FNDC4表达与临床相关性分析
确定FNDC4在PDAC中的表达水平及其与患者预后的关联
利用公共数据库(TCGA、GEO)和临床样本组织芯片,通过qRT-PCR、Western blot和IHC检测FNDC4在正常胰腺、原发肿瘤和转移灶中的表达,并进行生存分析。
FNDC4 Drives Metastasis and Immune Evasion in Pancreatic Cancer
包含体外细胞功能实验、机制验证、体内异种移植和免疫健全模型,以及转录组和临床样本分析等多个独立证据层级
原代人PDAC细胞及其CTC衍生模型 鼠源KPC PDAC细胞(CHX2000) 免疫健全C57BL6/J小鼠原位和皮下PDAC模型 BALB/c裸鼠异种移植模型
FNDC4在人PDAC组织和细胞中的表达水平及与预后的相关性 FNDC4敲低或过表达对体外增殖、迁移、侵袭和集落形成的影响 FNDC4对CCAR1蛋白稳定性及β-catenin信号通路的影响 FNDC4对巨噬细胞极化和T细胞浸润的影响 FNDC4抑制与CAR-T或吉西他滨联用的抗肿瘤效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定FNDC4在PDAC中的表达水平及其与患者预后的关联
利用公共数据库(TCGA、GEO)和临床样本组织芯片,通过qRT-PCR、Western blot和IHC检测FNDC4在正常胰腺、原发肿瘤和转移灶中的表达,并进行生存分析。
验证FNDC4对PDAC细胞增殖、迁移和侵袭的影响
在多种原代人PDAC细胞中敲低或过表达FNDC4,进行CCK-8、集落形成、Transwell迁移和侵袭实验、球体形成和侵袭实验。
评估FNDC4对肿瘤生长和转移的影响
在BALB/c裸鼠和C57BL6/J小鼠中建立皮下、原位和转移模型,敲低或过表达FNDC4,测量肿瘤大小和转移灶数目。
探究FNDC4促进侵袭的分子机制
通过免疫沉淀结合质谱鉴定FNDC4相互作用蛋白,聚焦CCAR1。利用Western blot、亚细胞分级、免疫荧光、蛋白质合成抑制和蛋白酶体抑制实验,验证FNDC4对CCAR1稳定性及β-catenin信号的影响。
鉴定调控FNDC4表达的转录因子
通过多组RNA-seq数据整合分析、ChIP-qPCR和功能实验,筛选并验证BHLHE40直接结合FNDC4启动子并激活其转录。
评估FNDC4在免疫调节中的作用
在免疫健全小鼠模型中敲低Fndc4,通过流式细胞术和IHC分析肿瘤内免疫细胞亚群;在体外共培养模型中检测巨噬细胞极化和吞噬功能。同时通过RNA-seq和ELISA鉴定CCL5为关键效应分子,并通过体内共沉默实验验证FNDC4-CCL5-CCR5轴。
评估FNDC4抑制与CAR-T或化疗联合的疗效
在免疫健全小鼠模型中,将siFndc4与CLDN18.2 CAR-T细胞或吉西他滨联合应用,测量肿瘤生长和体重,并分析免疫组化指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | 10270106 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | 15140122 | |
| 细胞功能 | 结晶紫 | Sigma-Aldrich | C6158 |
| 生长因子减少型Matrigel | Corning | 354230 | |
| I型胶原 | Corning | 354236 | |
| B-27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| SurePAGE Bis-Tris蛋白预制胶 | GenScript | M00655 | |
| PVDF膜 | Sigma-Aldrich | ISEQ00010 | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| qRT-PCR | SteadyPure快速RNA提取试剂盒 | Agbio | AG21023 |
| PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara Bio | RR047A | |
| SuperReal预混液(SYBR Green) | TIANGEN | FP205 | |
| 体内实验 | Entranster体内转染试剂 | Engreen | 18668111 |
| 巨噬细胞分化 | 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 30025100 |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 10018C | |
| ELISA | FNDC4 ELISA试剂盒 | AdipoGen | AG-45B-0028-KI01 |
| CCL5 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0009 | |
| RNAscope | RNAscope多重荧光试剂盒 | Bio-Techne | 323100 |
| Opal 620荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1495001KT | |
| 免疫荧光 | Fluoroshield封片剂 | Abcam | Ab104135 |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| T细胞分离 | EasySep小鼠T细胞分选试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19851 |
| T细胞激活 | Dynabeads小鼠T细胞激活磁珠CD3/CD28 | Thermo Fisher Scientific | 11456D |
| CAR-T细胞 | RetroNectin重组人纤维连接蛋白片段 | Clontech | T100B |
| 白介素-2 | R&D | 202-IL-050 | |
| 白介素-7 | Miltenyi Biotec | 130-095-361 | |
| 白介素-15 | Miltenyi Biotec | 130-095-762 | |
| FLAG抗体 | BioLegend | 637309 | |
| 免疫组化 | FNDC4抗体 | ABclonal | A17758 |
| SABC-HRP试剂盒 | Beyotime | P0615 | |
| 染色质免疫沉淀 | SimpleChIP Plus酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| BHLHE40抗体 | Cell Signaling Technology | 45723 | |
| PPARγ抗体 | Cell Signaling Technology | 2435 | |
| KLF6抗体 | Merck | SAB2108745 | |
| IgG抗体 | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺转染试剂 | Polysciences | 23966-1 |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| 流式细胞术 | TrypLE消化液 | Thermo Fisher Scientific | 12604013 |
| Fc受体阻断剂 | Miltenyi Biotec | 130-092-575 | |
| DAPI染色液 | ServiceBio | G1012-10ML | |
| 吞噬实验 | PKH26红色荧光染料 | MaokangBio | MX4021 |
| PKH67绿色荧光染料 | MaokangBio | MX4023 | |
| 巨噬细胞诱导 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Beyotime | S1819 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| FNDC4表达检测 | 组织来源(TCGA、GEO、Ruijin队列)、FNDC4抗体信息、IHC评分标准 阅读提示:Results部分Figure 1及Materials and Methods中的IHC |
| 体外功能实验 | 细胞系(SiC002、SiC005等)、shRNA/siRNA序列、转染试剂和浓度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods中的细胞培养、转染、功能实验 |
| 体内实验 | 小鼠品系和周龄、细胞注射数量和途径、观察时间 阅读提示:Materials and Methods中的动物模型部分 |
| 机制研究 | 免疫沉淀抗体、质谱条件、亚细胞分级方法、放线菌酮和MG132浓度及时间 阅读提示:Materials and Methods中的细胞分级、免疫沉淀、Western blot |
| 免疫微环境分析 | 流式抗体panel、巨噬细胞极化分析方法、T细胞浸润检测 阅读提示:Materials and Methods中的流式细胞术和Figure 6 |