同时抑制Sirtuin 3和胆固醇稳态通过干扰脂肪酸β-氧化并诱导脂毒性靶向急性髓系白血病干细胞

Simultaneous inhibition of Sirtuin 3 and cholesterol homeostasis targets acute myeloid leukemia stem cells by perturbing fatty acid β-oxidation and inducing lipotoxicity

作者信息Cristiana O'Brien, Tianyi Ling, Jacob M Berman, Rachel Culp-Hill, Julie A Reisz, Vincent Rondeau, Soheil Jahangiri, Jonathan St-Germain, Vinitha Macwan, Audrey Astori, Andy Zeng, Jun Young Hong, Meng Li, Min Yang, Sadhan Jana, Fabia Gamboni, Emily Tsao, Weiyi Liu, John E Dick, Hening Lin, Ari Melnick, Anastasia Tikhonova, Andrea Arruda, Mark D Minden, Brian Raught, Angelo D'Alessandro, Courtney L Jones
PMID37021547
发布时间2023-09-01
DOI10.3324/haematol.2022.281894

实验完整度

包含siRNA敲低、药理学抑制、异种移植模型、多组学分析及功能验证等多种独立实验验证。

主要模型

人原代AML标本(富含LSC和原始细胞群) AML细胞系(Molm13、MV4;11、OCI-AML-3、TEX) NSG-SGM3异种移植小鼠模型 正常人造血干细胞和祖细胞(脐带血CD34+、正常骨髓)

重点核对

SIRT3基因敲低和药物抑制对LSC和正常HSPC的差异化影响 SIRT3抑制后OXPHOS及ATP水平的变化 脂肪酸积累及胆固醇酯化在LSC保护中的作用 SIRT3抑制与venetoclax联合的协同效应

摘要

急性髓系白血病(AML)患者的预后仍然较差,因为目前的治疗方案无法完全根除引发疾病的白血病干细胞(LSC)。既往研究表明,氧化磷酸化(OXPHOS)是LSC中必不可少且可靶向的过程。Sirtuin 3(SIRT3)是一种线粒体去乙酰化酶,在代谢调节中具有多方面作用,已被证明在癌症模型中调节OXPHOS;然而,尚未在LSC中研究其作用。因此,我们试图确定SIRT3是否对LSC功能至关重要。通过RNAi和SIRT3抑制剂(YC8-02),我们证明SIRT3是原代人LSC存活的关键靶点,但对正常人造血干细胞和祖细胞功能不是必需的。为了阐明SIRT3在LSC中至关重要的分子机制,我们结合了转录组学、蛋白质组学和脂质组学方法,表明SIRT3通过调节脂肪酸氧化(FAO)对LSC功能至关重要,而FAO是支持人LSC中OXPHOS和ATP产生所必需的。此外,我们发现了两种进一步使LSC对SIRT3抑制敏感的方法。首先,我们发现LSC通过上调胆固醇酯化来耐受SIRT3抑制诱导的脂肪酸积累的毒性作用。破坏胆固醇稳态使LSC对YC8-02敏感,并增强LSC死亡。其次,SIRT3抑制使LSC对BCL-2抑制剂venetoclax敏感。总之,这些发现确定SIRT3是脂质代谢的调节因子,也是原始AML细胞中潜在的治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
SIRT3是否在白血病干细胞(LSC)功能中发挥重要作用,以及其作用机制如何?
核心机制
SIRT3通过调控脂肪酸氧化(FAO)支持OXPHOS和ATP产生,维持LSC存活;抑制SIRT3导致脂肪酸积累和脂毒性,而LSC通过上调胆固醇酯化逃避脂毒性;同时抑制SIRT3和胆固醇稳态可增强LSC死亡。
主要证据
利用RNAi和SIRT3抑制剂YC8-02证明SIRT3对原代人LSC的存活和集落形成至关重要,但对正常HSPC影响较小;通过转录组、蛋白质组和脂质组学揭示SIRT3调控FAO和OXPHOS;功能实验显示SIRT3抑制降低OXPHOS和ATP,并增加脂肪酸水平;联合胆固醇稳态抑制剂或venetoclax增强LSC杀伤。
研究意义
SIRT3是LSC代谢脆弱性的关键调节因子,为AML治疗提供新靶点,并支持SIRT3抑制与venetoclax联合的潜在治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

