提取和qPCR | Dynabeads mRNA DIRECT纯化试剂盒 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| PrimeScript RT预混液 | Takara | -- | |
| AceQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| TRIzol试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| RNA测序 | VAHTS Universal V6 RNA-Seq文库制备试剂盒 | -- | -- |
| Illumina NovaSeq 6000平台 | Illumina | -- | |
| 单细胞测序 | 10X Genomics Chromium控制器仪器 | 10X Genomics | -- |
| Chromium单细胞3' V3.1试剂盒 | 10X Genomics | -- | |
| Qubit高灵敏度DNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bioanalyzer 2200生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 电生理记录 | Molecular Devices系统 | Molecular Devices | -- |
| 活细胞成像 | CMRA染料 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | C34551 |
| Fluo-8钙指示剂 | Abcam | 1345980-40-6 | |
| 汉克斯平衡盐溶液 | Solarbio | H1045 | |
| 多聚赖氨酸 | Beyotime | ST508 | |
| 玻璃底细胞培养皿 | NEST | 801002 | |
| 免疫荧光 | 超纯低熔点琼脂糖 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 16520-050 |
| OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 | |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Kingmorn | KS1090 | |
| 抗淬灭封片剂 | Yeasen | -- | |
| 动物实验 | 白喉毒素 | List Biological | -- |
| 抗小鼠Ly6G抗体 | Bio X Cell | -- | |
| CD31抗体 | -- | -- | |
| 活体成像 | 二氢罗丹明123 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| APC-Ly6G抗体 | BioLegend | -- | |
| 电生理记录 | Axoclamp 200B | Molecular Devices | -- |
| Digidata 1440 | Molecular Devices | -- | |
| pClamp 10 | Molecular Devices | -- | |
| 活体成像 | 奥林巴斯 FluoView FVMPE-RS显微镜 | Olympus | -- |
| 奥林巴斯 FluoView FV3000显微镜 | Olympus | -- | |
| 微流控 | SUSS MA-6掩模对准机 | SUSS | -- |
| PVA TePla IoN40等离子体清洗机 | PVA TePla | -- | |
| Pump 11 Elite注射泵 | Harvard Apparatus | -- | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa X20流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| BD FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| BD FACSAria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| qPCR | QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 单细胞测序 | Illumina测序仪 | Illumina | -- |
| 动物实验 | 呼吸机 | RWD Life Science | -- |
| 电动微型钻 | RWD | 800-003777-00 | |
| 压力测量 | 监护仪 | GE Healthcare | B105 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J) 阅读提示:Methods: 动物 |
| 中性粒细胞行为分析 | 活体成像参数:波长、时间间隔、持续时间 阅读提示:Methods: 活体成像和数据处 |
| PIEZO1功能验证 | Piezo1条件性敲除策略(Vav1-Cre) 阅读提示:Methods: 动物 |
| 体外PIEZO1激活 | Yoda1浓度(10 μM)、刺激时间(2小时)、因子(PGE2) 阅读提示:Methods: 中性粒细胞体外刺激 |
| 微流控模拟 | 微流控通道尺寸(5 μm间隙)、细胞密度(5×10^5/mL)、流速(5 μL/min) 阅读提示:Methods: 微流控微循环模拟装置的制造 |
| 体内功能验证 | LPS剂量(2 mg/kg)、低氧条件(10% O2,3周)、检测指标(RVSP、α-SMA) 阅读提示:Methods: LPS诱导的急性肺损伤模型、肺动脉高压模型、RV压力测量 |