单细胞测序鉴定CD36+ CAFs亚群
探究骨肉瘤免疫治疗反应差异的细胞基础,鉴定与耐药相关的CAF亚群。
对8例接受新辅助化疗联合抗PD-1治疗的患者肿瘤样本进行scRNA-seq,分析细胞组成和CAF亚群。
Targeting OxLDL-mediated CD36 + CAF reprogramming potentiates PD-1 immunotherapy in osteosarcoma
包含scRNA-seq、细胞功能实验、动物模型、组学分析等多层级验证,且明确进行功能验证和机制验证。
K7M2小鼠皮下移植瘤模型 K7M2小鼠胫骨旁原位模型 人骨肉瘤组织样本 原代CAFs和CD8+ T细胞
CD36+ CAFs在非应答者中富集,且OxLDL水平与肿瘤坏死率负相关 CAFs与K7M2细胞以1:3比例共注射建立皮下瘤模型 维生素E(50 mg/kg,每日口服)与抗PD-1(10 mg/kg,腹腔注射)联合治疗 CD36敲低或SSO抑制CD36降低OxLDL摄取 整合素α5β1阻断抗体Volociximab逆转ANGPTL4诱导的CD8+ T细胞功能障碍
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究骨肉瘤免疫治疗反应差异的细胞基础,鉴定与耐药相关的CAF亚群。
对8例接受新辅助化疗联合抗PD-1治疗的患者肿瘤样本进行scRNA-seq,分析细胞组成和CAF亚群。
验证CD36+ CAFs是否通过CD36依赖性机制摄取OxLDL。
分离正常成纤维细胞(NAFs)和CAFs,比较OxLDL和脂肪酸摄取能力,并使用siRNA敲低CD36或使用CD36抑制剂SSO处理。
探究OxLDL刺激后CAFs的分子变化,鉴定关键通路和转录因子。
用OxLDL刺激CAFs后进行RNA-seq,结合单细胞数据鉴定PPARG信号通路。
验证PPARG是否直接调控CD36、FABP4和ANGPTL4的表达。
通过qRT-PCR、Western blot、ChIP-qPCR验证PPARG对靶基因的调控。
验证CAF分泌的ANGPTL4对CD8+ T细胞功能的影响。
用CAF条件培养基或重组ANGPTL4处理CD8+ T细胞,检测PD1、GZMB、TNFα、IFNγ表达及凋亡。
确定ANGPTL4在CD8+ T细胞上的直接受体。
Pull-down和PLA-flow实验验证ANGPTL4与整合素α5β1结合。
评估维生素E(VitE)联合抗PD-1疗法对骨肉瘤动物模型的疗效。
建立K7M2皮下和胫骨旁原位模型,分别给予对照、VitE、抗PD-1或联合治疗,评估肿瘤生长、CD8+ T细胞浸润和耗竭标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织消化 | 胶原酶II | Sigma-Aldrich | -- |
| 胶原酶IV | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- | |
| 红细胞裂解液 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞分选 | 人抗成纤维细胞微珠 | Miltenyi Biotec | 130-050-601 |
| 小鼠肿瘤相关成纤维细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-116-474-1 | |
| CD8+ T细胞分选 | 人CD8+ T细胞分离试剂盒 | RWD | K1203-10 |
| 脂质摄取 | C1-BODIPY 500/510 C12 脂肪酸探针 | Beyotime | C2055 |
| OxLDL摄取 | DiI标记的人高氧化低密度脂蛋白 | yiyuan | YB-0010 |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 探针 | Cayman | 27086 |
| 免疫组织化学 | TSA生物素检测试剂盒 | Perkin-Elmer | NEL700001KT |
| 多重免疫荧光 | PANO TSA Opal多重免疫荧光试剂盒 | Panovue | -- |
| ProLong Diamond抗淬灭封片剂(含DAPI) | Thermo | P36962 | |
| 流式细胞术 | KO525活力染料510 | BD Biosciences | 564406 |
| 抗小鼠CD16/CD32抗体 | BD Biosciences | 553143 | |
| Brilliant染色缓冲液 | BD Biosciences | 566349 | |
| 固定/透化缓冲液 | BD Biosciences | 554714 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| 细胞共培养 | CD3/CD28磁珠 | Proteintech | KMS310-10 |
| pull-down | 膜蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0033 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| His标签蛋白磁珠 | Beyotime | P2226 | |
| PLA-flow | Duolink® flowPLA小鼠/兔入门试剂盒-绿色 | Sigma-Aldrich | DUO94011 |
| RNA干扰 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Thermo | L3000015 |
| ELISA | OxLDL ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0066 |
| 13-HODE ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-60095H2 | |
| ANGPTL4 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE00186 | |
| RNA提取 | SteadyPure RNA提取试剂盒 | AG | AG21024 |
| 逆转录 | Evo M-MLV RT预混液(qPCR用)试剂盒 | AG | AG11706 |
| qPCR | SYBR Green预混液Pro Taq HS qPCR试剂盒Ⅲ | AG | AG11739 |
| ChIP | SimpleChIP®酶法染色质IP试剂盒 | CST | 9003 |
| PPARG抗体 | CST | 2443S | |
| Western blot | RIPA细胞裂解液 | Thermo | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Bimake | B15001 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | ISEQ00010 | |
| GAPDH抗体 | CST | 5174 | |
| 磷酸化JAK2抗体 | Abcam | ab32101-40 | |
| JAK2抗体 | Abcam | ab108596 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Abcam | ab267373 | |
| STAT3抗体 | Abcam | ab68153 | |
| CD36抗体 | Abcam | ab252922 | |
| PPARG抗体 | CST | 2443S | |
| ANGPTL4抗体 | Proteintech | 18374-1-AP | |
| FABP4抗体 | Proteintech | 12802-1-AP | |
| OxLDL抗体 | Cloud-Clone Corp | PAA527Hu08 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | CWBIO | CW0102 | |
| Clarity Luminol Western ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | 12003154 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序样本 | 患者应答状态(TNR>50%为应答者,TNR<50%为非应答者) 阅读提示:Methods: Human OSA samples |
| 动物模型 | 小鼠品系(BALB/c)、年龄(4-6周)、性别(雌性) 阅读提示:Methods: Animal experiments |
| 药物处理 | 抗PD-1剂量(10 mg/kg,腹腔注射,5次);维生素E剂量(50 mg/kg,每日口服) 阅读提示:Methods: Animal experiments |
| 细胞共培养 | CAF条件培养基与T细胞培养基比例(1:1);重组ANGPTL4浓度(10 μg/mL) 阅读提示:Methods: Co-Culture experiment |
| OxLDL摄取实验 | OxLDL浓度(10 μg/mL),孵育时间(30 min) 阅读提示:Methods: Uptake of fatty acids or Lipoproteins |