基因筛选与验证SIRT3在AML中的作用

评估SIRT3对AML细胞存活和集落形成的影响,并比较对正常HSPC的作用。

使用siRNA敲低原始AML标本中的各种sirtuins,检测细胞活力和集落形成;随后在额外标本和细胞系中验证SIRT3敲低效果,并测试SIRT3抑制剂YC8-02的影响。

2

机制解析:多组学分析

确定SIRT3在LSC中调控的关键代谢通路。

利用转录组学(RNA-seq)、蛋白质组学(BioID)和脂质组学(质谱)分析SIRT3网络及其在LSC中的表达和功能。

3

功能验证:OXPHOS和能量代谢

验证SIRT3对OXPHOS和ATP产生的影响。

使用Seahorse分析测量OCR,检测ATP水平,并评估SIRT3抑制或敲低对LSC和正常细胞的影响。

4

脂肪酸氧化追踪

确证SIRT3抑制降低FAO并导致脂质积累。

使用稳定同位素标记的棕榈酸进行示踪实验,检测TCA循环中间体;在体外和原代标本中验证。

5

脂毒性保护机制

解析LSC对脂质积累的保护机制。

用亚油酸处理细胞模拟脂毒性,检测胆固醇和胆固醇酯水平,并用SREBP抑制剂dipyridamole靶向胆固醇稳态。

6

联合治疗策略

评估SIRT3抑制与venetoclax联合的效应。

用YC8-02和/或venetoclax处理原代AML标本,检测集落形成和移植能力。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
X-Vivo10培养基Lonza04-380Q
BITStemCell09500
BODIPY 581/591 C11----
YC8-02----
双嘧达莫Selleck ChemicalsS1895-10 mM/1 mL
二甲基-2-酮戊二酸Sigma-Aldrich349631-5G
亚油酸Sigma-AldrichL8134
棕榈酸 13C16Sigma-Aldrich605573
棕榈酸 16-13CSigma-Aldrich605646
维奈克拉CedarlaneHY-15531-500 mg
CD34微珠磁分离试剂盒Miltenyi Biotec130-046-702
RNeasy micro试剂盒Qiagen74004
Illumina Novaseq 6000Illumina--
预制胶Bio-Rad--
PVDF膜Bio-Rad--
抗FLAG抗体Sigma-Aldrich8146S
GAPDH抗体SantaCruzsc-32233
SIRT3抗体Cell Signaling5490S
二抗IRDye 680RDLI-COR Biosciences--
Odyssey DLx系统LI-COR Biosciences--
iScript cDNA合成试剂盒Bio-Rad1708891
Itaq通用SYBRBioRad1725122
ATP定量试剂盒Roche11699709001

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
基因敲低
siRNA序列、转染方法(电穿孔)、细胞数量、敲低效率验证
阅读提示:Methods中的siRNA transfection部分及图例
药物处理
YC8-02浓度、处理时间、对照(vehicle)
阅读提示:Methods中的Inhibitors/chemicals及图例
异种移植
NSG-SGM3小鼠品系、移植细胞数量、预处理时间、评估时间点
阅读提示:Methods中的Animal studies及图例
代谢检测
Seahorse分析参数、ATP检测试剂盒、脂肪酸示踪中13C16-棕榈酸浓度和处理时间
阅读提示:Methods中的Enzyme activity and ATP quantification, 以及图例
脂质检测
质谱脂质组学方法、样品处理、脂肪酸和胆固醇酯检测条件
阅读提示:Methods中的Other methods部分及补充方法