DRG血管和巨噬细胞的空间定位
确定巨噬细胞与血管的空间关系及DRG血管的动静脉区室化。
免疫染色和iDISCO组织透明化3D成像显示巨噬细胞与内皮细胞紧密接触;通过CD31/ACTA2染色和CLDN5/PLVAP免疫标记区分动脉、毛细血管和静脉。
CD163+ macrophages monitor enhanced permeability at the blood-dorsal root ganglion barrier
结合单细胞测序、流式细胞术、免疫组化、骨髓嵌合及基因敲除小鼠等多层次实验,并包含功能验证(巨噬细胞耗竭)和机制验证(Cav1敲除)。
小鼠DRG Cav1-/-小鼠 骨髓嵌合小鼠 人类DRG组织
CD163+巨噬细胞亚群的鉴定及血管监测功能 DRG血管沿动静脉轴的区室化(CLDN5/PLVAP表达) Cav1介导的胞膜窖转胞吞作用在通透性中的作用 CD163+巨噬细胞耗竭对示踪剂摄取的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定巨噬细胞与血管的空间关系及DRG血管的动静脉区室化。
免疫染色和iDISCO组织透明化3D成像显示巨噬细胞与内皮细胞紧密接触;通过CD31/ACTA2染色和CLDN5/PLVAP免疫标记区分动脉、毛细血管和静脉。
验证DRG巨噬细胞是否吞噬循环中的大分子及通透性差异。
静脉注射荧光标记的BSA、IgG、dextran,分析巨噬细胞和内皮细胞的摄取。
验证胞膜窖转胞吞作用是否参与DRG血管通透性和巨噬细胞监测。
使用Cav1-/-小鼠,注射BSA和IgG,分析巨噬细胞摄取变化。
鉴定DRG巨噬细胞亚群及其转录特征。
对CD45+细胞进行scRNA-seq,并通过多参数流式细胞术验证亚群标记。
确定CD163+和CD163-巨噬细胞的更新来源。
通过骨髓嵌合体(全身或后肢照射)和Cx3cr1CreERT2命运追踪,分析供体来源细胞比例。
评估CD163+巨噬细胞对血管监测的功能必要性。
使用PLX3397或抗CD163抗体耗竭巨噬细胞,分析示踪剂摄取变化。
检测LPS引起的炎症对巨噬细胞血管接触的影响。
腹腔注射LPS,分析血管内皮ICAM1表达和巨噬细胞覆盖。
预测DRG中细胞间的配体-受体相互作用。
使用CellChat分析公开数据集,预测周细胞通过IL34-CSF1R与CD163+巨噬细胞通讯。
验证小鼠发现是否在人类中保守。
使用人类DRG snRNA-seq数据和免疫组化分析巨噬细胞亚群和血管标记。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织透明化 | iDISCO | -- | -- |
| 免疫染色 | 4%甲醛 | -- | -- |
| OCT包埋剂 | -- | -- | |
| ProLong金抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | P36930 | |
| RNAscope | RNAscope多重荧光检测试剂v2 | ACD | 323110 |
| Fcrls探针C2 | ACD | 441231-C2 | |
| Ccr2探针O1 | ACD | 501681 | |
| Cx3cr1探针C4 | ACD | 314221-C4 | |
| Opal染料570 | Akoya | OP-001003 | |
| Opal染料690 | Akoya | OP-001006 | |
| Opal染料520 | Akoya | OP-001001 | |
| 共聚焦成像 | 蔡司LSM800激光扫描共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| STED超分辨成像 | STEDYCON超分辨系统 | Abberior Instruments | -- |
| STED成像 | Huygens软件 | -- | -- |
| 透射电镜 | 日立HT7700透射电子显微镜 | Hitachi High-Technologies | -- |
| Veleta CCD相机 | Olympus Soft Imaging Solutions | -- | |
| 扫描电镜 | Ultra 55场发射扫描电子显微镜 | Zeiss | -- |
| Q150T ES镀膜仪 | Quorum | -- | |
| EM CPD 030临界点干燥仪 | Leica | -- | |
| 透射电镜 | EM UC 7超薄切片机 | Leica | -- |
| LX-112环氧树脂 | Ladd | -- | |
| 巨噬细胞耗竭 | PLX3397 | -- | -- |
| 示踪剂注射 | BSA-A647 | Thermo Fisher Scientific | A34785 |
| 山羊抗兔IgG-A488 | Thermo Fisher Scientific | A11008 | |
| 70 kD葡聚糖-TMR | Thermo Fisher Scientific | D1818 | |
| 3 kD葡聚糖-TMR | Thermo Fisher Scientific | D3308 | |
| 500 kD葡聚糖-FITC | Thermo Fisher Scientific | D7136 | |
| 2,000 kD葡聚糖-FITC | Thermo Fisher Scientific | D7137 | |
