基因突变鉴定
确定家族性无脑畸形的遗传病因
对近亲家系三人进行外显子组测序和Sanger验证,发现NUAK2基因纯合框内缺失c.412_433delinsG,与疾病共分离。
A loss-of-function NUAK2 mutation in humans causes anencephaly due to impaired Hippo-YAP signaling
包含体外激酶活性实验、患者来源iPSC-NPC及类器官模型、免疫荧光与生化分析等多个独立证据层级,并进行功能验证(细胞聚集实验、药物处理)和机制验证(Hippo-YAP通路)。
患者来源神经祖细胞(NPC) 患者来源大脑类器官(CO) HEK293T细胞(基因过表达)
NUAK2突变纯合性:c.412_433delinsG(p.Y138_Q145delinsE) 患者与对照NPC克隆数量及来源(两株患者、两株对照) CO培养时间:20天 细胞聚集实验中药物处理浓度:BLEB 50 μM、ROCK-I 10 μM、cytochalasin D 0.1 μM 患者与对照iPSC来源的一致性(性别、种族匹配)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定家族性无脑畸形的遗传病因
对近亲家系三人进行外显子组测序和Sanger验证,发现NUAK2基因纯合框内缺失c.412_433delinsG,与疾病共分离。
验证突变对NUAK2激酶活性的影响
在HEK293T细胞中过表达野生型或突变型NUAK2,通过Western blot和放射性激酶实验检测自身磷酸化和底物磷酸化。
评估突变对神经祖细胞功能的影响
从患者皮肤成纤维细胞重编程为iPSC,再分化为NPC,检测Hippo通路成分、YAP定位、细胞增殖和肌动蛋白网络。
检验肌动蛋白异常对细胞运动和组织的影响
将NPC接种于低附着U型底板形成神经球,观察聚集过程并用药物处理(BLEB、ROCK-I、cytochalasin D)探究肌动蛋白的作用。
在三维环境中模拟神经管发育缺陷
将患者和对照iPSC生成大脑类器官,培养20天后切片染色,分析神经管样结构的组织形态、核分布、骨架蛋白和YAP定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | jetPEI转染试剂 | Polyplus | -- |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | -- | -- |
| Odyssey封闭液 | LI-COR Biosciences | -- | |
| G-肌动蛋白/F-肌动蛋白分离 | G-肌动蛋白/F-肌动蛋白体内检测试剂盒 | Cytoskeleton | BK037 |
| 细胞分级分离 | 细胞分级分离试剂盒 | Abcam | ab109719 |
| 蛋白质印迹 | Criterion TGX无染色凝胶 | Bio-Rad | -- |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | 354234 |
| 细胞培养 | mTeSR1培养基 | Stem Cell Technologies | 85850 |
| iPSC重编程 | CytoTune-iPS 2.0仙台病毒重编程试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A16517 |
| 神经分化 | B-27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 |
| N-2添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17505048 | |
| LDN 193189 | Stem Cell Technologies | 72148 | |
| SB431542 | Stem Cell Technologies | 72234 | |
| ROCK-I(Y-27632) | Stem Cell Technologies | 72304 | |
| 免疫荧光 | DAPI | Invitrogen | -- |
| Alexa Fluor 488标记鬼笔环肽 | Thermo Fisher Scientific | A12379 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Life Technologies | -- | |
| 柠檬酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich | C9999 | |
| 类器官培养 | 肝素 | -- | -- |
| 胰岛素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Plus RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | iScript反转录试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| SYBR Green预混液 | Roche | -- | |
| 抗体 | NUAK1抗体 | Abgent | AF2736a |
| ARK5/NUAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 4458 | |
| NUAK2抗体 | Abgent | AP7158a | |
| LATS1抗体 | Bethyl | A300-477A | |
| LATS2抗体 | Abnova | MAB0019 | |
| YAP抗体 | Cell Signaling Technology | 14074 | |
| YAP抗体 | Santa Cruz | sc-101199 | |
| 磷酸化YAP (S127)抗体 | Cell Signaling Technology | 13008S | |
| TAZ (V386)抗体 | Cell Signaling Technology | 4883 | |
| 磷酸化MLC2 (Ser19)抗体 | Cell Signaling Technology | 3675 | |
| 磷酸化MLC2 (Thr18/Ser19)抗体 | Cell Signaling Technology | 3674S | |
| 多聚谷氨酰化微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T9822 | |
| 乙酰化微管蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | T6793 | |
| γ-微管蛋白抗体 | Abcam | ab11316 | |
| 中心体周蛋白抗体 | Abcam | ab4448 | |
| 剪切型Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664L | |
| 磷酸化组蛋白H3 (Ser10)抗体 | Merck Millipore | 06-570 | |
| 肌动蛋白抗体 | Merck Millipore | Mab1501R | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-47724 | |
| Lamin A/C抗体 | Merck Millipore | MAB3211 | |
| AK2抗体 | Proteintech | 11014-1-AP | |
| β-连环蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | C2206 | |
| HA标签抗体 | BAbCo | 12CA5 | |
| Flag标签抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 磷酸化AMPK (T172)抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因突变鉴定 | NUAK2基因纯合缺失/插入突变 c.412_433delinsG(Chr1: 205,277,780) 阅读提示:Materials and methods - Genetics, Figure 1C |
| 激酶活性实验 | HEK293T细胞过表达NUAK2WT和NUAK2MUT,转染试剂jetPEI,检测磷酸化(pAMPK抗体、[32P]ATP) 阅读提示:Materials and methods - Plasmid constructs, Threonine phosphorylation assays, Catalytic activity assays, Figure 1E-H |
| 细胞模型建立 | 患者成纤维细胞重编程为iPSC,再分化为NPC;对照和患者克隆数量(各2个) 阅读提示:Materials and methods - Culture of human cells, Figure 2A |
| 细胞功能分析 | NPC聚集实验:约80,000细胞/孔,低附着U型板;药物处理浓度(BLEB 50μM, ROCK-I 10μM, cytochalasin D 0.1μM) 阅读提示:Materials and methods - Cell aggregation assay, Figure 3C-E |
| 类器官实验 | iPSC起始数量:5,000细胞/孔;培养时间:20天;固定和切片条件 阅读提示:Materials and methods - CO generation, Figure 4A |