临床样本与蛋白质组学分析
鉴定NSCLC肿瘤组织中差异表达的蛋白质和琥珀酰化修饰位点,并探究GAPDH K251-Su与吸烟及预后的关系。
收集NSCLC患者肿瘤及癌旁组织(n=14)进行质谱分析,鉴定GAPDH琥珀酰化位点。通过IHC在90例肺鳞癌和92例肺腺癌组织芯片中检测GAPDH K251-Su表达,并分析其与临床病理参数及吸烟状态的相关性。
Tobacco Smoking Rewires Cell Metabolism by Inducing GAPDH Succinylation to Promote Lung Cancer Progression
包含临床样本蛋白质组学、细胞系功能实验、转基因小鼠模型及代谢组学等多层次验证,涵盖机制研究(p300催化、TRIM4泛素化)与体内肿瘤生长转移评估。
A549 人肺腺癌细胞系 NCI-H2170 人肺鳞状细胞癌细胞系 KrasG12D驱动的NSCLC小鼠模型 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
吸烟状态与GAPDH K251-Su水平相关性(IHC,吸烟者高于非吸烟者) CSE处理浓度(缺氧/营养缺乏条件下0%-15%) 谷氨酰胺浓度(0.5和6 mmol/L)及处理时间(24小时) p300抑制剂A485浓度(2 μmol/L)及处理时间(24小时) 小鼠模型中AAV6-Cre及AAV6-Gapdh WT/K251R滴度及注射时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定NSCLC肿瘤组织中差异表达的蛋白质和琥珀酰化修饰位点,并探究GAPDH K251-Su与吸烟及预后的关系。
收集NSCLC患者肿瘤及癌旁组织(n=14)进行质谱分析,鉴定GAPDH琥珀酰化位点。通过IHC在90例肺鳞癌和92例肺腺癌组织芯片中检测GAPDH K251-Su表达,并分析其与临床病理参数及吸烟状态的相关性。
验证香烟烟雾提取物(CSE)对谷氨酰胺摄取和GAPDH K251-Su水平的影响。
使用不同浓度CSE处理A549细胞,在缺氧/营养缺乏或常氧/营养充足条件下检测GAPDH K251-Su水平;用谷氨酰胺比色法测定细胞内谷氨酰胺浓度;去除或添加不同氨基酸检测对GAPDH K251-Su的影响。
探究GAPDH K251-Su如何影响GAPDH蛋白稳定性及其分子机制。
构建GAPDH WT和K251R/E突变体,检测蛋白表达和泛素化水平;使用MG132和放线菌酮处理检测蛋白降解速率;通过质谱鉴定K254泛素化位点;通过co-IP验证GAPDH与E3连接酶TRIM4的相互作用。
确定催化GAPDH K251琥珀酰化的酶。
通过siRNA敲低GCN5、CPT1A、DLST、p300/CBP,检测GAPDH K251-Su水平;通过免疫荧光和共免疫沉淀验证GAPDH与p300的共定位和相互作用;使用p300抑制剂A485验证其对GAPDH K251-Su的影响。
评估GAPDH K251-Su对糖酵解和谷氨酰胺代谢的影响。
使用Seahorse分析仪测量OCR和ECAR,进行糖酵解应激测试、线粒体应激测试、谷氨酰胺氧化应激测试和ATP产生速率测试;使用U-13C5标记谷氨酰胺进行代谢流追踪。
验证GAPDH K251-Su对NSCLC肿瘤生长和转移的影响。
建立KrasG12D驱动的NSCLC小鼠模型(AAV6-Cre和AAV6-Gapdh WT/K251R),通过micro-CT和PET-CT成像监测肿瘤进展;解剖评估肿瘤负荷和转移;通过皮下移植瘤模型验证体内生长能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 青霉素/链霉素 | 文中未明确说明 | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Sangon Biotech | A100374 | |
| 药物处理 | A485 | MedChemExpress | HY-107455 |
| 蛋白稳定性检测 | MG132 | Cayman Chemical | 13697 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013 |
| 去乙酰化酶抑制 | 去乙酰化酶抑制剂混合物 | Beyotime Biotechnology | P1113 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 细胞培养 | L-谷氨酸 | Sangon Biotech | A600221 |
| L-蛋氨酸 | Sangon Biotech | A610346 | |
| L-脯氨酸 | Sangon Biotech | A600923 | |
| L-缬氨酸 | Sangon Biotech | A600172 | |
| L-亮氨酸 | Sangon Biotech | A600922 | |
| L-异亮氨酸 | Sangon Biotech | A600914 | |
| 谷氨酰胺检测 | 谷氨酰胺比色检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-BC-K853-M |
| 代谢物检测 | 人琥珀酰辅酶A ELISA检测试剂盒 | MLBio Biotechnology | ML716772-2 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | EnoGene | E1CK-00208 |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Omega Bio-tek | D6934-01 |
| 反转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| 实时荧光定量PCR | TB Green荧光染料 | Takara | RR8820 |
| PCR支原体检测 | PCR支原体检测试剂盒 | Takara | 6601 |
| 免疫沉淀 | Pierce交联免疫沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26147 |
| 免疫共沉淀 | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26149 |
| 抗体 | 抗琥珀酰赖氨酸抗体 | PTM BIO | PTM-419 |
| 抗GAPDH K251-Su抗体 | PTM BIO | 本文定制 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗Flag标签抗体 | Proteintech | 66008-3-Ig | |
