CRISPR筛选鉴定化疗增敏靶点
在多个SCLC细胞系中筛选与顺铂敏感性相关的基因
使用靶向可成药基因组的sgRNA文库,在多个SCLC细胞系中(包括PDX衍生系)进行CRISPR-Cas9筛选,比较顺铂处理和未处理条件下的sgRNA丰度变化,鉴定候选基因。
Inhibition of XPO1 Sensitizes Small Cell Lung Cancer to First- and Second-Line Chemotherapy
包含CRISPR筛选、体外克隆竞争实验、体内PDX实验、免疫组化、免疫印迹及RNA-seq等多层级证据,并进行了功能验证和机制探索。
SCLC细胞系(H69、H82等) SCLC患者来源异种移植模型(Lx33、Lx304、Lx304B、Lx1322等) SCLC和NSCLC临床组织样本
XPO1表达水平:H69、H82等细胞系中敲除效率及蛋白表达变化 药物处理条件:selinexor、顺铂、伊立替康等的浓度、时间及组合方案 体内实验条件:PDX模型中给药剂量、给药方式、肿瘤体积测量时间点 AKT/mTOR通路变化:药物处理前后通路蛋白磷酸化水平及下游效应物变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在多个SCLC细胞系中筛选与顺铂敏感性相关的基因
使用靶向可成药基因组的sgRNA文库,在多个SCLC细胞系中(包括PDX衍生系)进行CRISPR-Cas9筛选,比较顺铂处理和未处理条件下的sgRNA丰度变化,鉴定候选基因。
验证XPO1敲除对SCLC细胞化疗敏感性的影响
通过CRISPR-Cas9在SCLC细胞系和PDX模型中敲除XPO1,进行体外克隆竞争实验和体内克隆竞争实验,评估XPO1敲除对顺铂敏感性的影响。
评估exportin-1抑制剂与化疗药物联用的协同效应
在SCLC细胞系中使用selinexor和KPT-185分别与顺铂或伊立替康联合处理,通过细胞活力检测和HSA方法计算协同分数。
评估selinexor与化疗联合在SCLC PDX模型中的抗肿瘤效果
在多个SCLC PDX模型(包括化疗初治和化疗复发)中,使用selinexor与顺铂或伊立替康联合治疗,监测肿瘤生长和毒性。
探索exportin-1抑制增强化疗敏感性的潜在机制
通过Western blot和RNA-seq分析selinexor处理对DNA损伤修复和AKT/mTOR通路的影响,并使用通路抑制剂(如samotolisib)进行验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| CRISPR筛选 | 嘌呤霉素 | 文中未明确说明 | -- |
| CellTiter-Glo 2.0检测试剂盒 | Promega | G9242 | |
| 克隆竞争实验 | XPO1 sgRNA质粒 | Sigma | HSPD0000044808 |
| 安全对照sgRNA载体 | Sigma | HSCONTROL_AAVS1 | |
| 基因过表达 | XPO1-GFP载体 | OriGene | RC206004L4 |
| 凋亡检测 | APC Annexin V凋亡检测试剂盒(含PI) | Biolegend | 640932 |
| Western blot | 抗γH2AX抗体 | Active Motif | 39117 |
| 抗pATR抗体 | Cell Signaling Technology | 53217 | |
| 抗ATR抗体 | Cell Signaling Technology | 13934 | |
| 抗pATM抗体 | Cell Signaling Technology | 31068 | |
| 抗ATM抗体 | Cell Signaling Technology | 2873 | |
| 抗pChk2抗体 | Cell Signaling Technology | 12298 | |
| 抗Chk2抗体 | Cell Signaling Technology | 2662 | |
| 抗MSH2抗体 | Cell Signaling Technology | 2017 | |
| 抗MLH1抗体 | Cell Signaling Technology | 3515 | |
| 抗XPO1抗体 | Cell Signaling Technology | 46249 | |
| 抗pAKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗pMTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 抗MTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| 抗pPRAS40抗体 | Cell Signaling Technology | 13175 | |
| 抗PRAS40抗体 | Cell Signaling Technology | 2691 | |
| 抗vinculin抗体 | Cell Signaling Technology | 13901 | |
| 抗actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 免疫组织化学 | 抗exportin-1抗体 | BD | 611833 |
| DNA提取 | AllPrep DNA/RNA小型试剂盒 | QIAGEN | 80204 |
| PCR | Phusion高保真PCR预混液 | New England Biolabs | M0531L |
| 动物实验 | Selinexor(塞利尼索) | 文中未明确说明 | -- |
| 顺铂 | 文中未明确说明 | -- | |
| 依托泊苷 | 文中未明确说明 | -- | |
| 伊立替康 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CRISPR筛选 | 细胞系、MOI、puromycin浓度、文库覆盖度、顺铂GI20浓度、筛选时长(约15代) 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9 screens, Results: 第一段 |
| 体外克隆竞争实验 | sgRNA序列、GFP/BFP标记、混合比例、处理条件(顺铂GI20)、时间点 阅读提示:Methods: Clonal competition assays, Figure 1F |
| 体内克隆竞争实验 | PDX模型(Lx33)、Cas9诱导条件(多西环素)、顺铂剂量(2 mg/kg i.p. 每周一次)、肿瘤大小终点(1000 mm3) 阅读提示:Methods: Clonal competition assays in vivo, Figure 1G |
| 药物协同实验 | 细胞系、药物浓度范围、处理时间(5天)、细胞数量(1500细胞/孔)、检测方法 阅读提示:Methods: Synergy assays, Figure 2A, Figure 4A |
| 体内治疗实验 | PDX模型、给药方案(剂量、频率、途径)、肿瘤起始体积(100-150 mm3)、测量频率、终点标准 阅读提示:Methods: In vivo treatments, Figure 3D-E, Figure 4B |
| 机制研究 | 药物浓度(如顺铂0.1 μM、selinexor 0.05 μM)、处理时间(7天)、检测蛋白、RNA-seq分析参数 阅读提示:Methods: Immunoblot, RNAseq alignment and quantification, Figure 5C, Figure S4C-D |