人类肿瘤样本中AKT通路激活状态评估
确定人类神经节细胞瘤与神经母细胞瘤中AKT通路激活水平的差异。
对11例神经节细胞瘤(含2例神经节神经母细胞瘤)和15例低分化神经母细胞瘤样本进行IHC染色,检测p-AKT(Ser473)、pan-AKT、p-mTOR(Ser2448)、mTOR、p-S6(Ser235/236)和S6的表达。
Ganglioneuromas are driven by activated AKT and can be therapeutically targeted with mTOR inhibitors
包含人类样本IHC分析、转基因斑马鱼模型、细胞功能实验、体内药物处理及转录组学分析等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
人类原代神经节细胞瘤样本 人类原代低分化神经母细胞瘤样本 Tg(dβh:mCherry;dβh:myr-Akt2)转基因斑马鱼 casper斑马鱼胚胎移植受体
人类样本中p-AKT(Ser473)、p-mTOR(Ser2448)、p-S6(Ser235/236)的表达状态 转基因斑马鱼品系(myr-Akt2#1和#2)及对照mCherry品系 斑马鱼肿瘤发生潜伏期和外显率(13-29周,40-50%) mTOR抑制剂处理浓度(sirolimus和everolimus均为1 μM)和处理时间(8小时/天,35天) 肿瘤负担评估方法(mCherry荧光强度)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定人类神经节细胞瘤与神经母细胞瘤中AKT通路激活水平的差异。
对11例神经节细胞瘤(含2例神经节神经母细胞瘤)和15例低分化神经母细胞瘤样本进行IHC染色,检测p-AKT(Ser473)、pan-AKT、p-mTOR(Ser2448)、mTOR、p-S6(Ser235/236)和S6的表达。
验证激活的AKT是否足以驱动神经节细胞瘤的形成。
构建在dβh启动子控制下共表达mCherry和组成性激活的myr-Akt2的转基因斑马鱼品系,观察肿瘤发生、组织学特征和肿瘤外显率,并与MYCN转基因斑马鱼(神经母细胞瘤模型)比较。
确定myr-Akt2驱动的肿瘤中mTOR信号通路是否被激活。
通过IHC检测myr-Akt2肿瘤、MYCN肿瘤和正常IRG中p-mTOR(Ser2448)、p-S6(Ser235/236)和p-EIF4EBP1(Thr37/46)的表达。
探讨激活的AKT对肿瘤发生前交感肾上腺细胞数量和增殖的影响。
在5周龄时,对EGFP、myr-Akt2;EGFP和MYCN;EGFP转基因斑马鱼IRG区域进行免疫染色,计数EGFP+细胞数量,并用EdU标记检测增殖细胞比例。
评估斑马鱼神经节细胞瘤与神经母细胞瘤在基因表达水平上是否与对应人类肿瘤相似。
对FACS分选的斑马鱼神经节细胞瘤和神经母细胞瘤细胞进行RNA-seq,并利用已发表的人类神经节细胞瘤和神经母细胞瘤微阵列数据进行比较分析,包括GSEA和相关分析。
测试mTOR抑制剂是否能够靶向神经节细胞瘤细胞并减小肿瘤负担。
使用胚胎移植实验,将原代斑马鱼神经节细胞瘤细胞移植到casper胚胎心包腔,然后用sirolimus、INK128、MK-2206或DMSO处理,测量mCherry荧光变化。同时,在体外用这些化合物处理原代肿瘤细胞,通过Western blot检测信号通路变化,通过流式细胞术分析细胞周期和凋亡。
在成年斑马鱼模型中验证mTOR抑制剂对原发肿瘤的疗效。
对携带神经节细胞瘤的成年斑马鱼(8-12个月大)用sirolimus(1 μM)或everolimus(1 μM)溶解于鱼水中处理,每天8小时,共35天,比较处理前后mCherry荧光强度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 徕卡Bond III染色平台 | Leica | -- |
| 徕卡生物系统Refine检测试剂盒 | Leica Biosystems | -- | |
| 抗磷酸化AKT(Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗总AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化mTOR(Ser2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 2976 | |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| 抗磷酸化S6核糖体蛋白(Ser235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 4858 | |
| 抗S6核糖体蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2317 | |
| 抗酪氨酸羟化酶(TH)抗体 | Pel-Freez | P40101 | |
| 抗HuC抗体 | Life Technologies | A-21271 | |
| 抗突触素抗体 | Millipore | MAB5258 | |
| 抗磷酸化EIF4EBP1(Thr37/46)抗体 | Cell Signaling Technology | 2855 | |
