单细胞RNA测序鉴定放疗后肿瘤cDC亚群
鉴定放疗后肿瘤浸润免疫细胞中cDC亚群的变化,并识别与免疫抑制相关的cDC群体。
对MC38肿瘤(15 Gy照射4天后)的CD45+细胞进行scRNA-seq,无监督聚类识别出DC_Ccl22(mregDC)和DC_Atox1(cDC),进一步细分cDC亚群,并分析mregDC特征基因。
Targeting the Dendritic Cell-Secreted Immunoregulatory Cytokine CCL22 Alleviates Radioresistance
包含体外共培养、细胞系、同系小鼠肿瘤模型、转录组测序等多层级实验,且明确进行CCL22阻断、Treg清除及功能验证等干预。
MC38和B16小鼠肿瘤模型 B16-OVA和B16-EGFR肿瘤模型 Zbtb46creRosaYFP小鼠来源的脾脏cDC Batf3−/−小鼠模型
放疗剂量:20 Gy(部分实验用15 Gy) CCL22中和抗体剂量:4 μg/mL肿瘤体积,隔日瘤内注射 αEGFR-IFNα剂量:瘤内20 μg(第0天)和10 μg(第4天),静脉给药剂量未明确说明 Treg检测时间点:放疗后5天 CD8+ T细胞ELISPOT检测时间点:放疗后7天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定放疗后肿瘤浸润免疫细胞中cDC亚群的变化,并识别与免疫抑制相关的cDC群体。
对MC38肿瘤(15 Gy照射4天后)的CD45+细胞进行scRNA-seq,无监督聚类识别出DC_Ccl22(mregDC)和DC_Atox1(cDC),进一步细分cDC亚群,并分析mregDC特征基因。
验证放疗后肿瘤中cDC1、cDC2及mregDC亚群的比例变化,并确认mregDC1的扩增。
使用光谱流式细胞术对MC38和B16-OVA肿瘤的cDC进行分析,通过FlowSOM无监督聚类识别cDC亚群,并比较放疗前后各亚群比例。
验证放疗后cDC1是否通过上调CCL22招募Treg。
从Zbtb46creRosaYFP小鼠脾脏分选cDC1(YFP+ CD24+)和cDC2(YFP+ CD172a+),与经40 Gy照射的B16肿瘤细胞共培养18小时,通过流式细胞术检测细胞内CCL22表达。
确定cDC1是否通过CCL22介导放疗后Treg浸润和放疗抵抗。
在Batf3−/−小鼠(缺乏cDC1)和WT小鼠中种植B16或B16F1肿瘤,给予20 Gy放疗,比较Treg浸润和肿瘤生长。
验证靶向cDC1-CCL22-Treg轴能否增强放疗疗效。
在B16和MC38肿瘤模型中,给予20 Gy放疗并联合αCCL22抗体或αCTLA4(9H10克隆),监测肿瘤生长和生存期。
评估肿瘤靶向干扰素αEGFR-IFNα是否能抑制CCL22产生、重塑cDC群体并增强RT疗效。
在B16-EGFR肿瘤模型中,联合20 Gy放疗和αEGFR-IFNα(瘤内或静脉给药),通过bulk RNA-seq、流式细胞术、ELISPOT和肿瘤生长/生存期评估免疫变化和疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| MEM非必需氨基酸 | -- | -- | |
| 药物处理 | αCCL22(MDC单克隆抗体) | Invitrogen | MA5-23780 |
| αCD8抗体 | BioXcell | BE0004-1 | |
| 抗小鼠CTLA-4(CD152)克隆9H10 | BioXcell | BE0131 | |
| 流式分析 | SiteClick抗体标记试剂盒(R-PE) | ThermoFisher | S10467 |
| Pacific blue-抗CD45 | BioLegend | 103126 | |
| Pacific blue-抗CD11b | BioLegend | 101224 | |
| Pacific blue-抗CD80 | BioLegend | 104724 | |
| BV421-抗I-A/I-E | BioLegend | 107631 | |
| BV510-抗CD19 | BioLegend | 115545 | |
| BV510-抗CD86 | BioLegend | 105039 | |
| BV570-抗CD4 | BioLegend | 100541 | |
| BV570-抗NK1.1 | BioLegend | 108733 | |
| BV605-抗CCR7 | BioLegend | 120125 | |
| BV605-抗CD3 | BioLegend | 100351 | |
| BV605-抗CD11c | BioLegend | 117333 | |
| BV650-抗XCR1 | BioLegend | 148220 | |
| BV711-抗CD64 | BioLegend | 139311 | |
| BV750-抗CD3 | BioLegend | 100249 | |
| BV785-抗Ly6C | BioLegend | 128041 | |
| FITC-抗CD45 | BioLegend | 103108 | |
| FITC-抗CD25 | BioLegend | 101907 | |
| FITC-抗Ly6C | BioLegend | 128006 | |
| Alexa Fluor 488-抗CD8a | BioLegend | 100723 | |
| AF488-抗FceRIa(MAR-1) | BioLegend | 134330 | |
| PerCP-Cy5.5-抗Bcl6 | BioLegend | 358508 | |
| PerCP/Cy5.5-抗Ly6G | BioLegend | 127616 | |
| PerCP/Cy5.5-抗F4/80 | BioLegend | 123128 | |
| PE-抗H2Kb-SIINFEKL | BioLegend | 141603 | |
| PE-抗CD11b | BioLegend | 101208 | |
| PE-抗XCR1 | BioLegend | 148203 | |
| PE-Dazzle594-抗CD103 | BioLegend | 121430 | |
| PE/Cy5-抗CD86 | BioLegend | 105016 | |
| PE/Cy5-抗CD11c | BioLegend | 117316 | |
| PE/Cy7-抗CD11c | BioLegend | 117318 | |