| 抗His标签抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| 抗微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| 抗TRIM4抗体 | Sino Biological | 204421-T44 | |
| 抗TRIM21抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-25351 | |
| 抗TRIM23抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393923 | |
| 抗CBP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7300 | |
| 抗p300抗体 | Abcam | ab275378 | |
| 抗DLST抗体 | Abcam | ab177934 | |
| 抗CPT1A抗体 | Abcam | ab220789 | |
| 抗GCN5抗体 | Abcam | ab217876 | |
| 二抗 | 山羊抗小鼠IgG二抗,HRP标记 | Thermo Fisher Scientific | 31430 |
| 山羊抗兔IgG二抗,HRP标记 | Thermo Fisher Scientific | 31460 | |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| 抗CD31抗体 | Abcam | ab28364 | |
| 抗eGFP抗体 | Thermo Fisher Scientific | CAB4211 | |
| 通用SP检测试剂盒 | ZSGB-BIO | SP-9000 | |
| DAB显色液 | ZSGB-BIO | ZLI-9019 | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC/Xevo TQ-XS 超高效液相色谱-三重四极杆质谱仪 | Waters Corporation | RRID: |
| BEH C18分析柱 | Waters | -- | |
| UPLC HILIC色谱柱(Amide XBridge) | Waters | -- | |
| 蛋白质谱 | EASY-nLC 1000 超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Q Exactive Plus 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | RRID: | |
| LTQ质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | RRID: | |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- |
| Gel Doc EZ 凝胶成像仪 | Bio-Rad | -- | |
| 实时荧光定量PCR | ABI 7200实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- |
| MiniOpticon实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Seahorse实验 | Seahorse XFe96 细胞能量代谢分析仪 | Agilent Technologies | RRID: |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 | |
| Seahorse XF谷氨酰胺氧化应激测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103674-100 | |
| Seahorse XF实时ATP速率检测试剂盒 | Agilent Technologies | 103592-100 | |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103020-100 | |
| 体内成像 | 微型CT成像系统(Quantum GX2) | PerkinElmer | RRID: |
| PET/CT成像系统(MadicLab PSA094) | Shandong Madic Technology | RRID: | |
| 代谢物示踪 | 均匀标记13C的谷氨酰胺 | Cambridge Isotope Laboratories | CLM-1822-H |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞处理 | CSE浓度(0%-15%)、谷氨酰胺浓度(0.5和6 mmol/L)、缺氧条件(2% O2)、营养缺乏(1% FBS,0.5 g/L葡萄糖)、处理时间(24小时) 阅读提示:见Materials and Methods中的Cigarette smoke extract preparation和Glutamine colorimetric assay,以及Figure 2 legend |
| 蛋白稳定性检测 | MG132处理时间(0、6、12小时)、CHX处理时间(0、8、16小时)、突变体(K251R、K251E、K254R、K251R/K254R) 阅读提示:见Results部分GAPDH K251-Su increases stable expression...及Figure 3 legend |
| p300催化活性验证 | siRNA序列(针对p300等)、A485浓度(2 μmol/L)、处理时间(24小时) 阅读提示:见Results部分Acyltransferase p300 catalyzes...及Figure 4 legend |
| 代谢分析 | Seahorse实验细胞数(10,000/孔)、谷氨酰胺浓度(0.5和6 mmol/L)、缺氧/营养缺乏条件、抑制剂(oligomycin、FCCP、rotenone/antimycin、BPTES)浓度 阅读提示:见Materials and Methods中的Seahorse XF cellular mitochondrial stress test...及Figure 5 legend |
| 体内动物模型 | 小鼠品系及周龄(KrasG12D,6-8周;BALB/c裸鼠4周)、病毒滴度(AAV6-Cre 3e11,AAV6-Gapdh 5e11)、注射时间(AAV6-Gapdh在AAV6-Cre后1周)、肿瘤测量频率(每3天)、CT成像参数 阅读提示:见Materials and Methods中的Establishment of KrasG12D-driven NSCLC GAPDH WT/K251R mouse model和Establishment of NSCLC nude mouse model |