基因筛选与验证SIRT3在AML中的作用
评估SIRT3对AML细胞存活和集落形成的影响,并比较对正常HSPC的作用。
使用siRNA敲低原始AML标本中的各种sirtuins,检测细胞活力和集落形成;随后在额外标本和细胞系中验证SIRT3敲低效果,并测试SIRT3抑制剂YC8-02的影响。
Simultaneous inhibition of Sirtuin 3 and cholesterol homeostasis targets acute myeloid leukemia stem cells by perturbing fatty acid β-oxidation and inducing lipotoxicity
包含siRNA敲低、药理学抑制、异种移植模型、多组学分析及功能验证等多种独立实验验证。
人原代AML标本(富含LSC和原始细胞群) AML细胞系(Molm13、MV4;11、OCI-AML-3、TEX) NSG-SGM3异种移植小鼠模型 正常人造血干细胞和祖细胞(脐带血CD34+、正常骨髓)
SIRT3基因敲低和药物抑制对LSC和正常HSPC的差异化影响 SIRT3抑制后OXPHOS及ATP水平的变化 脂肪酸积累及胆固醇酯化在LSC保护中的作用 SIRT3抑制与venetoclax联合的协同效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SIRT3对AML细胞存活和集落形成的影响,并比较对正常HSPC的作用。
使用siRNA敲低原始AML标本中的各种sirtuins,检测细胞活力和集落形成;随后在额外标本和细胞系中验证SIRT3敲低效果,并测试SIRT3抑制剂YC8-02的影响。
确定SIRT3在LSC中调控的关键代谢通路。
利用转录组学(RNA-seq)、蛋白质组学(BioID)和脂质组学(质谱)分析SIRT3网络及其在LSC中的表达和功能。
验证SIRT3对OXPHOS和ATP产生的影响。
使用Seahorse分析测量OCR,检测ATP水平,并评估SIRT3抑制或敲低对LSC和正常细胞的影响。
确证SIRT3抑制降低FAO并导致脂质积累。
使用稳定同位素标记的棕榈酸进行示踪实验,检测TCA循环中间体;在体外和原代标本中验证。
解析LSC对脂质积累的保护机制。
用亚油酸处理细胞模拟脂毒性,检测胆固醇和胆固醇酯水平,并用SREBP抑制剂dipyridamole靶向胆固醇稳态。
评估SIRT3抑制与venetoclax联合的效应。
用YC8-02和/或venetoclax处理原代AML标本,检测集落形成和移植能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | X-Vivo10培养基 | Lonza | 04-380Q |
| BIT | StemCell | 09500 | |
| 脂质氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 | -- | -- |
| 药物处理 | YC8-02 | -- | -- |
| 双嘧达莫 | Selleck Chemicals | S1895-10 mM/1 mL | |
| 代谢物补充 | 二甲基-2-酮戊二酸 | Sigma-Aldrich | 349631-5G |
| 脂质处理 | 亚油酸 | Sigma-Aldrich | L8134 |
| 稳定同位素示踪 | 棕榈酸 13C16 | Sigma-Aldrich | 605573 |
| 棕榈酸 16-13C | Sigma-Aldrich | 605646 | |
| 药物处理 | 维奈克拉 | Cedarlane | HY-15531-500 mg |
| CD34富集 | CD34微珠磁分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-046-702 |
| RNA提取 | RNeasy micro试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| RNA测序 | Illumina Novaseq 6000 | Illumina | -- |
| 免疫印迹 | 预制胶 | Bio-Rad | -- |
| PVDF膜 | Bio-Rad | -- | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | 8146S | |
| GAPDH抗体 | SantaCruz | sc-32233 | |
| SIRT3抗体 | Cell Signaling | 5490S | |
| 二抗IRDye 680RD | LI-COR Biosciences | -- | |
| Odyssey DLx系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| RT-qPCR | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 |
| Itaq通用SYBR | BioRad | 1725122 | |
| ATP检测 | ATP定量试剂盒 | Roche | 11699709001 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因敲低 | siRNA序列、转染方法(电穿孔)、细胞数量、敲低效率验证 阅读提示:Methods中的siRNA transfection部分及图例 |
| 药物处理 | YC8-02浓度、处理时间、对照(vehicle) 阅读提示:Methods中的Inhibitors/chemicals及图例 |
| 异种移植 | NSG-SGM3小鼠品系、移植细胞数量、预处理时间、评估时间点 阅读提示:Methods中的Animal studies及图例 |
| 代谢检测 | Seahorse分析参数、ATP检测试剂盒、脂肪酸示踪中13C16-棕榈酸浓度和处理时间 阅读提示:Methods中的Enzyme activity and ATP quantification, 以及图例 |
| 脂质检测 | 质谱脂质组学方法、样品处理、脂肪酸和胆固醇酯检测条件 阅读提示:Methods中的Other methods部分及补充方法 |