| 免疫荧光 | 徕卡SP5X扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| DAPI | Life Technologies | S36973 | |
| 细胞培养 | Leibovitz's L-15培养基 | GIBCO | 31415029 |
| 细胞处理 | 西罗莫司 | -- | -- |
| 依维莫司 | -- | -- | |
| INK128 | -- | -- | |
| MK-2206 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜(DMSO) | -- | -- | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒(荧光素) | Roche | 11684795910 |
| EdU标记 | Click-iT Alexa Fluor 647成像试剂盒 | Life Technologies | C10340 |
| 细胞培养 | 20微米细胞过滤器 | Thermo Fisher Scientific | NC9699018 |
| 切片 | CLIP CRNR EXCELL载玻片 | Thermo Fisher Scientific | 22-037-247 |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Thermo Fisher Scientific | PI88518 |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | Pierce | PI34080 | |
| SuperSignal West Dura延长底物 | Pierce | 34075 | |
| 抗磷酸化S6核糖体蛋白(Ser235/236)抗体 | Cell Signaling Technology | 2211 | |
| 抗EIF4EBP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9644 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma | T6074 | |
| 测序 | Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类样本IHC分析 | 样本数量、样本类型(神经节细胞瘤、神经节神经母细胞瘤、低分化神经母细胞瘤)、抗体克隆号及稀释度、IHC染色平台和检测试剂盒、评分标准(阳性阈值)、统计方法(双侧Fisher精确检验)。 阅读提示:Materials and methods - Patient samples and IHC analysis |
| 转基因斑马鱼模型 | 转基因品系(myr-Akt2#1和#2)、对照品系(mCherry)、启动子(dβh)、注射DNA浓度、建立品系的策略(coinjection)、基因分型引物、肿瘤观察时间(7周起)、肿瘤诊断标准(H&E)、统计方法(Kaplan-Meier, log-rank test)。 阅读提示:Materials and methods - Fish lines and maintenance, Tumor watch |
| mTOR信号通路激活评估 | 抗体类型及稀释度(p-mTOR Ser2448, p-S6 Ser235/236, p-EIF4EBP1 Thr37/46)、染色平台、样本类型(正常IRG, myr-Akt2肿瘤, MYCN肿瘤)、结果判读标准。 阅读提示:Materials and methods - Zebrafish paraffin sectioning, H&E staining, and IHC |
| 交感肾上腺细胞增生和增殖分析 | 转基因背景(EGFP)、分析时间点(5周)、EdU剂量、注射体积、脉冲时间、切片厚度、细胞计数方法、统计方法(双尾Wilcoxon秩和检验)。 阅读提示:Materials and methods - EdU pulse labeling, cryosectioning, paraffin sectioning, and immunostaining, Quantification and statistical analyses |
| 胚胎移植实验 | 供体细胞分离方法、细胞悬液密度、移植细胞数量(100-120)、受体品系(casper)、移植时间(2 dpf)、药物处理浓度和时间(3-7 dpf)、mCherry荧光测量方法、统计方法(双尾Wilcoxon秩和检验)。 阅读提示:Materials and methods - Embryonic transplantation assay |
| 体内药物处理(成年鱼) | 药物种类(sirolimus, everolimus)、药物浓度(1 μM)、溶剂(DMSO)、处理时间(8小时/天,35天)、鱼水体积(300 ml)、营养来源(活轮虫)、肿瘤负担测量方法(mCherry荧光)、统计方法(双尾Wilcoxon秩和检验)。 阅读提示:Materials and methods - Compound treatment of adult ganglioneuroma-bearing fish |