| PE/Cy7-抗Ly6C | BioLegend | 128017 | |
| PE/Fire810-抗MHCII | BioLegend | 107667 | |
| APC-抗CD11c | BioLegend | 117310 | |
| APC-抗PD-L1 | BioLegend | 124312 | |
| APC-抗CD4 | BioLegend | 100412 | |
| AF700-抗CD206 | BioLegend | 141734 | |
| AF700-抗CD11b | BioLegend | 101222 | |
| APC/Cy7-抗CD172a | BioLegend | 144017 | |
| BV510-抗CD24 | BioLegend | 101831 | |
| Zombie NIR可固定染料 | BioLegend | 423105 | |
| BUV395-抗Ly6G | BD Biosciences | 563978 | |
| BUV496-抗CD24 | BD Biosciences | 612953 | |
| BUV563-抗NK1.1 | BD Biosciences | 741233 | |
| BUV737-抗CD8a | BD Biosciences | 564297 | |
| BUV805-抗F4/80 | BD Biosciences | 749282 | |
| BV421-抗CD40 | BD Biosciences | 562846 | |
| BV421-抗FcεR1α(MAR-1) | BD Biosciences | 750852 | |
| BV605-抗I-A/I-E(MHCII) | BD Biosciences | 563413 | |
| PerCP-eFluor710-抗PD-1H | eBioscience | 46-5919-82 | |
| PE-抗FOXP3 | eBioscience | 12-5773-82 | |
| PE-抗H2Kb-SIINFEKL | eBioscience | 12-5743-82 | |
| AF532-抗CD45 | Invitrogen | 58-0451-82 | |
| PerCP-eFluor710-抗B220 | Invitrogen | 46-0452-82 | |
| PE/Cy7-抗Axl | Invitrogen | 25-1084-80 | |
| eBioscience Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Invitrogen | 00-5523-00 | |
| 细胞处理 | SIINFEKL肽 | Invivogen | vac-sin |
| ELISA | 小鼠MDC(CCL22)ELISA试剂盒 | Abcam | ab204525 |
| 细胞分选 | EasySep小鼠CD11c阳性选择试剂盒II | StemCell Technologies | 18780 |
| 小鼠泛DC富集试剂盒II | StemCell Technologies | 19863 | |
| 小鼠CD8+ T细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19853 | |
| 小鼠CD8a阳性选择试剂盒II | StemCell Technologies | 18953 | |
| ELISPOT | 小鼠IFNγ ELISPOT试剂盒 | BD Biosciences | 551083 |
| 蛋白纯化 | CaptivA Protein A亲和树脂 | Repligen | -- |
| 细胞培养 | FreeStyle293-F细胞 | -- | -- |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | Envigo | -- |
| Zbtb46cre小鼠 | Jackson Labs | IMSR_JAX:028538 | |
| RosaYFP小鼠 | Jackson Labs | IMSR_JAX:006148 | |
| OT-I CD8+ T细胞受体(TCR)转基因小鼠 | Jackson Labs | IMSR_JAX:003831 | |
| Batf3−/−小鼠 | -- | -- | |
| 细胞培养 | MC38细胞 | -- | RRID:CVCL_B288 |
| B16F10细胞 | ATCC | RRID:CVCL_0159 | |
| B16F1细胞 | ATCC | RRID:CVCL_0158 | |
| B16-OVA细胞 | -- | -- | |
| B16-EGFR细胞 | -- | -- | |
| B16-EGFR-OVA细胞 | -- | -- | |
| MC38-EGFR细胞 | -- | -- | |
| 单细胞测序 | Chromium Next GEM单细胞3' GEM文库与凝胶珠试剂盒v3.1 | 10X Genomics | 1000128 |
| RNA-seq | SMARTer链特异性总RNA测序试剂盒v2 - Pico输入哺乳动物 | Takara Bio | -- |
| 细胞消化 | IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| DNaseI | Sigma-Aldrich | -- | |
| 流式分析 | 抗Fc受体(2.4G2) | Leinco | C381 |
| eBioscience蛋白转运抑制剂混合物 | eBioscience | 00-4980-03 | |
| Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Attune流式细胞仪 | Invitrogen | -- | |
| Aurora流式细胞仪 | Cytek | -- | |
| 细胞分选 | FACSAriaIII流式分选仪 | BD Biosciences | -- |
| BC FACSAria Fusion流式分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| 测序 | Illumina HiSeq X Ten测序仪 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSEQ测序仪 | Illumina | -- |