| BSA-A488 | Thermo Fisher Scientific | A13100 | |
| 山羊抗人IgG-A647 | Jackson Immuno | 109-605-003 | |
| LPS注射 | 脂多糖 | Condrex | -- |
| 巨噬细胞抗体 | 抗小鼠CD163耗竭抗体 | -- | E10B10 |
| 同型对照 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | Cytek Aurora流式细胞仪 | Cytek | -- |
| LIVE/DEAD紫色死细胞染料 | Thermo Fisher Scientific | L34955 | |
| 抗CD45-PE抗体 | Biolegend | 103105 | |
| scRNA-seq | 10x Genomics Chromium单细胞3' v3 | 10x Genomics | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| 内皮细胞富集 | CD31磁珠 | Miltenyi | 130-097-418 |
| MS分选柱 | Miltenyi | 130-042-201 | |
| RNA提取 | RNeasy微量试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| 逆转录 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708890 |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 4367659 |
| C1000 Touch热循环仪 | Bio-Rad | -- | |
| 流式抗体 | CCR2-BV421抗体 | BD | 747963 |
| Ly6C-BV510抗体 | Biolegend | 128033 | |
| B220-BV605抗体 | Biolegend | 103243 | |
| Ly6G-BV711抗体 | Biolegend | 127643 | |
| CD11c-BV785抗体 | Biolegend | 117336 | |
| CX3CR1-A488抗体 | Biolegend | 149021 | |
| CX3CR1-BV785抗体 | Biolegend | 149029 | |
| CD163-PE抗体 | Thermo Fisher Scientific | 12-1631-80 | |
| CD64-PE/Cy7抗体 | Biolegend | 139313 | |
| MRC1-PCP5.5抗体 | Biolegend | 141716 | |
| CD11b-PEFire640抗体 | Biolegend | 101279 | |
| TCRb-APC抗体 | Biolegend | 109212 | |
| MHCII-A700抗体 | Biolegend | 107622 | |
| XCR1-APC/Cy7抗体 | Biolegend | 148223 | |
| CD45-APC-Fire810抗体 | Biolegend | 103173 | |
| CD45.1-A647抗体 | Biolegend | 110720 | |
| CD45.2-BV785抗体 | Biolegend | 109839 | |
| 骨髓嵌合体 | X-RAD 320辐照仪 | -- | -- |
| 他莫昔芬处理 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 玉米油 | Sigma-Aldrich | C8267 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 示踪剂注射 | 示踪剂类型、剂量、循环时间、注射途径 阅读提示:Materials and methods 的 Tracer injections 及图注 |
| Cav1基因敲除实验 | Cav1-/-小鼠来源、对照小鼠品系、示踪剂剂量和时间 阅读提示:Materials and methods 的 Mice 和 Tracer injections,以及图3E、图S2E |
| 巨噬细胞耗竭 | PLX3397剂量和喂养时间;抗CD163抗体剂量和注射方案 阅读提示:Materials and methods 的 Macrophage depletion using PLX3397 和 CD163+ macrophage depletion |
| 骨髓嵌合体 | 辐照剂量和方式、骨髓细胞数量、供体和受体品系、分析时间点 阅读提示:Materials and methods 的 Whole-body irradiation chimera 和 Hindleg bone marrow chimera |
| 免疫染色 | 固定方法、切片厚度、抗体稀释度、封闭条件 阅读提示:Materials and methods 的 Immunostaining 和表S7 |
| 流式细胞术 | 抗体克隆和荧光标记、死细胞排除、圈门策略 阅读提示:Materials and methods 的 Flow cytometry 和图S3C |
| 单细胞测序 | 细胞消化方案、测序平台、数据过滤参数、聚类分辨率 阅读提示:Materials and methods 的 scRNA-seq |